А сам Столыпин 6 сентября, за No 539, телеграфировал в Одессу Каульбарсу:
"Благоволите телеграфировать, конфирмован ли вами приговор по делу захвата Екатерининской железной дороги, и, в утвердительном случае, имели ли место какие-либо особые обстоятельства, усугубляющие вину приговоренных к смертной казни восьми лиц, или же конфирмация последовала только за необращением их с ходатайством о помиловании. В виду посланной вашему высокопревосходительству военным министром телеграммы о приостановлении приведения приговора в исполнение, не предполагаете ли вы войти с представлением об облегчении участи осужденных".
В ответ на эту телеграмму он получил на другой день следующее сообщение:
"Приговор об осужденных по екатеринославскому делу конфирмован командующим войсками 30 июля, согласно предположениям, изложенным в отзыве вашему высокопревосходительству 8 июля, No 1052, по получении телеграммы вашей от 19 июля, No 1872. Об окончательной конфирмании телеграфировано главному военному прокурору 30 июля, за No 1149. 28 августа утвержденный приговор военным прокурором обращен к исполнению. 6 сентября, вследствие телеграммы военного министра, телеграфировано прокурору екатериноситавского суда и губернатору о приостановлении приговора над восемью осужденными к смертной карий. Что касается сведений по вопросу об облегчении участи их, то таковые могут быть даны лишь по возвращении командующего войсками из Ливадии, каковое ожидается на-днях. 12646. Помощник командующего войсками генерал-от-артиллерии фан-дер-Флит.
А 8 сентября тот же фан-дер-Флит телеграфировал Столыпину:
"Екатеринославский губернатор сообщает, что приговор приведен в исполнение 4 сентября".
"Столыпин положил резолюцию: "Дел. пол. Опять такая торопливость", и потребовал справку. Ему сообщили следующее:
"По делу о вооруженном восстании в декабре 1905 года на линии Екатерининской железной дороги 8 июля 1909 года, No 1052, командующим войсками Одесского военного округа представлен список осужденных девяноста двух лиц, с предположениями о смягчении, согласно высочайшему повелению, определенного им судом наказания, присовокупив, что смертная казнь оставлена тем, которые не подали прошений на высочайшее имя".
На докладе по этому поводу последовала резолюция министра:
"На замену согласен. Разобраться более подробно, правильно ли командующим намечена градация на каторгу: без срока, на двадцать и на пятнадцать лет".