Os seus vencimentos em 1764 constam do seguinte decreto:
«A Junta da Caza e Estado de Bragança manda fazer novo assentamento a Manuel da Maya M.^e de Campo General de meus exercitos e guardamor da Torre do Tombo de hum conto duzentos oitenta e oito mil reis, que deve haver em cada h[~u] anno pelo Thesoureiro da mesma Caza, que são de sinco parcellas, que levava na folha d'ella, a saber quatrocentos e oito mil reis, que antecedentem.^{te} lhe erão concedidos de ordinaria sem abatimento de quatro e meyo por cento; duzentos mil reis de tença com o encargo de pagar quatro e meyo por cento; sento e sessenta mil reis de ordenado como chronista; cento e vinte mil reis para aluguer de casa, por aviso de 18 de Dezembro de 1754, e quatrocentos mil reis mais de ordinaria, que lhe mandei continuar por Alvará do d.^o dia 18 de Dezembro de 1754. Belem 30 de Julho de 1756. Rubrica del Rey N. S.—Reg.^{da} a fl. 56.»
Manoel da Maya foi nomeado mestre de campo general por carta patente de 24 de janeiro de 1758, e sargento mor de batalha pela carta patente de 12 de janeiro de 1760.
Entre os trabalhos que ao distincto engenheiro foram confiados, estão os do hospital das Caldas da Rainha. D'isso dá noticia esta carta que se conserva na propria lettra de Manuel da Maya.
Senhor
No anno de 1706 se entregarão no Tribunal da Meza da Consciencia que tem o governo do Hospital das Caldas da Raynha, quarenta mil cruzados em fazendas p.^a do seu producto se formar a convalecenca p.^a os doentes pobres, que se vão curar ao d.^o hospital, e com effeito chegou a haver dous mil cruzados de renda por anno produzidos da redução que se fez das taes fazendas; mas no anno de 1750 ultimo em que a Mag.^{de} Fidelissima S.^{or} Rey D. João Quinto quiz continuar aquelle remedio, senão achava fabricada a convalecença, o que o Mesmo Senhor determinou se executasse; e com esta firmeza principiei a mandar conduzir alguns materiaes p.^a a tal obra; e por q o dito Tribunal mandou ao seu Architecto fizesse planta p.^a a tal convalecença, e este a fizesse, e se formasse consulta pella Mesa da Conciencia, desta consulta se me deo vista p.^a eu responder o que me parecesse; e por[~q] achei [~q] se devia regeitar huma janela que se queria abrir em huma casa pertencente ao commodo das Religiosas, e o haver que nas janelas de tal convalecença se intentara fazer de mais despesa e feitio [~q] o da Frontaria do Hospital, o declarei assim na minha resposta declarando os inconvenientes que havia nas ditas duas couzas: e entendo [~q] esta consulta se acha detida na Secretaria do Estado, de que foi secretario Diogo Mendonça Corte Real, que hoje habita em Mazagão, na qual secretaria se pode procurar esta consulta p.^a se lhe dar a providencia necessaria, assim p.^a bem dos pobres convalecentes, como p.^a o d.^o Tribunal dar cumprimento a obra de que se encarregou. V. Mag.^{de} mandará o que for servido. Lisboa 2 de 9.^{bro} de 1761.
Manoel da Maya.
Autographo.
Importantes foram os serviços prestados por Manuel da Maya á Torre do Tombo como guarda-mor, não só no que respeita á ordenação e catalogação dos documentos, mas por occasião do terremoto de 1755 em que, em vez de acudir á sua casa, que deixou arder, procurou no que poude salvar os thesouros do Archivo.
Falleceu em 17 de setembro de 1768, e foi, conforme a sua vontade, sepultado na casa de capitulo do convento de S. Pedro de Alcantara. Passava dos noventa e um annos; e toda a vida manteve severamente um voto de castidade que fizera aos doze.