Zastanówmy się teraz nad drugą stroną naszej kwestii. W stanie udomowienia spostrzegamy wielką zmienność spowodowaną, lub przynajmniej pobudzoną, zmienionymi warunkami życia, często jednak w sposób tak niewyraźny, że skłonni jesteśmy uważać te zmiany za samorzutne. Zmiennością rządzą liczne skomplikowane prawa: korelacji wzrostu, kompensacji, zwiększonego używania i nieużywania części oraz wpływy otaczających warunków życia. Bardzo trudno określić, jak wielkim przekształceniom uległy nasze twory hodowlane; możemy jednak przyjąć, że były one znaczne i że przekształcenia mogą być dziedziczone przez długie okresy. Dopóki warunki życia pozostają te same, mamy prawo twierdzić, że zmiana, która była już dziedziczna w ciągu wielu pokoleń, może być także w przyszłości dziedziczna w niemal nieograniczonej liczbie pokoleń. Z drugiej znów strony mamy dowody na to, że zmienność, gdy raz wystąpiła, nie znika w stanie udomowienia w ciągu bardzo długiego czasu; nie wiemy też, czy w ogóle kiedykolwiek zniknie, gdyż nasze najdawniej udomowione rośliny i zwierzęta wciąż sporadycznie wydają nowe odmiany.
Człowiek w istocie nie wywołuje zmienności, lecz tylko nieświadomie wystawia istoty organiczne na nowe warunki życia, a następnie już przyroda sama działa na ich organizację i wywołuje zmienność. Człowiek może jednak wybierać i istotnie wybiera dostarczane mu przez naturę zmiany do dalszego chowu i nagromadza je w ten sposób w pożądanym kierunku. Przystosowuje on w ten sposób zwierzęta i rośliny do swej własnej korzyści i do własnego zadowolenia. Czyni to z planem lub też nieświadomie, zachowując najpożyteczniejsze lub też najbardziej przypadające mu do gustu osobniki, nie myśląc wcale o przekształceniu rasy. Może z pewnością wywrzeć wielki wpływ na cechy pewnej rasy przez to, iż w każdym kolejnym pokoleniu wybiera do chowu odchylenia indywidualne tak drobne, że są prawie niedostrzegalne dla niewprawnego oka. Taki nieświadomy proces doboru stanowił ważny czynnik w wytworzeniu naszych najlepszych i najpożyteczniejszych ras hodowlanych. Liczne rasy wytworzone przez człowieka mają w znacznej mierze właściwości naturalnych gatunków, na co wskazuje fakt, że co do wielu z nich istnieją nierozwikłane wątpliwości, czy są one odmianami, czy też pierwotnie odrębnymi gatunkami.
Nie znamy żadnych powodów, dla których prawa działające tak skutecznie w stanie udomowienia, nie miałyby też działać w stanie natury. W przeżywaniu najlepiej przystosowanych osobników i ras w ciągłej walce o byt widzimy potężną i nigdy nie ustającą formę doboru. Walka o byt jest nieuniknionym następstwem szybkiego przyrostu zwiększającego się w postępie geometrycznym, właściwego wszystkim istotom organicznym. To szybkie tempo przyrostu może być wykazane rachunkiem, a faktycznie dowiedzione gwałtownym przyrostem naturalnym wielu roślin i zwierząt podczas szeregu szczególnie sprzyjających lat lub po zaaklimatyzowaniu się ich w nowej okolicy. Rodzi się wówczas więcej osobników, niż może zachować się przy życiu. Minimalna przewaga może stanowić o tym, które osobniki będą żyć dalej, które zaś wyginą, które odmiany lub gatunki będą wzrastać w liczbę, które zaś będą zmniejszać swoją liczebność i wreszcie wyginą. Ponieważ wśród osobników tego samego gatunku istnieje pod każdym względem najsilniejsze wzajemne współzawodnictwo, toteż i walka o byt będzie pomiędzy nimi najzaciętsza; będzie też ona tak samo prawie zacięta pomiędzy odmianami jednego gatunku, a następna co do zaciętości będzie walka pomiędzy gatunkami jednego rodzaju. Z drugiej strony walka może też być bardzo zacięta pomiędzy istotami oddalonymi od siebie w systemie naturalnym. Najmniejsza przewaga nad współzawodnikiem, jaką mają pewne osobniki w jakimkolwiek wieku czy w jakiejkolwiek porze roku, lub w choćby niewielkim stopniu lepsze przystosowanie do otaczających warunków fizycznych w dłuższym czasie przechylą szalę równowagi.
