Non riceveva la Sedia apostolica minori molestie dal re di Napoli, il quale, oltrechè perseverava nello appropriarsi Benevento e Pontecorvo, si spiegava eziandio di volere più avanti nello Stato ecclesiastico allargarsi; e da riforma in riforma procedendo, dava a divedere che, poichè il papa non voleva fare avrebbe fatto egli. In somma le immunità ecclesiastiche continuavano ad andare in ruina nel regno. Il re, considerati gli abusi che nascevano dalla riscossione delle decime ecclesiastiche, le abolì intieramente, ordinando che l'erario regio supplirebbe con una conveniente pensione in favore di que' curati, ai quali, per la soppressione delle decime, restasse una congrua minore di centotrenta ducati. Andava anche un giorno più che l'altro tarpando l'ali alla nunziatura, con ridurre molte cause miste all'autorità ordinaria dei tribunali regi. Queste mosse principalmente davano Tanucci e Carlo di Marco.
Venezia, senza ricorrere all'autorità pontificia, di propria volontà riformava le comunità religiose: lo spirito del Sarpi in lei sempre viveva; nè valse a Clemente XIII che da Venezia sortito i natali avesse per poter la novella tempesta schivare. Benchè in grazia di lui avesse cassato il decreto, emanato già per risentimento delle decisioni intorno ad Aquileia, che proibiva gli abusi di certe dispense e delle indulgenze che per denaro si concedevano, non si rimase però che qualche secreto rancore gli animi dei padri ancora non alterasse, e non si manifestasse con rigori di dazii e di gabelle sui confini contro i sudditi dello stato ecclesiastico. Ma più specialmente nell'anno addietro il senato avvertì che le ricchezze del clero erano divenute tanto esorbitanti che di grave scandalo riuscivano ai privati e di molto danno al pubblico, però che le mani morte possedevano una rendita quasi eguale a quella dello Stato. Quindi prese rigorose e valide misure tanto sui beni de' cherici che sopra le persone loro; ma noi potè fare senza che il papa gravemente se ne risentisse. Ed in fatti con un suo breve dell'8 ottobre di quell'anno si lamentò colla repubblica ch'ella avesse, oltrepassando i termini dei proprii campi, posto i piedi in su quelli d'altrui, e sotto specie di regolare interessi attinenti allo Stato, si fosse fatto lecito d'intaccare la giurisdizione ecclesiastica; e dopo noverate ad una ad una le cose che teneva illecite, «alzava la paternale voce, e la repubblica ammoniva che da tali perniziose e scandalose determinazioni recedesse.» Rispose il senato, e stette fermo nelle sue risoluzioni: il papa nuovamente esclamava con altro suo breve del 17 dicembre sempre dello stesso anno, ed, al senato le parole indrizzando, l'avvertiva che, recate dalle di lui lettere nuove ferite al suo paterno cuore, dovea di nuovo parlare, di nuovo ammonire, pregare, lamentarsi, biasimare. Ricevuto il breve del papa, il senato non si rattenne in silenzio; ma non si rimosse da quanto ordinato aveva, nè il pontefice venne al passo estremo di pronunziare l'interdetto contro la repubblica; e come tal era la condizione sua che il consentire gli pareva impossibile, il contrastare senza frutto, le cose in quello stato si rimasero.
La Polonia stessa, che sempre era stata devotissima alla santa Sede, mossa dall'universale consentimento e da quell'influsso contrario che contro Roma si spandeva, cominciava a vacillare ed i privilegii della nunziatura diminuiva, e poneva un freno alla volontà della curia romana.
Alle quali cose se vogliamo aggiungere quello spirito filosofico che d'ogni intorno spirava, e che metteva in dubbio non solamente le prerogative della Sedia apostolica, ma ancora le verità stesse della fede, si verrà conoscere a quale e quanta tempesta avesse ad ostare il nuovo pontefice, ed in qual pericoloso frangente si avvolgesse.
Stava il mondo in grandissima aspettazione di vedere a quali consigli si atterrebbe, e quali mezzi userebbe Clemente XIV per rivolgere in meglio le disposizioni dei principi. Il cedere e il non cedere in tali congiunture può essere ugualmente di danno, quello, perchè mette le cose domandate per perdute, questo, perchè mette pericolo che se ne perdano delle maggiori. Nè si ha nemmeno certezza che il concedere faccia moderazione in chi domanda; imperciocchè il più delle volte succede che più si dà e più si domanda. Contuttociò Ganganelli vedeva evidente la necessità di contentare i principi, perchè, se di soverchio si contrastasse loro, era da temersi che dessero della scure sulla radice stessa dell'autorità pontificia, cosa alla quale gli scritti dei filosofi e dei giansenisti stessi gagliardamente spingevano. Il che ottimamente considerato, principiò a dare segni di quanto voleva fare. Nominò suo segretario di Stato il cardinale Pallavicino, personaggio grato alle potenze; scrisse ai monarchi lettere pacifiche ed amorevoli.
