Эскадра направлялась все на юг и часто приставала к берегу, будучи вынуждена к тому бурями. Везде во время этих остановок испанцы выманивали у туземцев много золота. Жадность их разгоралась все более и более. В то время как Колумб обращался с туземцами кротко и справедливо и того же требовал от своих подчиненных, последние горели жаждою грабежа. Скоро во время остановок стали производиться, без ведома Колумба, ночные экспедиции на берег, причем участники их беспощадно грабили и даже убивали туземцев. Это прекратило мирные сношения между туземцами и испанцами, а молва о появлении ужасных грабителей быстро распространилась по всей Центральной Америке, так что скоро для испанцев стало опасно приставать к берегу, ибо везде их ожидали засады туземцев, и тысячи копий и стрел летели в них из этих засад. Однако огнестрельное оружие давало испанцам везде перевес, наводя ужас на туземцев. Колумб, чтобы избежать кровопролитий, всякий раз, когда готовился пристать к берегу, предварительно делал несколько выстрелов из пушек в воздух. Гром выстрелов наводил ужас на туземцев, и они разбегались, оставляя берег свободным.
Между тем борьба с бурями в течение четырех месяцев привела корабли Колумба в самое жалкое положение; к этому присоединился недостаток в провизии. Офицеры и матросы экипажа, не придававшие никакого значения открытию прохода в Великий океан, стали роптать на Колумба и требовать, чтобы он, наконец, остановился где-нибудь на одном месте. Колумбу не впервые приходилось иметь дело с сопротивлением спутников, и он, быть может, продолжал бы борьбу с ними, стремясь к поставленной себе цели; но эскадра действительно пришла в такой вид, что с ней было почти невозможно продолжать исследования, и Колумб решил направиться к той части северного побережья Центральной Америки, которая носит название Верагуа.
Когда эскадра приблизилась к Верагуа, снова поднялась сильная буря. Полуразбитые корабли не могли пристать к берегу, так как ветер относил их в море. Дождь, молнии, страшные порывы ветра - все это не останавливалось ни на одну минуту ни днем, ни ночью в течение целого ряда дней. К довершению беды Колумб заболел; у него открылась рана, полученная некогда в молодости в борьбе с турками. Казалось, что он неминуемо умрет. Некоторые из спутников Колумба не вынесли всех этих тяжелых испытаний и поумирали. Полное отчаяние овладело всеми.
На восьмой день этой ужасной бури новый феномен привел всех в смертельный ужас. В первый раз испанцы увидели явление, известное под именем смерча, или тифона. На глазах испуганного экипажа воды моря поднимались конусами, черные облака спускались к поднятым водяным массам и соединялись с ними, так что образовывались громадные столбы, носившиеся по морю и грозившие поглотить жалкую флотилию. Ужас, обуявший всех, был так велик, что Колумб, который казался совершенно умирающим, поднялся и стал принимать меры против грозного явления. Меры эти соответствовали духу времени. Вместо пушечных выстрелов, которыми теперь разбивают тифоны, Колумб приказал зажечь благословенные свечи, вынести на палубу знамена со священными изображениями и читать Евангелие, а сам рассекал шпагою воздух по направлению тифонов и чертил ею магические круги. Тифоны счастливо прошли мимо кораблей, и матросы приписали это обстоятельство магическим познаниям Колумба.
Буря продолжалась еще несколько дней. Самое ужасное было то, что провизия, которая еще оставалась в небольшом количестве на кораблях, была до такой степени пропитана морской водой, что ее почти нельзя было есть. Наконец корабли пристали к берегу. Колумб купил у туземцев достаточный запас провизии и сделал некоторые починки на кораблях. Но здесь эскадру ожидала новая беда: гавань, в которой она остановилась, была устьем реки; вода в последней так быстро и неожиданно поднялась, что напор ее бросил корабли Колумба один на другой, и они едва не разбились. Кое-как эскадра выбралась в море и наконец пристала к Верагуа.
