Коперник поступил в университет во второй семестр 1491 года, о чем имеется и соответствующая запись в книге вновь поступающих: «Николай Коперник, сын Николая из Торуни» (т. е. Торна). Он зачислился на факультет искусств и начал слушать лекции. Доценты этого факультета, по сохранившимся сведениям, комментировали различные сочинения Аристотеля, Виргилия, Овидия, Цицерона, Сенеки. Это давало возможность основательно изучить латинских классиков. Далее читались лекции по арифметике и математике, физике и гармонии (т. е. теории музыки), астрономии и астрологии.
В большинстве немецких университетов даже в XVI столетии преподавание математики и астрономии было поставлено из рук вон плохо. Цельтес так характеризует состояние преподавания в кельнском университете: «Никто здесь не преподает латинской грамматики и не объясняет древних авторов; математика совершенно неизвестна, никто не исследует движения звезд».
В краковском же университете уже в середине XV столетия была учреждена кафедра астрономии. В число предметов, подведомственных этой кафедре, входило преподавание геометрии по Евклиду, учение о перспективе, теория музыки, теория движения планет (по Птолемею), теория затмений, методы составления астрономических календарей и ознакомление с астрономическими таблицами.
Самой яркой звездой краковского университета был профессор Альберт Брудзевский (1445–1497). Его работами пользовались в качестве учебных руководств даже в итальянских университетах. Слава Брудзевского как профессора была так велика, что молодые люди из Германии, Венгрии, Швеции стекались послушать его лекции, не говоря уже о польской молодежи, — это ясно видно из записных книг краковского университета той эпохи.
Некоторые биографы Коперника указывают, что юный студент получил первый толчок к созданию своей системы, слушая лекции Брудзевского. Следует, однако, заметить, что в своих работах Брудзевский является строгим и безусловным последователем Птолемея. Кроме того, в то время обмолвиться на лекции даже какой-нибудь фразой, критикующей Птолемея или Аристотеля, было далеко не безопасно. Вряд ли, наконец, сам Брудзевский был склонен к критике учения Птолемея. Таким образом, профессор Брудзевский никак не мог сделать Николая Коперника противником Аристотеля и Птолемея. Но зато он заставил будущего реформатора астрономии полюбить и серьезно изучить эту науку.
Дух гуманизма, занесенный в Краков Цельтесом и Буонакорзи, очень скоро привел к образованию среди преподавателей и студентов двух партий — гуманистической и схоластической. Приверженцы схоластики доказывали с пеной у рта, что чтение в подлинниках классических авторов приведет ко всякого рода ересям и даже к восстановлению язычества.
Профессора, приверженцы схоластики, резко заявляли, что служить одновременно Христу и Юпитеру невозможно, что гуманистическое направление нужно пресечь в корне. Велись по этому поводу ученые споры между маститыми профессорами на диспутах, в аудиториях; велись, несомненно, споры и между студенческой молодежью. Вражда обеих партий приводила даже к рукопашным «битвам» между студентами. Обе враждующие партии сходились обыкновенно на Братской улице и дрались жестоко.
Принимал ли участие в этих боях будущий революционер в астрономии, юный Николай Коперник? Об этом мы ничего не знаем, но если и принимал, то не на стороне схоластиков. Все данные говорят за то, что в то время Коперник был уже большим поклонником древних авторов, каким и оставался в течение всей своей жизни. Во всяком случае, эти жаркие споры, эта борьба была для Коперника очень полезной школой, в которой постепенно выковывалось его отношение к новым идеям, новое критическое направление его мышления. Быть может, как раз в годы пребывания в Кракове в голове Коперника возникло уже сомнение в истинности геоцентрической системы мира.
В 1494 году профессор Брудзевский перешел из краковского университета в виленский. Переход этот совпадает по времени с победой схоластической партии в краковском университете. Вероятно, это и было причиной отъезда Брудзевского. После победы схоластиков дела в университете пошли все хуже и хуже; изучение классиков было заброшено, сразу почувствовался упадок преподавания. Приток студентов в краковский университет сократился, и его недавно столь многолюдные аудитории стали пустовать. Возможно, что эти обстоятельства заставили и Коперника покинуть краковский университет. Скорее же причиной отъезда Коперника послужили соображения иного характера, о которых мы скажем ниже.
Отметим, что, помимо вышеупомянутых занятий, Коперник, судя по сообщению Гассенди, во время пребывания в краковском университете хорошо изучил перспективу и живопись. Он мог зарисовывать не только ландшафты, но и портреты, даже удачно нарисовал свой собственный портрет, смотрясь в зеркало.