Co do rozmieszczenia geograficznego, to jeśli przyjmiemy, że w ciągu długich okresów czasu, wskutek dawniejszych zmian klimatycznych i geograficznych oraz działania licznych przypadkowych i nieznanych środków rozmieszczenia, odbywały się wielkie wędrówki z jednej części świata do drugiej, zrozumiemy wówczas na podstawie teorii pochodzenia drogą ciągłych przemian większość najważniejszych faktów dotyczących rozmieszczenia organizmów. Możemy zrozumieć, dlaczego istnieje tak uderzające podobieństwo rozmieszczenia geograficznego istot organicznych w przestrzeni oraz ich geologicznego następstwa w czasie; bowiem w obu przypadkach istoty te są połączone wzajemnie więzami łańcucha pokoleń, a sposoby przekształceń były te same. Pojmujemy całe znaczenie zadziwiającego faktu uderzającego każdego podróżnika, że na tym samym kontynencie w najbardziej różnych warunkach, w okolicach gorących i mroźnych, w górach i w dolinach, na bagnach i na pustyniach większość mieszkańców należących do każdej z wielkich grup jest najwidoczniej ze sobą spokrewniona; są oni bowiem zwykle potomkami tych samych przodków i pierwszych kolonistów. Przyjmując zasadę dawniejszych wędrówek, w większości przypadków w połączeniu z późniejszymi przekształceniami, pojmujemy, uwzględniając okres lodowcowy, tożsamość niektórych roślin i bliskie pokrewieństwo wielu innych w najodleglejszych górach oraz w południowej i północnej strefie umiarkowanej, a także bliskie pokrewieństwo niektórych mieszkańców mórz w północnych i południowych szerokościach stref umiarkowanych, mimo oddzielenia ich od siebie całym oceanem międzyzwrotnikowym. A chociaż dwie okolice mogą mieć tak bardzo podobne warunki fizyczne, tylko tego mogą wymagać te same gatunki, nie powinniśmy się dziwić, jeśli ich mieszkańcy bardzo się różnią między sobą, jeśli okolice te podczas długich okresów były zupełnie od siebie izolowane; gdyż skoro stosunki wzajemne organizmów są zależnościami najważniejszymi ze wszystkich, a obydwie te okolice przyjmowały zapewne w różnych czasach i w różnym stosunku osadników z trzeciej okolicy lub na przemian z jednej od drugiej, przebieg przekształceń na tych obu obszarach będzie nieuchronnie odmienny.

Przyjmując pogląd o wędrówkach z następującymi potem przekształceniami, możemy zrozumieć, dlaczego wyspy oceaniczne zamieszkałe są przez tylko nieliczne gatunki, z których wiele stanowi formy szczególne lub endemiczne. Widzimy wyraźnie, dlaczego gatunki należące do takich grup zwierzęcych, które nie mogą przebywać wielkich przestrzeni oceanu, jak żaby i ssaki lądowe, nie zamieszkują wysp oceanicznych i dlaczego z drugiej strony nowe i szczególne gatunki nietoperzy, zwierząt mogących przebyć ocean, występują tak często na wyspach bardzo oddalonych od jakiegokolwiek kontynentu. Takie fakty, jak obecność szczególnych gatunków nietoperzy i brak wszelkich innych ssaków lądowych na wyspach oceanicznych są zupełnie niewytłumaczalne na podstawie teorii niezależnych aktów stworzenia.

Istnienie blisko ze sobą spokrewnionych lub zastępczych gatunków na dwóch okolicach wskazuje, z punktu widzenia teorii wspólnego pochodzenia drogą powolnych przemian, że ta sama forma rodzicielska zamieszkiwała przedtem obie okolice; a stwierdzamy prawie bez wyjątku, że gdzie wiele blisko spokrewnionych ze sobą gatunków zamieszkuje dwie okolice, tam też w obu okolicach żyją jednocześnie niektóre gatunki identyczne. Gdzie zaś występują liczne spokrewnione ze sobą, lecz wyraźnie odmienne gatunki, tam istnieją także liczne wątpliwe formy i odmiany tych samych grup. Jest też prawo bardzo powszechne, mówiące, że mieszkańcy każdej okolicy spokrewnieni są z mieszkańcami tej najbliższej okolicy, z której nastąpiła prawdopodobnie wędrówka. Stosuje się to do prawie wszystkich roślin i zwierząt archipelagu Galapagos, wyspy Juan Fernandez i innych wysp amerykańskich, spokrewnionych w uderzający sposób z mieszkańcami sąsiedniego lądu stałego Ameryki, podobnie jak do mieszkańców Archipelagu Zielonego Przylądka i innych wysp afrykańskich, spokrewnionych z mieszkańcami stałego lądu Afryki. Trzeba przyznać, że fakty te byłyby zupełnie niewytłumaczalne w oparciu o teorię stworzenia.

