Il Melzi si circondò d'uomini valenti e retti. Sfollò gli uffici pubblici da orde d'impiegati accolti per favori, non per merito, e premiò il merito. Il ladro Sommariva, rovesciato, tentava, sorretto dal Murat e da una signora Fossati, con arti subdole, di rovesciare il Melzi, che nel Moniteur svelò alla fine le sue ribalderie nella pubblica amministrazione, e lo bollò per sempre con marchio di fuoco.
Quella signora Fossati, una intrigante sullo stampo della famigerata moglie del famigerato avvocato Traversi, teneva conciliaboli contro il «sistema francese». Napoleone lo seppe, e accusò i ministri di trascurare il loro dovere, perchè non sopprimevano quei convegni, e trascese in oltraggiosi dubbi sulle sorti della Repubblica. Ma era facile capire che quelle sfuriate non si risolvevano che in un astuto pretesto, per preparare la distruzione della Repubblica, pur fresca creatura sua, e aprirsi la via al trono, come fu.
Intanto, l'ordine a poco a poco fu ristabilito. La religione, il culto e i suoi ministri riebbero il pubblico rispetto. Rialzàti in onore gli studi e gli studiosi; fondate nuove istituzioni civili; abolito il calendario repubblicano francese, che imbrogliava cominciando col 22 settembre, e faceva ridere i buoni ambrosiani con quel brumaio, nevoso, piovoso.... anche quando risplendeva il più bel sole d'Italia.
Un atto politico-religioso rilevantissimo non va pretermesso: il concordato col papa. Lo volle Napoleone, che alla fine dichiarò la religione cattolica religione dello Stato, e liberi gli ecclesiastici di possedere. Ma, nel promulgare il concordato, Napoleone, obbedendo alla voce imperiosa dell'innato dispotismo, ne fece una delle sue: v'aggiunse alcuni capitoli che menomavano le prerogative ecclesiastiche. Il papa, ch'era Pio VII (Chiaramonti), successo allo straziato Pio VI, del quale doveva seguire la sorte con la violenta deposizione dal potere temporale, non volle, per quel motivo, pubblicarlo; e in quel momento (non poi) fu degno del suo soglio.
La Repubblica italiana pensò alla salute pubblica. Il vaiuolo faceva strage ogni anno. Fu quindi emanato l'ordine sull'innesto obbligatorio, con pene ai medici che si fossero rifiutati a praticarlo, gratuitamente, a tutti coloro che lo richiedevano.
Milano non fu tra le prime città che accogliessero l'innesto del vaiuolo. Non ostante l'apostolato del dottor Sacco, le pubblicazioni di Emanuele Timone (1713), di Giovanni Calvi (1762), di Giammaria Bicetti de' Buttinoni (1765), dei versi del Parini sull'innesto indirizzati appunto al dottor Bicetti e a' quali il Manzoni, da giovane, voleva far seguire un poema rimato, L'innesto del vaiuolo, di cui si conoscono solo due mirabili versi; non ostante gli sforzi di altri che cercavano di vincere i pregiudizi contro l'invenzione benefica, questi duravano. Anche più tardi, e per un bel pezzo, le madri si mostravano restie a concedere i propri bambini ai vaccinatori. Carlo Porta trovò il punto comico di codeste titubanze delle madri, e, come spirito liberale, cercò di dissipare i pregiudizi ridicoli col ridicolo. Un suo sonetto si finge diretto a un pezzo grosso, al solito illustrissimo. È malizioso, salace, arguto:
A proposet, lustrissem, de vaccinna,[53]
Ch'el senta, s'el vœur rid, questa ch'è chì,
Ch'el sarà on mês che la m'è occorsa a mì
In del fà vaccinnà la Barborinna.