Rozpatrzmy teraz prawidła klasyfikacji oraz trudności nastręczające się z przyjęcia poglądu, że klasyfikacja przedstawia jakiś nieznany plan stworzenia lub też jest po prostu schematem do wyrażania zdań ogólnych i zestawiania razem form najbardziej podobnych. Można by przyjąć, a dawniej przyjmowano tak rzeczywiście, że bardzo wielkie znaczenie dla klasyfikacji mają te części organizmu, które określają sposób życia i w ogóle stanowisko każdej istoty w gospodarce przyrody. Nic nie może być bardziej błędnego. Nikt nie przypisuje obecnie żadnego znaczenia podobieństwu zewnętrznemu myszy do ryjówki, diugonia248 do wieloryba czy wieloryba do ryby. Podobieństwa takie, chociaż w pozostają najściślejszym związku z całym życiem zwierzęcia, określa się obecnie po prostu mianem „cech przystosowawczych” lub „analogicznych”; jednak do rozważania tego podobieństwa jeszcze powrócimy. Można nawet uważać za ogólną zasadę, że im mniej pewna część organizacji jest związana ze szczególnym sposobem życia, tym ważniejsze ma ona znaczenie dla klasyfikacji. Na przykład Owen, mówiąc o diugoniu, powiada: „Ponieważ narządy płciowe pozostają w najsłabszej zależności od sposobu życia i odżywiania zwierząt, uważałem zawsze, że mogą one dać najważniejsze wskazówki co do prawdziwego pokrewieństwa. Jest najmniej prawdopodobne, byśmy w przekształceniach tych narządów pomylili cechy tylko przystosowawcze z cechami zasadniczymi”. To w odniesieniu do roślin jakże godne uwagi jest, że części wegetatywne, od których zależy odżywianie się i w ogóle życie, mają tak małe znaczenie, podczas gdy narządy rozmnażania i ich wytwory, nasienie i zarodek, odgrywają najdonioślejszą rolę! Widzieliśmy zaś przy rozpatrywaniu cech morfologicznych niemających żadnego znaczenia fizjologicznego, że są one nieraz bardzo ważne dla klasyfikacji. Zależy to od stałości, z jaką występują u wielu spokrewnionych grup, a stałość ta zależy znów głównie od tego, że niektóre małe różnice w budowie części tych nie zostały zachowane i nagromadzone przez dobór naturalny, działający tylko w stosunku do cech pożytecznych.

Że sama tylko doniosłość fizjologiczna narządu nie określa jego znaczenia dla klasyfikacji, wynika już choćby z tego faktu, że znaczenie klasyfikacyjne danego narządu u spokrewnionych grup, gdzie posiada on jednakowe przecież znaczenie fizjologiczne, bywa często bardzo różne. Nie ma przyrodnika, który by dłużej pracował nad jakąkolwiek grupą, a nie zwrócił uwagi na ten fakt; przyznaje się to w pracach niemal każdego autora. Wystarczy, gdy przytoczę najwyższy autorytet, Roberta Browna, który rozważając pewne narządy u Proteaceae249 powiada:, że ich znaczenie rodzajowe „podobnie jak znaczenie wszystkich innych części nie tylko w tej, lecz według mnie, w każdej rodzinie naturalnej jest bardzo niejednakowe, a w niektórych przypadkach, zdaje się, zupełnie zniknęło”. Podobnie też powiada on w innym dziele, że rodzaje Connaraceae250 „różnią się obecnością jednej lub wielu zalążni, obecnością lub brakiem białka oraz łuskowatym lub klapkowatym ułożeniem płatków w pąku. Każda z tych cech z osobna ma nieraz większe znaczenie niż rodzajowe, choć tu nawet wszystkie razem okazują się niewystarczające do odróżnienia rodzaju Cnestis od Connarus”. Chcę jeszcze przytoczyć przykład dotyczący owadów, gdzie w jednej wielkiej grupie rzędu błonkoskrzydłych (Hymenoptera według Westwooda czułki mają bardzo stałą budowę, w innej zaś bardzo się różnią, a wahania te odgrywają zupełnie podrzędną rolę w klasyfikacji; nikt jednak nie będzie twierdził, że czułki w obu grupach tego samego rzędu mają niejednakową wartość fizjologiczną. Można jeszcze przytoczyć liczne przykłady zmiennej ważności klasyfikacyjnej samego ważnego narządu w obrębie tej samej grupy organizmów.

