Находясь во Фрауенбурге, Коперник, конечно, ощущал, как и другие, всю тягость войны. Некоторые каноники и прелаты Вармийского капитула при приближении рыцарей и их жестоких кнехтов к Фрауенбургу позорно бежали: одни — в Данциг, а некоторые — подальше, в другие города Германии, спасаясь от военной грозы и неурядицы. Коперник остался во Фрауенбурге. Более того, он как раз в это тревожное время все-таки находил возможность заниматься научной работой и производил нужные ему наблюдения со своим излюбленным параллактическим инструментом и квадрантом.
Во время нападения рыцарей на Фрауенбург Коперник проявил большую энергию и распорядительность. Рыцарские войска не смогли взять города и, наконец, сняв осаду, ушли. Вообще война сравнительно мало отразилась на городах и крепостях Вармии, где отсиживались привилегированные; вся тяжесть войны пала на крестьянское население, беззащитное перед закованными в латы рыцарями.
Епископ Фабиан, как мы говорили, вел политику нейтралитета. Поэтому оба противника — и король польский, и гохмейстер ордена — считали его своим тайным врагом, и оба брали всякого рода контрибуции с Вармийской епархии.
Значительным событием во время описываемой войны было взятие войсками Альбрехта самого большого и богатого города Вармии — Браунсберга в новогоднюю ночь 1520 года. Альбрехт взял этот богатый город военной хитростью. Епископ Фабиан находился в это время в городе Эльбинге; узнав, что Браунсберг взят, он спешно выехал в Гейльсберг, свою резиденцию. Там он нашел ожидавшие его письма от великого магистра Альбрехта, приглашавшие его прибыть в Браунсберг для переговоров Епископ Фабиан сам ехать не решился, но послал для переговоров с Альбрехтом двух наиболее способных из оставшихся в Вармии каноников. Одним из этих каноников, посланных для переговоров с грозным Альбрехтом, был Николай Коперник.
Сохранилась охранная грамота, присланная на имя Николая Коперника из только-что взятого орденскими войсками Браунсберга. С этой охранной грамотой Коперник ездил на свидание с гохмейстером Альбрехтом. Переговоры с Альбрехтом ни к чему не привели, ибо последний требовал, чтобы епископ и капитул присягнули ему в верности.
После неудачной попытки взять Фрауенбург этот город больше не подвергался военным набегам, так как гохмейстер Альбрехт свои главные силы направил в восточные и южные части Эрмеланда. Когда же король Сигизмунд послал большие силы навстречу и в обход орденских войск, причем польские войска проникли не только к Браунсбергу, но и достигли даже Кенигсберга, войскам Альбрехта пришлось уже обратиться к обороне и прекратить свои набеги и экспедиции. К тому же и великий князь московский заключил мир с королем польским, а у ордена стало нехватать денежных средств на военные действия. Все это привело к тому, что великий магистр Альбрехт вынужден был просить перемирия. Переговоры о перемирии начались в Торне в июне месяце, но были прекращены после прибытия новых свежих войск из Германии на помощь ордену.
Военные действия снова начались; Альбрехт двинулся со своими войсками к замку Гейльсбергу и в течение нескольких недель своей артиллерией обстреливал резиденцию епископа.
Но Гейльсберга он не взял и вынужден был снять осаду. Зато, отступив от Гейльсберга, великий магистр занялся завоеванием маленьких беззащитных неукрепленных городков и местечек Вармийской епархии, и это завоевательное шествие «огнем и мечом» тевтонского воинства наносило, конечно, страшный ущерб владениям капитула.
Весь почти 1520 год, вплоть до ноября, Коперник находился во Фрауенбурге. Большая часть административных дел, ввиду бегства многих членов капитула, лежала на нем.
В конце 1520 года Коперник во второй раз вернулся в Алленштейн, так как срок его пребывания в должности управителя имениями капитула еще не окончился. К этому времени большая часть имений капитула была занята войсками ордена, многие селения были сожжены или разрушены, а крестьяне убиты, взяты в плен или где-нибудь укрывались от жестокостей рыцарей и их кнехтов. В начале 1521 года орденские войска окружили Алленштейн со всех сторон, намереваясь подвергнуть крепкий замок осаде. Коперник стал готовиться к защите крепости. Но к этому времени война стала постепенно затихать, и, наконец, в апреле 1521 года в городе Торне было заключено перемирие на четыре года. Начались и длительные переговоры о мире. В этих переговорах принимал участие и Николай Коперник. Ему же капитул поручил составить жалобу против тевтонского ордена, не исполнявшего условий перемирия. Коперник составил обширную записку об убытках, причиненных войсками ордена имениям капитула.