Skoro zdrowie biskupa polepszyło się nieco, trzystu zbirów czy żołnierzy przybyło, aby go zabrać z Ronciglione. Przeniesiono go do Rzymu w lektyce i pomieszczono w więzieniu Corte Savella13. Wkrótce potem zakonnice przewieziono również do Rzymu; ksienię zamknięto w klasztorze św. Marty. Cztery zakonnice były oskarżone: panie Wiktoria i Bernarda, siostra furtianka oraz odźwierna, która słyszała zelżywe słowa ksieni do biskupa.
Biskupa przesłuchał audytor Izby, jedna z najwyższych osobistości sądowniczych. Wzięto na nowo na tortury biednego Cezara del Bene, który nie tylko nie wyznał nic, ale powiadał rzeczy wielce niemiłe dla władz, co nań sprowadziło nową porcję tortur. Tym wstępnym męczarniom poddano również panie Wiktorię i Bernardę. Biskup przeczył wszystkiemu bezrozumnie, ale z uporem; opowiadał szczegółowo wszystko, co robił owych trzech wieczorów, najoczywiściej spędzonych u ksieni.
Wreszcie postawiono sobie do oczu ksienię i biskupa; i mimo że Helena wciąż mówiła prawdę, wzięto ją na tortury. Gdy powtarzała to samo, co wciąż mówiła od swego pierwszego wyznania, biskup, wierny swej roli, obrzucił ją obelgami.
Po wielu dalszych aktach, usprawiedliwionych w gruncie, ale skażonych owym duchem okrucieństwa, który po Karolu V i Filipie II14 utrwalił się we włoskim sądownictwie, biskupa skazano na dożywotnie więzienie w Zamku Św. Anioła; ksienię zamknięto na całe życie w klasztorze św. Marty. Ale już signora Campireali, pragnąć ocalić córkę, podjęła wykopanie podziemnego przejścia. Tunel ten wychodził z kanału pozostałego po wspaniałościach starożytnego Rzymu i miał się kończyć w głębokiej piwnicy, gdzie składano szczątki mniszek zakonu św. Marty. Szeroki na dwie stopy, miał ściany z desek, przytrzymujące ziemię po prawej i po lewej stronie; w miarę zaś jak się posuwano, wstawiano sklepienie z dwóch desek, tworzących niby ramiona dużego A.
Przekop ten drążono w głębokości mniej więcej trzydziestu stóp. Ważne było zachować właściwy kierunek; raz po raz studnie i fundamenty dawnych budowli kazały robotnikom zbaczać z drogi. Druga trudność to ziemia, z którą nie wiedziano, co począć; zdaje się, że ją rozsypywano w nocy po ulicach Rzymu. Wszyscy dziwili się tej obfitości ziemi, która, można rzec, spadała z nieba.
Mimo olbrzymich sum, jakie signora Campireali wydawała, aby ocalić córkę, podkop jej odkryto by z pewnością; ale w roku 1585 umarł papież Grzegorz XIII: z opróżnieniem papieskiego stolca rozpoczęło się panowanie zamętu.
Helena cierpiała u św. Marty bardzo; można sobie wyobrazić, z jakim zapałem owe dość ubogie zakonnice siliły się dokuczać ksieni bardzo bogatej i skazanej za taką zbrodnię. Oczekiwała z niecierpliwością wyniku prac podjętych przez matkę. Ale nagle serce jej doznało osobliwych wzruszeń. Już pół roku wprzódy Fabrycy Colonna widząc, iż zdrowie Grzegorza XIII podupada, i mając wielkie zamiary na czas bezkrólewia, posłał jednego ze swych oficerów do Juliana Branciforte, tak znanego obecnie w armii hiszpańskiej pod mianem pułkownika Lizzary. Wzywał go do Włoch; Julian płonął chęcią ujrzenia ojczyzny. Wylądował pod przybranym nazwiskiem w Pescara, małym porcie na Adriatyku poniżej Chietti w Abruzzach, i górami przybył do Petrella. Radość księcia zdumiała wszystkich. Oświadczył Julianowi, że go sprowadził, aby go uczynić swym następcą i powierzyć mu dowództwo armii. Na co Branciforte odparł, iż z punktu widzenia wojskowego rzecz cała jest licha warta, czego z łatwością dowiódł; że jeżeli Hiszpanie naprawdę zechcą, mogą w pół roku i z niewielkim zachodem zniszczyć wszystkie partyzanckie korpusy we Włoszech.
— Ale ostatecznie — dodał młody Branciforte — jeśli książe sobie życzy, jestem gotów. Zawsze znajdzie książę we mnie następcę dzielnego Ranucego, ubitego pod Ciampi.
Przed przybyciem Juliana książę nakazał, tak jak on umiał, aby nikt w Petrella nie ośmielił się mówić o Castro i o procesie ksieni; kara śmierci bez żadnej litości czekała za najmniejsze gadulstwo. Wśród wylewów przyjaźni, z jakimi książę przyjął Juliana, poprosił go, aby nie jechał do Albano bez niego; sam zaś miał odbyć tę podróż tak, iż obsadził miasto tysiącem swoich ludzi, tysiąc dwustu zaś umieścił jako przednią straż na drodze do Rzymu. Można osądzić, co się działo z biednym Julianem, kiedy książę, wezwawszy starego Scotti, który żył jeszcze, do domu, gdzie się mieściła generalna kwatera, kazał go wprowadzić do pokoju, gdzie znajdował się Branciforte. Skoro dwaj przyjaciele padli sobie w ramiona, książę rzekł:
— A teraz, biedny pułkowniku, spodziewaj się wszystkiego, co najgorsze.