Bem novo encetou D. Francisco a carreira das armas, pois em 1663 já se encontra na restauração de Évora. Em 1666, quando o conde de S. Vicente, João Nunes da Cunha, passou à Índia por vice-rei, D. Francisco Sebastião acompanhou-o e em breve ali morreu, como seu irmão Jerónimo, solteiro e sem geração legítima. Até fins de 1668 ainda os contratos são celebrados pelo marquês de Nisa, como tutor de seu sobrinho Francisco. Em princípio de 1669 já era falecido.
De D. Francisco Sebastião de Albuquerque[46] apenas ficou uma filha natural, D.ᵃ Maria de Albuquerque, freira em Odivelas.
Extinto este ramo, a casa foi devolvida ao primogénito de D.ᵃ Antónia de Mendonça, irmã de D. Jorge Manuel.
VI
Dos filhos de D. Jerónimo Manuel, «o Bacalhau», D.ᵃ Antónia de Mendonça casou com Pedro de Mendonça, alcaide-mor de Mourão, comendador de Santiago de Cacém e que, depois da conspiração do marquês de Vila Real, teve de D. João IV a comenda de Vila Franca, que havia vagado pelo crime daquele fidalgo.
D.ᵃ Antónia e seu marido residiram no palácio de Azeitão, aonde lhes nasceram dois filhos:
—Luís de Mendonça, batizado em S. Simão de Azeitão a 4 de julho de 1627, e Jerónimo Manuel, batizado na mesma freguesia, a 14 de agosto de 1630.
Estes outros filhos:
—Nuno de Mendonça,