Quanto aqui enumero pertence indubitavelmente à restauração e inovamentos de Albuquerque.
A julgar por destroços e restos de azulejos que se encontram nas argamassas, ou de azulejos cerceados e recortados a cobrir as pequenas paredes, que formam a caixa para as plantas dos alegretes e que mostram ter para ali vindo de lugar apropriado, a coleção já foi mais variada.
Uns azulejos lisos remendando quadros do mesmo padrão, mas de relevo cavado, provam ter havido reparação no azulejamento e alguns com escorregamento de tintas dirão ter-se recorrido a um fabricante, que por inábil houve de ser posto de parte.
Estas reparações deverão atribuir-se a D. Jerónimo Manuel, «o Bacalhau», que teve o morgado e habitou o palácio por bastantes anos antes e depois da sua viagem à Índia, e, continuadas talvez por seu filho D. Jorge, que também habitou o palácio, aonde faleceu em outubro de 1651.
Afonso de Albuquerque, filho, com sua mulher D.ᵃ Maria de Noronha, vinculou a quinta em 1568; dez anos depois ainda esta dama vivia, mas seu marido, já provecto, enviuvando, passou a segundas núpcias com D.ᵃ Catarina de Menezes; pouco durou esta nova união de Afonso de Albuquerque, porque em 1581 faleceu. De nenhum dos matrimónios restaram filhos, mas houve um natural, D. João Afonso de Albuquerque, que pretendeu suceder no morgado. Foi nele apossado, mas seguiu-se porfiado litígio, movido pelo ramo de Fernando de Albuquerque, chamado na instituição à administração do vínculo. Só em 1609 a causa foi decidida a favor de D.ᵃ Maria de Mendonça, mulher de D. Jerónimo, o Bacalhau.
Estes cônjuges estabeleceram residência no palácio, aonde D. Jerónimo faleceu em 1620. Já em 1607 o hospital, instituído por Afonso de Albuquerque, estava em ruínas, e o palácio e quinta corriam-lhes parelhas; é de crer, pois, que as reparações fossem do Bacalhau e seu filho Jorge. Em 1623 ainda encontro residindo na quinta um 4.10 Real, ladrilhador, que aqui poderia estar na reparação do azulejamento.
As ruas do jardim e as que correm ao longo dos muros do quadrângulo superior tinham o pavimento de famoso tijolo de 0,20 × 0,10, de excelente barro, bem fabricado e cozido, de que existem restos.
Estas ruas são orladas de alegretes para flores. Um arrendamento de 1674 impe ao rendeiro da quinta a obrigação de tosquiar o buxo do jardim e ruas duas vezes por ano e limpar os craveiros dos alegretes.
Do lado do muro estes alegretes são a espaço interrompidos por cadeiras de alvenaria revestidas de azulejo; do lado oposto, também a distâncias certas, há uns cubos mais elevados para plantas de maior porte. O azulejo destes cubos é sempre de qualidade superior ao dos alegretes, variando no desenho e todo de relevo. Entre cubo e cubo e entre cadeira e cadeira, nos panos de cada alegrete encontram-se quatro formosos azulejos de relevo, assentes em diagonal: são dos mais apurados no gosto, no desenho, nas tintas e no esmalte. O fundo destes azulejos é branco, os desenhos folhas e flores de fantasia, e nuns aparecem uns frutos, que na fórma se aproximam da romã (n.ᵒ 15). Os desenhos são combinados para quatro azulejos. Os padrões n.ᵒs 11, 23, 25 e 33 encontro-os notados como puro renascimento italiano[23], muitos outros podem assim ser classificados e terão vindo feitos de Itália, ou serão fabricação portuguesa sobre desenhos daquele país. Neles dão-se os característicos dos produtos cerâmicos sículo-árabes: espessura do vidrado e colorido terminado a meado por grossas gotas de tinta coaguladas[24]. Há mais dois padrões: um (n.ᵒ 9) notou-o Haupt no alcaçar de Sevilha, outro (n.ᵒ 37) para cercadura, em Santa Maria de Penha Verde[25]. A variedade no azulejamento é extraordinária, quer as placas sejam lisas, de uma só cor, com desenhos policromos, ou de relevo cavado e coloridos.
A mesma variedade se encontra nas cintas de azulejo, que emolduram as portas e janelas, quer as paredes sejam nuas ou azulejadas, distinguindo-se entre estas cercaduras as da Casa da Índia (n.ᵒ 5), de desenho fino, correto e de bom gosto, remendadas com uma imitação mal produzida, e que foi noutras partes aproveitada para o mesmo emolduramento.