Jak widzieliśmy, fakt, że wszystkie dawniejsze i obecne istoty organiczne mogą być w obrębie kilku wielkich gromad uporządkowane w grupy podporządkowane innym grupom, przy czym grupy wymarłe zajmują często stanowisko pośrednie pomiędzy współczesnymi, można wyjaśnić teorią doboru naturalnego wraz z pozostającymi z nią w związku zjawiskami wymierania oraz rozbieżności cech. Ta sama teoria tłumaczy także, dlaczego wzajemne pokrewieństwo form wewnątrz każdej gromady jest tak skomplikowane i powikłane. Tłumaczy ona, dlaczego pewne cechy są o wiele bardziej przydatne przy klasyfikacji niż inne; dlaczego cechy przystosowawcze, chociaż bardzo ważne dla istoty żywej, mają niezmiernie małą wagę przy klasyfikacji; dlaczego cechy dotyczące narządów szczątkowych, chociaż narządy te do niczego nie służą ustrojowi, mają częstokroć wysoką wartość klasyfikacyjną i dlaczego cechy zarodka mają nieraz wartość największą. Prawdziwe pokrewieństwo wszystkich organizmów w przeciwieństwie do podobieństwa zależnego od przystosowań wynika z dziedziczności, czyli ze wspólnoty pochodzenia. Układ naturalny jest uporządkowaniem genealogicznym, przy czym osiągnięte stopnie różnic oznaczone są terminami: odmiany, gatunki, rodzaje, rodziny itd., zaś linie pochodzenia musimy odnajdywać na podstawie cech najbardziej stałych, bez względu na ich jakość i na ich znaczenie życiowe.

Fakt, iż w ręce ludzkiej, w skrzydle nietoperza, w płetwie morświna i w nodze konia kości są ułożone według tego podobnego planu, że jednakowa liczba kręgów tworzy szyję żyrafy i słonia oraz niezliczone inne podobne fakty wyjaśnia od razu teoria pochodzenia drogą kolejnych nieznacznych przekształceń. Podobieństwo planu budowy skrzydła i nogi nietoperza, pomimo iż części te są używane do tak różnych czynności, szczęk i nóg krabów, płatków korony, pręcików i słupków kwiatów — podobnie w znacznym stopniu staje się zrozumiałe z punktu widzenia poglądu o powolnej przemianie części lub narządów, które u wspólnego przodka każdej z tych grup były początkowo jednakowe. Gdy przyjmiemy zasadę, że powolne przemiany nie zawsze występują we wczesnym wieku i dziedziczone zostają w odpowiednim, a nie we wczesnym okresie życia, staje się jasne, dlaczego zarodki ssaków, ptaków, gadów i ryb są tak bardzo do siebie podobne, a tak niepodobne do swych form dorosłych. Możemy przestać się dziwić, że zarodek oddychającego powietrzem ssaka lub ptaka ma szczeliny skrzelowe i tętnice przebiegające łukowato, podobnie jak ryba oddychająca za pomocą dobrze rozwiniętych skrzeli powietrzem rozpuszczonym w wodzie.

Nieużywanie, wspomagane czasami przez dobór naturalny, prowadzi często do zanikania narządu, gdy stał się zbyteczny przy zmianie sposobu życia lub w zmienionych warunkach życiowych, a to daje nam właściwe wyobrażenie o znaczeniu narządów szczątkowych. Lecz nieużywanie i dobór naturalny działają zazwyczaj na każdą istotę wtedy dopiero, gdy osiągnęła dojrzałość oraz samodzielność w walce o byt. We wczesnym zaś wieku będą one wywierać tylko nieznaczny wpływ na narząd, a stąd też narząd w takim wczesnym wieku nie zmniejszy się i nie zaniknie. Na przykład cielę ma zęby w górnej szczęce, które nie przerzynają dziąseł; jest to dziedzictwo po dawnym przodku, który miał dobrze rozwinięte zęby, a możemy przyjąć, że zęby te ulegały stopniowemu zanikowi u zwierzęcia dojrzałego przez wiele kolejnych pokoleń wskutek nieużywania, bowiem język, podniebienie i wargi zostały doskonale przystosowane przez dobór naturalny do skubania paszy ich bez pomocy, gdy tymczasem u cielęcia zęby te pozostały nienaruszone i na zasadzie dziedziczenia w odpowiednim wieku przekazują się od odległych czasów aż do naszych dni.

