Долгое время преподобный не хотел, несмотря на настояние братии, принять ни иерейского, ни игуменского сана; наконец он сдался на просьбы братии и был рукоположен в священно-иноки епископом Афанасием и сделался игуменом маленькой обители.
Влияние его на других монахов сказывалось, главным образом, в примере, который он являл своею жизнью.
Он своими руками построил несколько келий, сам рубил дрова в лесу и приносил в обитель, молол рожь на ручных жерновах, пек хлебы, варил пищу, даже шил одежду и обувь. Смирение и трудолюбие его простиралось до того, что он сам носил воду с подножия горы на верх ее и у каждой кельи ставил по ведру. Он же делал свечи, варил кутью, пек просфоры.
Имея столь разнообразные дела, он успевал, однако, ежедневно служить обедню и приходил на все другие службы.
Сделавшись игуменом, святой Сергий ввел некоторые правила монастырского обихода.
Например, сделалось обычаем, чтобы после повечерия иноки не ходили из кельи в келью для бесед друг с другом, но каждый оставался бы в своей, отдаваясь молитве или занимаясь работой.
За соблюдением этого правила он следил сам.
В долгие осенние вечера или глубокой ночью он обходил обитель и иногда заходил в кельи. Застав инока за работой или молитвой, хвалил его, если же случалось встретить беседующих, он старался объяснить им, почему необходимо подчиниться общему уставу и какой грех они делают, нарушая уставы.
В большинстве случаев он не входил в келью, а только, услышав говор, стучал в дверь своим посохом, давая знак прекратить беседу, и уже наутро увещал, а на отрицающих свою вину налагал эпитемию.
Другое правило, которое преподобный ввел в монастырский уклад, было то, что братии, какова бы ни была недостача или нужда в пище, не дозволялось ходить просить ее по окрестным деревням.