Lieti augurii eran questi, che già una causa speciale e viva aveva fomentati, il viaggio, cioè, in Italia in quest'anno fatto dall'imperatore Giuseppe. Vide Napoli, Roma e Firenze, vide la sua Milano. Padre de' popoli più che re in ogni luogo si dimostrava, il povero, più che il ricco in cale aveva, non abborriva dalle tortuose scale ed anguste, nè aveva a schifo gli umili tugurii; il più bell'ornamento di cui un possessore di regni possa far mostra, portava seco; imperciocchè l'accompagnavano la semplicità del costume, l'affabilità del discorso, la bontà dell'animo, e meglio amava sentirsi chiamare benefico che augusto. La sua vivida mente in ogni occorrenza appariva; figliuolo buono ed ingegnoso d'ingegnosa e buona madre. Amava i dotti, e viaggiando gli accarezzava come stelle, fra la volgare oscurità onorandoli. Pio ancora lo vedevano i popoli e religioso, dal che argomentavano che non per tiepidezza di fede, ma per ardore del ben fare richiamava a nuovi ordini le cose giurisdizionali e la vita de' chierici. Le accoglienze che generalmente i popoli gli facevano, e particolarmente gli ecclesiastici, erano segno manifesto del quanto fossero cambiati i tempi da quelli di Barbarossa. Quando visitò Roma, l'accompagnava il suo fratello Leopoldo, granduca di Toscana. Nè l'uno nè l'altro si fecero, come il Medici, canonici di San Pietro. Correva il tempo dell'interregno per la morte di Rezzonico, ed avanti l'esaltazione del Ganganelli, il sacro collegio, che allora governava la città, l'accolse con ogni più lieta e festevole dimostrazione, deputando per complimentarlo ed accompagnarlo entro quelle festose mura i principi Conti, Borghese, Aldobrandini, Doria, Barberini, di Bracciano, di Piombino. Come prima in cospetto della città era comparso, i principi deputati, avendo con esso loro il governatore di Roma, con graziose parole l'avevano onorato; offrirongli la guardia svizzera, che ricusò. Gli si diedero festini magnifici nelle case di Bracciano, Corsini, Santacroce e Salviati: tutto era magnifico e bello, ma il più magnifico e più bello era la semplicità del fare e del favellare. Maravigliosa fra le altre fu la festa datagli dall'ambasciatore di Venezia; ad onoranza e a disegno, imperocchè a quel tempo Giuseppe vivesse con qualche amarezza verso la repubblica.
I due fratelli visitarono con divozione e maraviglia il famoso tempio ben degno del principe degli apostoli, tempio d'una monarchia che pensiero fu di un repubblicano. Desiderarono di vedere il conclave, che a que' dì si teneva per l'elezione del nuovo papa; si apersero loro le porte. Giuseppe domandò quando la elezione si farebbe, ed i cardinali risposero aspettarsi i cardinali dall'estero; ed interrogando poscia qual fosse il conclave che aveva durato più lungo tempo, gli venne risposto, quello di Benedetto XIV, che più di sei mesi soprastette a far l'elezione; al che soggiunse: «Or bene poco importa che il conclave duri anche un anno, purchè nominiate un pontefice simile al Lambertini che fu amico a tutti.»
«Mi vien voglia, dice uno storico illustre, di raccontare i presenti che il sacro collegio ed il governatore di Roma fecero a Leopoldo, simili a quelli di Giulio II, che mandò un carico di presciutti e buoni vini al parlamento d'Inghilterra per renderselo benevolo; tre piatti di vitella mongana adorni di fiori e nastri; di vini del paese otto casse; di vini forastieri fruttati dalle Canarie, da Malaga, da Cipro, sedici barili; di rosolii due; di pesci delicati, come storioni, ombrine, tre; di zucchero, di zuccherini, di caffè, di cioccolata, buona quantità, con frutti, confetti di ogni sorta prugnole, cedrati, poponi, olive; e v'erano anche due statue di butirro alte ciascuna un palmo: poi pavoni, fagiani, galline rare acconce in gabbia, presciutti, mortadelle ed altri salumi preziosi. Questi pel gusto, i seguenti per l'intelletto: dodici tomi in foglio di viste e prospettive di Roma con parecchi quadri di mosaico e di tappeti istoriati oltremodo belli. Vennero quindi i presenti più speciali di Roma, reliquie incassate in oro del peso di sedici libbre con grande numero di pietre preziose incastonatevi. Anche Giuseppe ebbe i suoi doni, e furono reliquie.»
Ai 17 di marzo i tre prelati deputati scrissero lettere all'imperatrice madre, in nome del conclave, notificandole, avere il sacro collegio esultato di tutta allegrezza, vedendo fra le mura di Roma e nel grembo degli elettori del pontefice i suoi due figliuoli augusti. Narrarono quanta fosse stata la pietà loro e la venerazione verso le cose sante; dimostrarono quanto il sacro consesso desiderasse e quanto sperasse ch'ella degnasse proteggere e crescere lo splendore e le prerogative degli ordini religiosi, e conservare i diritti, le possessioni e dominii della Chiesa. Testimoniarono infine, niuna cosa più ardentemente desiderare che una pace inviolabile ed una perfetta unione tra il clero ed i principi cattolici.
Partissi Giuseppe da Roma, poi dall'Italia, lodato e venerato anche da coloro che di lui e delle sue intenzioni sospettavano. Ma i suoi detti e fatti restarono nella memoria degli uomini, come segni e pegni di un più felice avvenire.