Nikt także nie będzie twierdził będzie, że narządy szczątkowe, czyli zanikowe,mają wielkie znaczenie fizjologiczne lub wartość dla życia organizmu, a jednak bez wątpienia często takie narządy mają dużą wartość dla klasyfikacji. Na przykład nikt nie zaprzeczy, że szczątkowe zęby w górnej szczęce u młodych przeżuwaczy oraz pewne szczątkowe kości ich nóg bardzo są ważne dla wykazania pokrewieństwa pomiędzy przeżuwaczami i gruboskórnymi. Robert Brown twierdził stanowczo, że układ szczątkowych kwiatów traw ma wielkie znaczenie klasyfikacyjne.

Można by przytoczyć wielką ilość przykładów na to, że cechy narządów o bardzo małym znaczeniu fizjologicznym są na ogół uważane są za bardzo pożyteczne do definiowania całych grup. Na przykład to, czy istnieje czy też nie istnieje otwarty przewód od nozdrzy do jamy gębowej stanowi według Owena jedyną cechę bezwarunkowo odróżniającą ryby od gadów; tak samo ważne jest nachylenie kąta szczęki dolnej u torbaczy, różny sposób złożenia skrzydeł u owadów, barwa u niektórych glonów, owłosienie niektórych części kwiatu u traw, sposób pokrycia skóry, jak sierść lub upierzenie u gromad zwierząt kręgowych. Gdyby dziobak (Ornithorhynchus) był pokryty piórami zamiast włosów, to ta błaha cecha zewnętrzna byłaby uważana przez przyrodników za ważną wskazówkę do określenia stopnia pokrewieństwa tego dziwnego stworzenia z ptakami.

Znaczenie cech obojętnych dla klasyfikacji polega głównie na ich współzależnym związku z niektórymi innymi cechami mniej lub bardziej ważnymi. Wartość zespołu cech jest rzeczywiście w historii naturalnej bardzo widoczna. Stąd też, jak to często obserwowano, pewien gatunek może pod względem niektórych ważnych cech fizjologicznych różnić się bardzo od form pokrewnych, a mimo to nie zawahamy się, gdzie powinniśmy go zaliczyć. Dlatego też nieraz już klasyfikacja przyjmująca za podstawę tylko jedną cechę, nawet niezmiernie ważną, okazywała się niedostateczna, bowiem żadna część budowy nie jest niezmiennie stała. Doniosłość zespołu cech, chociaż żadna z nich nie jest zasadnicza, wyjaśnia zdanie Linneusza, że nie cechy tworzą rodzaj, lecz rodzaj określa cechy, gdyż opiera się ono, jak się zdaje, na uwzględnianiu wielu drugorzędnych puntów podobnych, zbyt drobnych, aby je można było zdefiniować. Niektóre rośliny, należące do Malpighiacea251 wydają jednocześnie kwiaty zupełnie rozwinięte i niedorozwinięte; u tych ostatnich według A. de Jussieu „znika większość cech charakterystycznych dla gatunku, rodzaju, rodziny, a nawet gromady, szydząc w ten sposób z naszej klasyfikacji”. Gdy jednak Aspicarpa w ciągu dłuższego okresu czasu wydawała we Francji tylko niedorozwinięte kwiaty, które w wielu najważniejszych szczegółach budowy bardzo się różniły od właściwego typu rzędu, Richard bardzo trafnie zauważył, jak powiada Jussieu, że rodzaj ten należy mimo to pozostawić wśród Malpighiaceae. Przypadek ten dobrze ukazuje ducha naszej klasyfikacji.

W praktyce przyrodnicy nie troszczą się przy pracy o wartość fizjologiczną cech używanych do definiowania pewnej grupy lub umieszczania jakiegoś gatunku w systemie. Kiedy znajdują prawie jednakową cechę wspólną wielkiej liczbie form, a niewystępującą u innych form, posługując się nią jako bardzo cenną; jeśli występuje ona u mniejszej liczby form, wtedy ma wartość drugorzędną. Pogląd ten niektórzy przyrodnicy otwarcie uznają za jedynie słuszny, a nikt nie wyraził tego jaśniej od znakomitego botanika Augusta St. Hilaire. Jeśli pewne nieznaczne cechy pojawiają się zawsze razem z innymi, a nie można wykryć zależności pomiędzy nimi, przypisuje im się szczególną wartość. Ponieważ u większości grup zwierząt ważne narządy, jak np. odpowiedzialne za krążenie krwi, napowietrzanie jej, rozmnażanie rasy, są prawie jednakowe, uważane są one za bardzo cenne dla klasyfikacji; jednak w pewnych grupach zwierząt wszystkie te najważniejsze narządy życiowe dostarczają cech zupełnie podrzędnej wartości. Na przykład Fritz Müller zauważył niedawno, że w tej samej grupie skorupiaków rodzaj Cypridina ma serce, podczas gdy u dwóch blisko spokrewnionych rodzajów, mianowicie Cypris i Cytherea, takiego narządu nie ma; jeden gatunek Cypridina ma dobrze rozwinięte skrzela, gdy tymczasem inne gatunki są ich pozbawione.

Możemy zrozumieć, dlaczego cechy zarodka powinny być tak samo ważne jak cechy zwierząt dorosłych, bowiem klasyfikacja naturalna obejmuje oczywiście gatunki na każdym etapie ich życia. Jednak z powszechnie przyjmowanego punktu widzenia nie jest wcale oczywiste, dlaczego do celów klasyfikacji budowa zarodkowa miałaby być ważniejsza niż budowa organizmu dorosłego, który przecież wyłącznie bierze pełny udział w gospodarce przyrody. Ale wielcy przyrodnicy, tacy jak Milne Edwards i Agassiz, zdecydowanie przekonywali, że cechy zarodkowe są najważniejsze ze wszystkich, a twierdzenie to zostało prawie powszechnie uznane za słuszne. Niemniej jednak ich znaczenie bywało czasami przesadzane, ponieważ nie wyłączano z nich cech przystosowawczych larw; aby tego dowieść, Fritz Müller uporządkował wielką gromadę skorupiaków wyłącznie na podstawie cech zarodkowych i okazało się, że uporządkowanie takie nie jest naturalne. Niepodobna jednak wątpić o tym, że cechy zarodkowe, z wyjątkiem larwalnych, mają ogromne znaczenie dla klasyfikacji nie tylko u zwierząt, lecz i u roślin. Na przykład główne podziały roślin kwiatowych na grupy oparte są na różnicach w zarodku, a mianowicie na ilości i układzie liści zarodkowych, czyli liścieni, oraz na sposobie rozwoju piórka i korzonka. Zobaczymy zaraz, dlaczego cechy te są tak ważne dla klasyfikacji; dlatego mianowicie, że układ naturalny jest uporządkowany według zasady genealogicznej.

Klasyfikacje nasze często znajdują się pod wyraźnym wpływem szeregów pokrewieństwa. Nie ma nic łatwiejszego nad wyliczenie pewnej ilości cech wspólnych wszystkim ptakom, co do skorupiaków zaś definicja podobna jest jeszcze niemożliwa. Istnieją skorupiaki zajmujące przeciwległe końce szeregu, które nie mają bodaj jednej cechy wspólnej, ale ponieważ te krańcowe gatunki są wyraźnie spokrewnione z innymi, te zaś z jeszcze innymi skorupiakami itd., okazuje się niewątpliwie, że wszystkie one należą do tej, a nie do żadnej innej gromady stawonogów.

Rozmieszczenie geograficzne także bywa często używane przy klasyfikacji wielkich grup blisko spokrewnionych form, chociaż być może w sposób niezupełnie logiczny. Temminck dowodzi pożyteczności, a nawet konieczności takiego postępowania z pewnymi grupami ptaków; użyte też zostało przez niektórych entomologów i botaników.

Na koniec, jeśli chodzi o wartość porównawczą różnych grup gatunków, takich jak rzędy i podrzędy, rodziny i podrodziny, rodzaje itd., to, jak się zdaje, jest ona, co najmniej obecnie, zupełnie dowolna. Niektórzy z najlepszych botaników, jak Bentham i inni, podkreślili wyraźnie ich dowolną wartość. Można by przytoczyć przykłady grup gatunków roślin i owadów uważanych przez wprawnych przyrodników początkowo tylko za rodzaje, a później stopniowo za podrodziny lub rodziny, nie dlatego jednak, że przez późniejsze badania wykryto nowe, zasadnicze, przedtem przeoczane różnice ich organizacji, lecz tylko dlatego, że później odkryto wiele pokrewnych gatunków o nieco innych stopniach różnicy.