U zwierząt rozdzielnopłciowych występuje w większości przypadków walka samców o posiadanie samic. Najsilniejsze samce, czyli takie, które najskuteczniej walczyły z warunkami życia, pozostawią zwykle najwięcej potomstwa. Lecz zwycięstwo zależeć będzie często od tego, czy samce mają szczególną broń lub środki obronne albo też powab, a najmniejsza przewaga może doprowadzić do zwycięstwa.
Ponieważ geologia wyraźnie wykazuje, że każdy ląd ulegał wielkim przemianom fizycznym, należy przypuszczać, że istoty organiczne w stanie natury zmieniały się zapewne tak, jak zmieniają się w stanie udomowienia. A skoro w stanie natury istnieje jakakolwiek zmienność, byłoby faktem niewytłumaczalnym, gdyby dobór naturalny nie był tu czynny.
Często zapewniano, chociaż nie da się tego dowieść, że zakres przemian w naturze jest wielkością ściśle ograniczoną. Chociaż człowiek wpływa wyłącznie na cechy zewnętrzne i działa często według własnych zachcianek, może jednak dojść do wielkich rezultatów w krótkim czasie, nagromadzając zwykłe różnice indywidualne u form hodowanych; a każdy zgodzi się, że w obrębie gatunków występują indywidualne różnice. Ale niezależnie od takich różnic wszyscy przyrodnicy zgadzają się na istnienie odmian uważanych za dostatecznie różne, aby były wymieniane w dziełach traktujących o systematyce. Nikt jednak nie przeprowadził ścisłej granicy pomiędzy różnicami indywidualnymi a drobnymi odmianami lub też pomiędzy bardziej wybitnymi odmianami a podgatunkami i gatunkami. Na różnych kontynentach i w rozmaitych częściach tego samego kontynentu oddzielonych od siebie przez jakiekolwiek przegrody, a także na wyspach leżących w pobliżu lądów stałych jakże wielka żyje liczba form, które jedni doświadczeni przyrodnicy uważają za odmiany, inni za rasy geograficzne, czyli podgatunki, a jeszcze inni za odrębne, chociaż blisko ze sobą spokrewniono gatunki!
Jeśli zatem rośliny i zwierzęta faktycznie, chociaż bardzo powoli i nieznacznie, zmieniają się, dlaczego zmiany i różnice indywidualne w jakiś sposób pożyteczne nie miałyby się zachować i nagromadzać drogą doboru naturalnego, czyli drogą zachowywania się przy życiu form najlepiej przystosowanych? Skoro człowiek może dzięki cierpliwości wybrać zmiany pożyteczne dla siebie, to dlaczego w zmiennych i złożonych warunkach życia nie miałyby pojawiać się i zachowywać, czyli być dobierane zmiany pożytecznie dla żyjących tworów natury? Jakież granice można postawić tej sile, czynnej w ciągu długiego okresu czasu, ściśle kontrolującej całą konstytucję, budowę i sposób życia każdej istoty oraz zachowującej wszystko, co dobre, a wyłączającej złe? Nie dostrzegam żadnych granic tej siły, przystosowującej powoli i pięknie każdą formę do najbardziej złożonych warunków życia. Teoria doboru naturalnego, gdybyśmy się nawet ograniczyli tylko do tego, wydaje mi się w najwyższym stopniu prawdopodobna. Starałem się jak najrzetelniej powtórzyć pokrótce wysuwane przeciwko niej zarzuty i trudności; teraz zajmijmy się szczególnymi faktami i argumentami przemawiających na korzyść tej teorii.
