Через Стефана, между прочим, он познакомился и вскоре подружился с преподобным Сергием Радонежским.
В монастыре святой Алексий повел самую суровую жизнь: непрерывная молитва, строгое воздержание выделяли его из числа других монахов; он всех приводил в изумление своими подвигами благочестия. Святой Алексий оставался в обители до 40 лет; когда митрополит Феогност взял его к себе для управления церковными судами на митрополичьем дворе. В этой должности, именуясь наместником митрополичьим, он пробыл 12 лет. При митрополите жило много греков, от которых св. Алексий выучился греческому языку и затем занялся сличением славянского перевода Нового Завета с греческим подлинником и исправлением текста славянского по греческому; перевод этот отличается буквальною близостью к греческому тексту.
"Сей подвиг, -- говорит митрополит московский Филарет, -- важен, между прочим, потому, что через него святитель, Богом просвещаемый, предварительно обличил неправое мнение людей, явившихся после него, которые даже доныне утверждают, будто в священных и церковных книгах и описку переписчика исправить, и непонятное слово перевода заменить понятным -- непозволительно и противно православию; он поверял и исправлял; а потому, очевидно, не так рассуждал, как новые ревнители не очень старой старины, а точно так же, как и древле и ныне рассуждает православная церковь" [Высокопреосвященный Филарет, митрополит московский, в слове в день обретения мощей святого Алексия. Слова и речи митрополита московского й коломенского. Том IV, 1836-1848 годов, стр. 48, 49.
В 1892 году по поводу пятисотлетия памяти преп. Сергия -- друга св. Алексия -- покойным митрополитом московским Леонтием было предпринято издание всей рукописи святителя, посредством фототипии. В конце предисловия, издатель, обращаясь к преп. Сергию, говорит: "Не нахожу ничего благопристойнее для почтения Твоей исторической памяти, как возложить на Твою гробницу этот Новый Завет, переведенный и переписанный собственною рукою великого всероссийского митрополита и святителя Алексия, Твоего наставника и друга".].
Митрополит Феогност, а также и великий князь московский Симеон Иоаннович очень полюбили святого Алексия за чистоту его жизни и кротость характера. С согласия великого князя митрополит поставил святителя епископом г. Владимира, а когда владыка и Симеон Иоаннович пали жертвою моровой язвы, наследовавший престол брат умершего князя Иоанн Иоаннович собором избрал св. Алексия на митрополию.
В это время святителю впервые пришлось претерпеть от человеческого тщеславия и мирской суеты.
По требованию Константинопольского патриарха св. Алексий должен был явиться в Константинополь, что владыка и исполнил. Патриарх благословил его на митрополию, но каково же было изумление святителя, когда он, вернувшись в Россию, нашел себе совместника в лице Романа: под давлением юго-западных князей Константинопольский собор поставил Романа митрополитом для запада России. Церковь русская была очень смущена этим разделением и желала иметь своим первосвятителем одного Алексия.
Роман между тем рассылал по епархиям своих посланных с требованием дани и изъявлял притязания на Киев и Тверь; ни там, ни тут он не был принят.
В церкви русской поднялась великая смута.
Чтобы положить ей конец, св. Алексий решился вновь предпринять путешествие в Константинополь, куда прибыл и Роман. Патриарх Каллист подтвердил Роману, чтобы он был митрополитом только Литвы и Волыни, а Киев и Великую Россию предоставил управлению св. Алексия.