С приходом эскадры Ушакова французы поняли безнадёжность своего положения. До этого они могли уйти с помощью Али-паши. Теперь этот шанс пропал, так как Али-паша не смел открыто показать свои связи с французами.
После некоторого размышления французы сообщили, что они сдадутся, если Ушаков переправит их на своих судах во Францию. Ушаков категорически отверг такие условия. Обстрел крепости возобновился. И Миолетт стал просить отправить гарнизон хотя бы в Анкону. Но и это предложение не было принято. От французов требовали полной капитуляции.
В это время «старшины» острова сообщили Ушакову, что 8 тысяч добровольцев ждут позволения принять участие в штурме. В крепости были уже пробиты бреши, и французы, боясь штурма, 1(12) ноября выбросили белый флаг, а на следующий день, приняв все условия Ушакова, капитулировали.
В плен было взято 512 человек, в том числе 46 офицеров. Среди трофеев были два знамени, 59 медных и чугунных пушек и мортир, 817 ружей, 10 110 ядер и много других боевых припасов. Месячный запас продовольствия также достался победителям.
Таким образом, янинский паша не смог получить остров, который ему так хотелось иметь.
Маяк на острове Св. Мавра.
При всей своей дерзкой смелости он побоялся открыто выступить против Ушакова.
Он был слишком умён, чтобы не понимать риска, связанного с этим шагом.
Али-паша попробовал поссорить Ушакова с турками. Тайные агенты его подбивали турецких матросов не повиноваться русским. Однажды, вскоре после взятия о. Св. Мавра, большая группа турецких матросов учинила ночью на острове грабёж населения. Сбежавшиеся жители разогнали бандитов и, захватив несколько человек, доставили их к Ушакову. Событие было неприятно Ушакову, и он решил в корне пресечь турецкие грабежи. Отправляя к Кадыр-бею пять захваченных на месте преступления турок, Ушаков 5 ноября 1798 г. писал: