1562.
A Rainha entrega a Regencia ao Cardeal D. Henrique.
1564.
Os Tamoyos, senhores de todo o territorio entre Rio de Janeiro e S. Vicente, formão com outros Indios huma temivel liga contra os Portuguezes e dirigem-se ousadamente a attacar a nova povoação de S. Paulo. Porém os Jezuitas ajudados pelo celebre Indio Tebyriçá (depois do baptismo Martim Affonso) salvão-a e repellem os Indigenas.--Tambem a Capitania do Espirito Santo era muito incommodada pelos Indios; e já havia perecido Fernão de Sá filho do Governador, mandado por seu Pai a debellar os selvagens.--Continuando cada vez mais terrivel a guerra feita pelos Indios, os PP. Manoel da Nobrega e José Anchietta, depois de passarem milhares de perigos obtem a paz dos Tamoyos (foi por esta occasião que José Anchietta compoz em latim e reteve de memoria o celebre poema da Virgem).--Chega á Bahia Estacio de Sá, sobrinho do Governador, enviado pela Côrte a expulsar definitivamente os Francezes.
1565--1567.
Em Março de 1565 desembarca Estacio de Sá junto ao monte Pão-d'Assucar no Rio de Janeiro. Depois de longa resistencia dos Francezes, ajudado pelo Governador seu Tio, pelos PP. Nobrega e Anchietta, e pelo Indio Ararigboia, consegue expellir definitivamente os invasores depois de lhes tomar o forte Uraçumiri (1567): porém não poude colher os louros da victoria por expirar poucos dias depois, de huma gloriosa ferida que recebera.--Os Francezes sahindo do Rio de Janeiro tentão apossar-se de Pernambuco; porém são com denodo repellidos pelo Governador da Capitania.
1568.
He acclamado Rei D. Sebastião (20 de Janeiro), tendo apenas 14 annos de idade.--Salvador Corrêa de Sá e Benavides, que muito se distinguira na expulsão dos Francezes, é nomeado Governador do Rio de Janeiro, e lança os fundamentos da Cidade de S. Sebastião na margem occidental da bahia (é hoje a Capital do Imperio), cujo plano já fôra traçado por Mem de Sá.--Auxiliado pelo celebre Ararigboia (ou Martim Affonso de Sousa, que não devemos confundir com Tebyriçá) repelle os Francezes e Tamoyos que tinhão vindo attacal-o inopinadamente para se vingarem da derrota antecedente.