Estas guerras civis tomaram proporções que o rei, se unicamente fosse dominado pelo desejo da concentração do poder, poderia evitar. Excommungado pelo pontifice e perseguido pelo soberano de Leão, o monarcha portuguez encaminhou a contenda para uma via diplomatica. Enviado a Roma um embaixador, foi o pleito julgado por dois abbades de Cistér, que condemnaram D. Affonso a uma multa extraordinaria, para satisfazer as custas da peleja encetada por elle.
Não se conformando com a sorte, foram os castellos entregues aos templarios, como depositarios e administradores dos bens. O papa morreu; rixas intestinas entre o clero e a corôa portugueza interromperam a demanda, que ficou por decidir no reinado d’Affonso II, fallecido a 25 de março de 1223. Succedeu-lhe seu filho D. Sancho II, rei illustrado e valente, mas de todo infeliz. Este monarcha acabou o litigio com as irmãs de seu pae, não só por conveniencias, mas por decencia.
Era uma vergonha a desharmonia da familia real; e o chefe, reprovando no seu intimo a generosidade do avô, cedeu ás imposições do mundo... nem parecia da edade média.
Combinou-se que as donatarias prestassem homenagem ao soberano e contribuissem com gente para a hoste real, obrigando-se o rei a defender-lhes a propriedade.
Como dissemos, D. Sancha residiu algumas vezes em Alemquer, até que, movida do seu instincto religioso, professou no mosteiro de Cellas, onde falleceu em 13 de março de 1229. Jaz em Lorvão.
O senhorio da villa passou á irmã, D. Thereza, esposa do rei de Leão, D. Affonso IX, de quem se separou por motivos de parentesco. Recolhida a Portugal, fez-se monja em Lorvão, fallecendo n’este mosteiro a 17 de junho de 1250.
No reinado de D. João V foram estas senhoras beatificadas pelo Papa Clemente XI; os seus corpos trasladaram-se, com pompa digna do Salomão portuguez, para o altar mór da egreja onde ambas jaziam.
Depois d’estas princezas, passou Alemquer para o dominio das rainhas. Só mais tarde D. Izabel de Lencastre, filha d’el-rei D. João I, teve o senhorio da villa por successão a sua mãe, D. Filippa, até que D. Leonor d’Aragão, esposa de D. Duarte, tomou posse da terra que estava destinada para joia preciosa do diadema brilhante das Soberanas de Portugal.