Jakiś surowy, nieziemski już niemal spokój, uroczysta i wzniosła prostota cechują cały codzienny tryb życia poety w tych ostatnich latach, jak nam go opisują świadectwa współczesnych. Wstawał bardzo wcześnie, o czwartej lub piątej rano, kazał sobie czytać rozdział z Biblii hebrajskiej, resztę poranku aż do śniadania spędzał w samotnych rozmyślaniach. Całe przedpołudnie zwykle spędzał na pracy literackiej, dyktując sekretarzowi lub córkom. Po obiedzie przechadzał się po ogrodzie, potem grał na organach lub słuchał śpiewu żony. Resztę dnia znowu poświęcał pracy, a wieczorem przyjmował gości, których nigdy nie brakło. Blady, w czarnych szatach, spoczywający w fotelu w półmroku izby, wydawać się im musiał jakimś z innego już świata zjawiskiem, wcieleniem minionej epoki dziejów narodu. Przy tym wszystkim opowiadają, że rozmowa jego zawsze wytwornie swobodna, błyszczała nawet dowcipem i satyrą.

Nie przestał też Milton obok tego testamentu literackiego, jaki złożył w swych wielkich trzech poematach biblijnych, odzywać się do świata i w przeróżnych innych publikacjach literackich i naukowych, których przyjęcie wymownie świadczy, że popularność jego teraz znowu szybko wzrastać poczynała. Wydał więc podręcznik gramatyki łacińskiej i łaciński podręcznik logiki; zbierał dalej materiały do słownika łacińskiego; napisał historię Wielkiej Brytanii; nie zapominał też o swoich dawniejszych dziełach: w roku 1673 wydał drugie zbiorowe wydanie drobniejszych dzieł poetyckich młodocianego okresu; w 1674, niedługo przed śmiercią, drugie wydanie Raju utraconego i zbiór pomniejszych utworów łacińskich z czasów akademickich.

Nawet od literackiego udziału w bieżących sprawach społecznych i politycznych nie potrzebował teraz Milton trzymać się tak ostrożnie z daleka, jak w pierwszych czasach po powrocie Stuartów: w r. 1673, gdy w całym kraju, jak nieraz w tym okresie, odezwała się burzliwa reakcja przeciwko katolickim skłonnościom rodziny królewskiej, wydał Milton broszurę O prawdziwej religii, herezji, schizmie, tolerancji i najskuteczniejszych środkach przeciwko rozpowszechnieniu rzymskiego katolicyzmu.

Na sam rok śmierci przypada praca przypominająca dawną działalność poety jako Sekretarza Państwa; przetłumaczył mianowicie na język angielski komunikat urzędowy łaciński, obwieszczający mocarstwom wybór Jana Sobieskiego na króla polskiego.

Z tym dla nas Polaków tak interesującym dokumentem przez treść swą, równie blisko nas obchodzącą, łączy się wydana pośmiertnie obszerna praca ostatnich lat Miltona pt. Historia państwa moskiewskiego i innych mało znanych krajów na wschód od Rosji aż do Kitaju (tj. Chin).

Z innych prac Miltona, jakie jeszcze po śmierci wydobyto na jaw, najważniejsze jest drukowane dopiero w r. 1825 łacińskie dzieło De Doctrina Christiana („O nauce chrześcijańskiej”). Jest to ów system teologii wyłącznie na Piśmie Świętym oparty, do którego napisania Milton w różnych fazach życia się zabierał. Spisany ostatecznie w tych ostatnich latach życia, daje nam ten traktat wierny obraz przekonań religijnych i filozoficznych, do których Milton w tym czasie doszedł.

Ukazuje nam się więc przede wszystkim jako przeciwnik dogmatu o Trójcy Świętej. W tym zgadza się z rozpowszechnioną wówczas i u nas sektą socyniańską, która się rozwinęła ze starego arianizmu; w niektórych jednak szczegółach, mianowicie co do natury Chrystusa, trzyma się Milton pierwotniejszych form czystego arianizmu.

Główny dogmat kalwinizmu, mianowicie wiarę w przeznaczenie111, Milton odrzuca; jest wyznawcą wolności woli.

Najciekawszą jest ta część systemu Miltońskiego, w której traktuje o stosunku ducha do materii. Tutaj przede wszystkim, jak wszyscy prawie wielcy poeci nowożytnej ludzkości, staje na stanowisku panteizmu, to znaczy: uważa wszystkie zjawiska świata materialnego jedynie za wypływy, czyli objawienia jednej przenikającej wszystko istoty boskiej. Z drugiej strony zaś, gdzie chodzi w szczególności o stosunek duszy do ciała w człowieku, Milton zajmuje stanowisko bardzo zbliżone do teorii dziś tak niezmiernie rozpowszechnionej w całym cywilizowanym świecie, która jest znana pod nazwą monizmu: uważa duszę i ciało za pochodzące z jednego wspólnego pierwiastka, a zatem nierozerwalną jedność stanowiące. W następstwie tego wierzy z jedną z licznych ówczesnych drobnych sekt religijnych, że dusza razem z ciałem umiera, to jest, że po śmierci fizycznej następuje zupełne zawieszenie świadomości i wszelkich władz umysłowych i trwa aż do ogólnego zmartwychwstania. To powszechne zmartwychwstanie w dzień Sądu Ostatecznego z powrotem Chrystusa na ziemię jest jednym z głównych dogmatów wiary Miltona; w ten dzień też ma nastąpić stworzenie nowego nieba i nowej ziemi, w której prawda i sprawiedliwość mieszkać będą.

Te wszystkie swoje zapatrywania wywodzi Milton wyłącznie z Pisma Świętego, które obficie cytuje. Na Piśmie Świętym też opiera system etyki i społecznego ustroju Kościoła, który również w tym łacińskim traktacie przedstawia. Tutaj na ogół stoi na gruncie swych dawnych indepedenckich zasad, a więc głosi bezgraniczną tolerancję wszelkich indywidualnych przekonań religijnych, ów woluntaryzm, za który niegdyś walczył wspólnie z Cromwellem. W wielu szczegółach jednak wypowiada przekonania daleko bardziej krańcowe niż kiedykolwiek przedtem: a więc nie uznaje dziesięciorga przykazań, bo te wraz z całym mozaistycznym112 zakonem113 sprzeciwiają się wolności chrześcijańskiej; nie uznaje święcenia niedzieli, jeno114 biblijny sabat, tj. sobotę; zgadza się z sektą baptystów co do chrztu osób dorosłych; zbrojny opór przeciwko tyranii, a nawet starotestamentowe przeklinanie wroga i modlenie się o pomstę nad nim uważa za usprawiedliwione, stając w ten sposób w przeciwieństwie do sekty kwakrów, którzy wyznawali zasadę bezwarunkowego pokoju, czyli bierności; wreszcie co do znanych nam już zapatrywań na rozwód i rozerwalność małżeństwa, posuwa się w nich tutaj tak daleko, że nawet wielożeństwo stara się usprawiedliwić.