Кончина его была тихая и светлая.
Он скончался к утру 12 февраля 1378 года, благословив всех присутствовавших и сам начав читать молитвы на исходе своей души.
Едва разнеслась весть об его кончине, народ толпами потянулся к монастырю, собрались все епископы, бояре и князья.
Отовсюду неслись глухие рыдания.
Усопший святитель лежал, как живой, с светлым, спокойным лицом.
С печальным надгробным пением понесли на смертном одре тело святого Алексия в созданный им храм Архистратига Михаила, положили во гроб и погребли в приделе Благовещения Богоматери.
Великий князь помнил смиренный завет святителя о погребении его вне стен храма, но по совету епископов решился отступить от него.
Впоследствии, много лет спустя, явились мощи святого Алексия.
Произошло это таким образом.
Верх церкви, в которой был погребен святитель, обрушился. Разбирая основание для восстановления церкви, нашли тело святого Алексия нетленным, вынули его из земли и, после отстройки нового храма, поставили в нем раку с мощами святителя.