Верагуа была избрана ввиду того, что все туземцы Центральной Америки, с которыми экспедиция вступала в сношения, указывали на эту страну как на богатейшую месторождениями золота. И действительно, несколько экспедиций, предпринятых испанцами в глубь страны, дали им возможность собрать меною от туземцев громадное количество золота, откуда они заключили о присутствии в Верагуа богатых месторождений этого металла.
Колумб решил основать здесь колонию. Он мечтал, что она станет новым опорным пунктом его, а доставляемые ею богатства дадут ему возможность предпринять экспедицию для открытия Великого океана и лежащих за ним стран Азии, описанных Марко Поло. Предполагалось, что Варфоломей с большею частью экипажа останется во вновь основанной колонии, а Колумб вернется в Испанию, организует новую экспедицию, наберет колонистов и доставит в новую колонию всевозможные припасы. Были построены хижины; с кораблей перенесли в них оружие, запасы одежды и прочее. Колумб собирался уже отплыть. Но в это время он с ужасом заметил, что его корабли изъедены червем, водящимся в тропических морях, и грозят потонуть. Пришлось выгрузить на берег все, что было на кораблях, и приняться за починку их. Это заняло много времени, и только в апреле 1503 года Колумб мог оставить колонию.
Встречный ветер не дал ему далеко уйти, и он должен был снова пристать к берегу. Это было счастьем для оставленных испанцев, так как, лишь только корабли Колумба отплыли, туземцы Верагуа, выведенные из терпения жестокостями испанцев, восстали и напали на оставшихся колонистов, которые, ничего не подозревая, разделились на несколько групп, отделенных друг от друга значительным расстоянием. Многие испанцы были убиты, другие ранены, в том числе Варфоломей. Последний послал оставленную ему шлюпку к Колумбу, чтоб известить его о случившемся и просить подать помощь оставшимся в живых колонистам, которые были осаждены в своей колонии массою туземцев. Но, как Колумб ни старался подойти к колонии, встречные ветры отбрасывали его корабли в море, и колонисты были предоставлены собственной участи. Положение их было ужасно, так как всякого, выходившего из колонии, ожидала неизбежная смерть от копьев и стрел туземцев, а между тем в колонии совсем истощился запас провизии и начался голод со всеми его ужасами. Наконец море успокоилось, и Колумб мог забрать на свои корабли измученных и израненных колонистов, еще оставшихся в живых.
Итак, попытка основать колонию на материке Южной Америки не удалась. Колумб устроил совещание из своих офицеров для решения вопроса о том, что делать. Запасов провизии на кораблях могло хватить на переезд до Испании лишь в том случае, если бы экипаж кораблей был значительно уменьшен; теперь же, когда на корабли были снова взяты колонисты Верагуа, припасов не могло ни в каком случае хватить на столь долгий путь. К тому же и корабли пришли в такое состояние, что пускаться на них в Европу было крайне опасно. Поэтому совет решил, что экспедиция отправится к Гаити, починит там корабли, сделает запас провизии и уже тогда отправится в Европу.
Скоро одно из судов обнаружило такую сильную течь, что пришлось бросить его, а экипаж перевести на другие суда. Последние тоже имели течи, и только чрезвычайные усилия экипажа спасали их от потопления. К этому присоединились волнения среди экипажа. Большинство офицеров, из-за своего невежества, пришло к опасному заблуждению, будто Колумб ошибается в направлении пути, и требовало от него, чтобы он изменил его. К офицерам присоединились матросы, думавшие, что Колумб не хочет плыть к Гаити, боясь, что его не. пустят на этот остров, как не пустили уже один раз. Напрасно Колумб старался объяснить экипажу, почему он выбрал данное направление, а не другое: взбунтовавшийся экипаж самовольно изменил направление, благодаря чему корабли попали под ветер, были отнесены к Ямайке и никак не могли двинуться к Гаити, будучи отталкиваемы встречными ветрами.