Em setembro de 1626 requereu a camara da villa de Aveiro, representada pelos vereadores Antonio da Cruz Botelho, Raphael de Figueiredo e Manuel de Almeida, e as religiosas do convento de Jesus, representadas tambem pela sua prioreza Soror Marianna de Belem, ao bispo de Coimbra D. João Manuel, afim de se procederem ás justificações necessarias da «virtuosa vida e santa morte da Princeza D. Joanna, filha de el-rei D. Affonso» afim de se obter a sua beatificação e canonisação. D. João Manuel, por despacho de 27 do mesmo mez e anno, ordenou ao provisor do bispado o dr. Bernardo da Fonseca Saraiva, viesse pessoalmente a Aveiro e désse andamento ao processo requerido; que levado a final, o mesmo prelado mandou subir á presença do Papa Urbano VIII, por sentença de 8 de outubro de 1627.
Por causas hoje desconhecidas, só passados sessenta e dois annos, é que de novo se tractou de obter a beatificação de D. Joanna. Em 1676, sendo prioresa do convento de Jesus D. Filippa de Menezes, fr. Manuel Mascarenhas, prior do convento de S. Domingos, indo pessoalmente a Roma, conseguiu que se expedissem as bulas para o bispo de Coimbra, então D. João de Mello, vir a Aveiro examinar os restos mortaes da Santa Princeza, e o que havia de verdadeiro nos milagres que se diziam obtidos por intercessão sua. D. João de Mello, por provisão de 11 de março de 1689, delegou todos os seus poderes no promotor do bispado o dr. Manuel Spinola de Vasconcellos, e notario apostolico Francisco Alvares da Costa, os quaes vieram aqui, e depois de haverem inquerido algumas testemunhas, e visto os cabellos que cortaram a D. Joanna quando lhe lançaram o habito, e bem assim o escapulario e a camisa com que falleceu, que então, e ainda hoje se guarda no convento com a maior veneração, examinou tambem os seus restos mortaes.
Aberto o tumulo, em 29 de junho d'aquelle anno, onde se guardavam tão venerandas reliquias, na presença de todas as religiosas, e dos superiores dos tres conventos de frades d'aqui, fr. Manuel Mascarenhas, fr. João das Chagas, e fr. Ignacio de Espozende, e dos priores das collegiadas de Nossa Senhora da Oliveira, e de S. Miguel, D. Pedro de Souza e fr. Thomé de Sequeira, foi verificado pelo dr. Manuel Spinola de Vasconcellos, que envoltos em toalha de linho estavam os ossos (completos) d'um corpo humano que pelo auto que se achava junto se julgaram ser o de D. Joanna.
Enviados, finalmente, todos os processos a Roma, a instancias de el-rei D. Pedro II, e alguns grandes de Portugal, o Papa Innocencio XII beatificou solemnemente D. Joanna, por bulla de 4 de abril de 1693, designando o dia 12 de maio para a sua festividade.[62]
Por decreto da congregação dos ritos, de 9 de julho de 1694, ordenou-se que se rezasse da Beata Joanna em todo o reino de Portugal e suas conquistas; debaixo do rito semi-duplex; e por outro decreto da mesma congregação de 6 de abril de 1715 se concederam lições e oração para o seu officio.
Poucos annos depois de ter lugar a beatificação, o prior do convento de Nossa Senhora da Mizericordia (S. Domingos) fr. Pedro Monteiro, obteve de el-rei D. Pedro II os meios necessarios para a construcção dum tumulo mais sumptuoso do que aquelle em que se guardavam as santas reliquias.
Foi incumbido da obra o architecto da Casa Real João Antunes,[63] que lhe deu principio em 1699. É obra digna de immortalisar um artista distincto, e é esta a rasão porque se tem attribuido a estranhos, chegando-se a affirmar com convicção que ella viera da Italia. O seu custo foi de 4:800$000 réis. Fr. Lucas de Santa Catharina descreve-o assim: «É o tumulo quadrado e alteroso, lavrado de jaspes finissimos com variedade de embutidos primorosos, e em cada remate um anjo; sobre o tumulo se vêem as Quinas Portuguezas, e na face a corôa de espinhos, que a Santa escolheu para gloriosa empreza, e teve por estimavel troca. Toda a obra respira magestade, e saudosas lembranças.» A descripção nada tem de exagerado; é fiel, tanto quanto é possivel.
Em 28 de agosto de 1711 ordenou D. João V ao bispo de Coimbra, D. Antonio de Vasconcellos e Sousa, que viesse trasladar as cinzas da Santa Princeza, para o novo tumulo. Em 10 de outubro d'este anno entrou o bispo no convento e abrindo o caixão onde se guardavam os restos da Santa, verificou a sua identidade, do que lavrou o competente auto.[64] Depois d'um solemne triduo, celebrado na egreja do convento, teve finalmente lugar no dia 25 a trasladação. O cofre em que guardavam as cinzas, foi levado procissionalmente pelas ruas da villa, pelos abbades benedictinos, fr. Ignacio de Athayde, fr. Antonio de S. Bento, fr. Bento de Mello, e fr. Bernardo Telles. Formavam o prestito os religiosos dos tres conventos que aqui havia, todo o cabido da sé de Coimbra, e mais de trezentos clerigos seculares. No couce ia o bispo D. Antonio de Vasconcellos, o senado e um grande numero de nobres. Chegado que foi o cofre ao convento, foi deposto pelos quatro abbades dentro do tumulo que o bispo em seguida fechou e lacrou.
Em 1729 representou a D. João V a communidade do convento de Jesus para que se obtivesse de Roma a canonisação. O monarcha acedeu de prompto, e alem da representação que enviou á Santa Sé, mandou entregar ao procurador do convento, fr. Ignacio do Amaral, 2:600$000 réis para custeamento das despezas que se houvessem de fazer. N'esse mesmo anno expediu a commissão dos ritos ordens para se proceder ao inquerito rigoroso das virtudes da Santa.
Em 1 de junho de 1750 foi novamente aberto o tumulo pelo bispo de Coimbra, que remetteu para Roma o auto do seu exame, bem como o processo que por essa occasião instauraram por ordem do mesmo prelado os drs. Antonio Vicente de Vasconcellos e Manuel Coimbra Soeiro d'Almeida.