O altar-mór está elevado, sobre o pavimento da capella; quatro degraus se sobem para lá chegar.
Além do altar-mór abre-se um grande arco que abriga o sacrario, soberba obra d’arte muito elegante, em madeira entalhada e dourada; atraz fica o vasto côro, agora sacristia, no mesmo nivel da egreja. Proximo do grande altar, no chão, ha uma abertura circular que diz para a fonte de agua milagrosa.
A meio da capella-mór o singelo tumulo da fundadora.
Na capella-mór ha duas capellas lateraes; outras duas no cruzeiro.
Empregaram na construcção marmores branco e vermelho, servindo-se da pedra d’Arrabida na ornamentação; nos frisos e molduras sobresahem quadrados, losangos, ellipses feitos n’essa pedra, bem trabalhada e polida. A pedra vermelha fórma o fundo, a branca a parte saliente e ornamental.
Nos grandes nichos da capella-mór estão dezesete estatuas em marmore: Nossa Senhora com o Menino de Jesus, S. Thomé, S. André, S. João, S. Lucas, S. Matheus, S. Marcos, S. Simão, S. Mathias; estas á direita, olhando para o altar-mór; á esquerda, S. Filippe, S. Thiago Maior, S. Pedro, S. Judas Thadeu, S. Thiago Menor e S. Bartholomeu. As estatuas da Virgem e dos Evangelistas são maiores.
Estas estatuas são em marmore branco d’Estremoz, lindo marmore; o trabalho é muito pegado, os artistas não se atreveram a desligar, a destacar braços ou mãos.
No exterior do edificio, lado sul, ha outra estatua de Nossa Senhora com o Menino e, ainda uma terceira na frontaria do Collegio Militar; todas da mesma época e do mesmo estylo acanhado. São todavia de bom trabalho, e representam excellentemente o estado da estatuaria em Portugal naquelle tempo.
No altar-mór admiramos alguns baixos relevos em fino jaspe, em seis pequenas pilastras; são figuras symbolicas da Fé, Justiça, Fortaleza, etc.
Sobre a figura da Fortaleza ha um medalhão com Hercules, o leão e o centauro finamente executado.