Gdybyśmy przyjęli, iż każda istota organiczna została oddzielnie stworzona wraz ze wszystkimi swymi poszczególnymi częściami, jakże kompletnie niezrozumiały stałby się dla nas fakt, że narządy noszące na sobie wyraźne piętno nieużyteczności, jak np. ukryte w dziąsłach zęby zarodka cielęcia lub też pomarszczone skrzydła pod zrośniętymi ze sobą pokrywami wielu chrząszczy, występują tak często.

Powtórzyłem pokrótce fakty i rozumowania, jakie doprowadziły mnie do niewzruszonego przekonania, że gatunki ulegały przemianom w ciągu długiej drogi swego rozwoju rodowego. Działo się to za pośrednictwem naturalnego doboru licznych kolejnych, nieznacznych, pożytecznych zmian, przy silnym współdziałaniu dziedzicznych skutków używania i nieużywania części, a także w mniejszym stopniu, to jest w odniesieniu do struktur przystosowawczych, zarówno przeszłych, jak i obecnych, bezpośredniego działania warunków zewnętrznych i zmian, które z powodu naszej nieświadomości wydają nam się powstawać samorzutnie. Wydaje się, że uprzednio niewystarczająco doceniałem częstość i doniosłość tych ostatnich rodzajów zmienności jako czynników prowadzących do stałych przekształceń w budowie, niezależnie od doboru naturalnego. Ponieważ zaś moje wnioski były w ostatnich czasach wielokrotnie błędnie przedstawiane i utrzymywano, że przekształcenia gatunków przypisuję wyłącznie doborowi naturalnemu, pozwolę więc sobie zauważyć, że tak w pierwszym wydaniu dzieła, jak też w późniejszych zamieściłem w najbardziej rzucającym się w oczy miejscu, a mianowicie pod koniec wstępu, następujące słowa: „Jestem przekonany, że dobór naturalny jest najważniejszym, chociaż nie wyłącznym czynnikiem przekształcania gatunków”. To jednak nic nie pomogło. Wielka jest siła ustawicznie błędnego przedstawiania rzeczy; lecz historia wiedzy uczy, że siła ta na szczęście nie jest długotrwała.

Niepodobna przypuścić, aby błędna teoria mogła wyjaśnić w tak zadowalający sposób wszystkie powyższe przedstawione obszerne grupy faktów, jak wyjaśnia je teoria doboru naturalnego. Zarzucano mi niedawno, że ten sposób dowodzenia jest zawodny; lecz jest to metoda używana pospolicie w ocenianiu zwykłych zjawisk życia, którą często stosowali także najwięksi przyrodnicy. Taką drogą doszła nauka do falowej teorii światła, a pogląd o obrocie Ziemi dookoła własnej osi aż do niedawna nie był poparty żadnym bezpośrednim dowodem272. Nie jest to żaden poważny zarzut, że nauka aż dotąd nie wyjaśniła jeszcze o wiele trudniejszego pytania, dotyczącego mianowicie istoty i początku życia. Któż potrafi wyjaśnić, co jest istotą przyciągania grawitacyjnego? Chociaż Leibnitz oskarżył kiedyś Newtona o to, że wprowadza „do filozofii tajemne właściwości i cuda”, to jednak nikt teraz nie ma zastrzeżeń wobec wyciągania wniosków wynikających z tego nieznanego czynnika przyciągania.

Nie widzę żadnego poważnego powodu, dla którego poglądy wypowiedziane w tym dziele miałyby obrażać czyjekolwiek uczucia religijne. Aby ukazać, jak przemijające są podobne wrażenia, wystarczy przypomnieć sobie, że największe odkrycie ducha ludzkiego, a mianowicie prawo przyciągania grawitacyjnego, zakwestionował także Leibnitz „jako podważające religię naturalną oraz objawienie”. Pewien znakomity pisarz i duchowny pisał do mnie, że „stopniowo przekonał się, iż tak samo wzniosłą ideą Bóstwa jest wiara w stworzenie kilku tylko form rodowych, zdolnych do samodzielnego rozwoju w inne niezbędne formy, jak i wiara w ciągle nowe akty stworzenia niezbędne do wypełniania luk, jakie powstały wskutek działania Jego praw”.