Przyjmując pogląd, iż gatunki są tylko wyraźnie zaznaczonymi i trwałymi odmianami i że każdy gatunek istniał najpierw jako odmiana, możemy zrozumieć, dlaczego niepodobna przeprowadzić granicy pomiędzy gatunkami, powszechnie uważanymi za wyniki oddzielnych aktów stworzenia, oraz pomiędzy odmianami, uważanymi za wyniki działania praw wtórnych. Na podstawie tego poglądu możemy następnie zrozumieć, dlaczego na obszarze, na którym powstały i istnieją dziś liczne gatunki jakiegoś rodzaju, gatunki te zawierają liczne odmiany; bowiem tam, gdzie wytwarzanie gatunków odbywało się na znaczną skalę, możemy spodziewać się, jako ogólnej zasady, że obecnie nadal odbywa się to samo; a w tym właśnie wypadku odmiany będą zaczątkowymi gatunkami. Prócz tego gatunki obszerniejszych rodzajów obejmujące najwięcej odmian, czyli powstających gatunków, zachowują do pewnego stopnia cechy odmian; bowiem różnią się one pomiędzy sobą w mniejszym stopniu niż gatunki mniej obszernych rodzajów. Blisko ze sobą spokrewnione gatunki obszerniejszych rodzajów mają też, jak się zdaje, ograniczone zasięgi i tworzą wskutek wzajemnego pokrewieństwa małe grupy zgromadzone wokół innych gatunków, pod oboma tymi względami przypominając odmiany. Z punktu widzenia poglądu, iż każdy gatunek został stworzony niezależnie, fakty powyższe przedstawiałyby dla nas zagadkowe zjawiska, ale są zrozumiałe, gdy przyjmiemy, że wszystkie gatunki rozwinęły się z odmian.
Ponieważ każdy gatunek dąży do nieograniczonego wzrostu w liczbę przez rozmnażanie się w postępie geometrycznym i ponieważ przekształceni potomkowie każdego gatunku mogą tym szybciej wzrastać w liczbę, im bardziej zróżnicowani są pod względem sposobu życia i organizacji, im liczniejsze zatem i im różnorodniejsze miejsca mogą zająć w gospodarce przyrody, dobór naturalny będzie wykazywał stałą dążność do zachowywania najbardziej różniących się potomków każdego gatunku. Stąd też podczas długiego okresu takich przekształceń nieznaczne różnice właściwe odmianom należącym do jednego gatunku wzrosną do większych różnic, charakteryzujących gatunki należące do tego samego rodzaju. Nowe doskonalsze odmiany nieuchronnie zastąpią i wytępią dawniejsze, mniej doskonałe odmiany pośrednie, wskutek czego gatunki staną się przeważnie rzeczami wyraźniej określonymi i łatwo dającymi się odróżnić.
Gatunki panujące należące do obszerniejszych grup w każdej gromadzie dążą do wydania nowych, również panujących form, tak iż każda wielka grupa ma skłonność do tego, aby stać się jeszcze większą i bardziej zróżnicowaną pod względem swoich cech. Ponieważ jednak wszystkie grupy nie mogą się w taki sposób stale powiększać, bowiem wreszcie nie mogłyby się pomieścić na świecie, zatem grupy panujące wypierają grupy mniej rozpowszechnione. To dążenie wielkich grup do powiększania się i do zwiększania zróżnicowania cech, razem z nieuniknionym wskutek tego silnym wymieraniem innych grup, tłumaczy nam uszeregowanie wszystkich form życiowych w grupy podporządkowane innym grupom w obrębie kilku nielicznych wielkich gromad, które panuje przez cały czas. Wielki ten fakt zgrupowania wszystkich istot organicznych w tak zwany układ naturalny byłby dla nas zupełnie niezrozumiały ze stanowiska teorii stworzenia.