Приказом министра внутренних дел Ф. Н. Анненский с 28 марта 1859 г. получил назначение в Томск на должность Председателя Томского губернского правления, которую он совмещал с исполнением обязанностей Председателя Приказа общественного призрения Томской губернии. Это назначение считалось, с формальной точки зрения, повышением по службе, но оно его явно не устраивало, и, прослужив в Томске неполный год (в течение этого срока он трижды управлял Томской губернией, замещая отсутствовавшего гражданского губернатора), он, заручившись 2 февраля 1860 г. согласием генерал-губернатора на свое перемещение в столицу, но не имея официального перевода в Петербург и числясь формально в должности Председателя Томского губернского правления, со всем своим семейством тронулся за собственный счет в столицу.
Ф. Н. Анненский вернулся из Сибири в Петербург не позднее 19 мая 1860 г. и сразу же обратился с докладной запиской, адресованной непосредственно министру внутренних дел, в которой просил причислить его "впредь до усмотрения, к Министерству внутренних дел", "не имея возможности по семейным обстоятельствам своим продолжать службу в Сибири". К Министерству он был причислен "по прошению" с увольнением от должности Председателя Томского губернского правления с 28 мая 1860 г., но без содержания. Первым его официальным поручением в новом качестве было делегирование предписанием от 28 сентября 1860 г. министра С. С. Ланского от МВД в межведомственный Комитет, занимавшийся составлением проекта законоположения о судебных пошлинах, который был учрежден при II Отделении Собственной Его Императорского Величества Канцелярии. Положение Ф. Н. Анненского по службе заметно упрочилось с 1861 г. при вступлении в должность нового министра внутренних дел Статс-секретаря П. А. Валуева. С 7 марта 1864 г. Анненскому дали штатную должность Чиновника Особых Поручений V класса при министре внутренних дел с окладом 2000 рублей в год и в апреле того же года наградили его орденом Владимира 3-й степени. Четыре без малого года Ф. Н. Анненский, живя и служа в С.-Петербурге после службы в Сибири, не получал никакого жалованья, а только эпизодические единовременные пособия, затем стал получать 2000 рублей в год, т. е. менее 167 рублей в месяц. На каждого из семи членов его семейства приходилось в среднем менее 24 рублей в месяц, т. е., примерно, три четверти той суммы, какую они имели в Томске. Средств для жизни в Петербурге семье Анненских явно недоставало. Чтобы выйти из безденежья, Федор Николаевич занялся вне службы частной коммерческой деятельностью, вести которую не умел, а потому безнадежно запутался в долгах.
В 1874 г. Ф. H. Анненского постигла служебная и жизненная катастрофа: его спекулятивная частная коммерческая деятельность стала несовместимой с пребыванием на государственной службе, он навлек на себя гнев министра внутренних дел генерал-адъютанта А. Е. Тимашева, приказавшего уволить его в отставку, так как он сильно был скомпрометирован жалобами на него некоторых кредиторов. В результате у Ф. Н. Анненского произошел апоплексический удар (мозговой инсульт) с обычными для этого заболевания явлениями центрального паралича. Стараниями старшего его сына -- квалифицированного юриста Н. Ф. Анненского -- удалось все же добиться, что увольнение Федора Николаевича было облечено в благовидную форму: "по прошению, ввиду болезни". Удалось исходатайствовать для Ф. Н. Анненского и "усиленную пенсию" в размере одной тысячи рублей в год (РГИА.Ф. 1284. Оп. 76. No 67, Л. 104-105, 110-111). Однако, поскольку Ф. Н. Анненский как несостоятельный должник состоял "под конкурсом" по гражданским искам, с него удерживалось 40% из этой его пенсии в пользу кредиторов. В итоге оставалось 50 рублей в месяц на жизнь для самого больного Ф. Н. Анненского и для находившихся к 1874 г. на его иждивении четверых членов его семьи (жена, две младших дочери и сын Иннокентий), что составляло в среднем по 10 рублей в месяц на каждого из них. При дороговизне жизни в С.-Петербурге вообще и при затратах на лечение, с которыми была сопряжена болезнь главы семьи,-- это означало, что семья влачила полунищенское существование.
Стоит заметить, что точная дата смерти Ф. Н. Анненского нуждалась в документировании. Ссылка А. В. Орлова (см.: Орлов. РЛ. С. 171) на известный эпиграфический источник (см.: Николай Михайлович Великий Князь. Петербургский некрополь. СПб.: Тип. M. M. Стасюлевича, 1912. Т. I: А-Г. С. 73) подвергалась сомнению в печати в связи с тем, что в этом издании 27 марта 1880 г. отмечена кончина Федора Ивановича Анненского (см.: Петрова М., Самойлов Д. Загадка Ганнибалова древа // Вопросы литературы. 1988. No 2. С. 188).
Предстояло отыскать документальные данные, подтверждающие, что в "Петербургском некрополе" перепутано отчество. В результате просмотра ряда газет, выходивших в С.-Петербурге, удалось обнаружить дважды опубликованное извещение в траурной рамке о кончине отца И. Ф. Анненского, текст которого приводится ниже:
Действительный статский советник Федор Николаевич Анненский скончался 27-го марта сего года, в 10 часов вечера. Панихиды будут в 12 i/2 часов утра и в 7 i/2 часов вечера. Вынос тела покойного последует в воскресенье, 30 марта в 10 часов утра, из квартиры покойного, в Поварском переулке, дом No 6, квар. No 6.
Извещение это (сначала меньшего, а второй раз более крупного формата) было опубликовано в следующем издании: НВ. 1880. No 1467. 29 марта (10 апр.). С. 4; No 1468. 30 марта (11 апр.). С. 1.
35. Л. Н. Майкову
Санкт-Петербург, 7.12.1894
7 Дек. 1894 г.