В Юань-ши, кроме Кянь-чжоу и Ангары, упоминаются в связи со страной киргизов еще три области: У-сы, Хань-хэ-на и Йи-лань-чжоу (слово чжоу имеет в китайском языке нарицательное значение: округ). Область У-сы находилась к востоку от киргизов и северу от реки Кянь (Кем, Енисей) и получила название от другой реки; вероятно, имеется в виду река Ус. Еще восточнее находилась область Хань-хэ-на, где вытекала река Кем и откуда выходили через два горных прохода: в зимнее время здесь употреблялись лыжи. Об области Йи-лань-чжоу только говорится, что она получила название по большой змее (по турецки йилан или илан — змея); местоположение этой области ближе не определяется.
В Юань-ши уже упоминается легенда о происхождении киргиз от сорока дев, основанная на производстве названия киргиз от слов кирк (сорок) и кыз (девица). Киргизы описываются в Юань-ши, как народ очень малочисленный; их было будто-бы всего 9.000 семейств, что едва ли может соответствовать действительности. По степени культурного развития страна, повидимому, стояла выше, чем в эпоху киргизского великодержавия, из чего можно заключить, что сношения с культурными народами за этот период не прекратились. По словам Рашид-ад-дина, и стране киргиз было много кочевников, но также много городов и деревень. По Юань-ши киргизы не были искусными земледельцами, но посевы пшеницы у них были. Чан-чунь говорит о стране Кянь-кянь-чжоу, что там "добывается доброе железо и водится много белок; там также сеют пшеницу; китайские ремесленники живут во множестве, занимаясь тканьем шелковых материй, флера, парчи и цветных материй". Любопытно последнее известие: из него видно, что ткани, некогда привозившиеся в страну киргиз, теперь выделывались в самой стране, хотя и не руками туземцев. Монголы еще при Чингиз Хане содействовали насаждению в этих местностях земледельческой культуры; Чан-чунь еще в 1221 г. слышал у Алтая, что к северу от этих гор есть город, построенный по поручению монголов, уйгуром-христианином Чингаем, и в нем хлебные амбары. Вероятно. Монголия в то время, когда хлеб вследствие военных событий не мог привозиться из Китая, нуждалась в подвозе хлеба из плодородного Минусинского района.
События конца XII и начала XIII в.в., связанные с возвышением Чингиз-хана и борьбой между ним и его соперниками, отразились и на судьбе киргиз. В 1199 г. (год барана) найманы, разбитые Чингиз-ханом и его тогдашним союзником Ван-ханом кераитским (кераиты были также монгольским народом, восточными соседями найманов), бежали в страну Кем-кемджиют. Окончательная победа Чингиз-хана над найманами (кераиты были разбиты им раньше и бежали на юг) и провозглашение Чингиз-хана главой всей Монголии произошло в 1206 году. Главная масса найманов и их союзников меркитов бежала на запад, за Иртыш, но есть известие (в Юань-ши), что предводитель меркитов Тунта-бики весной (вероятно 1207 г.) дошел до реки Кем, по ней (вероятно, река еще была покрыта льдом) шел несколько дней до страны киргизов (Килигисы) и "овладел всеми пятью родами их". Вопреки этим словам, меркиты, повидимому, только прошли через страну киргиз, но не остались там; Чингиз-хан в том же 1207 году (год зайца) отправил к киргизам послов с требованием покорности. Каганов у киргиз в то время уже не было: киргизские владетели носили титул "инал"; у некоторых турецких народов так назывался наследник престола; во всяком случае титул "инал" был ниже титула "каган". Слова Рашид-ад-дина в этом случае не вполне ясны (в тексте есть пропуск); повидимому, было два киргизских "инала", Еди инал и Урус-инал. Чингиз-хан отправил послов к обоим; оба выразили покорность и вместе отправили ответное посольство; киргизских послов по одному рассказу было два, по другому — три; с ними был кречет с белыми глазами (повидимому, только один от обоих иналов). По Юань-ши в стране киргиз были черные и белые кречеты.
Таким образом, киргизы сперва покорились монголам без военных действий: но в 1218 г. (год барса) между ними все-таки произошла война. Против монголов в это время восстали жившие у Байкала народности, туметы и байлуки; так как они были соседями киргиз, то Чингиз-хан потребовал от киргиз войска для подавления восстания; киргизы не только не исполнили этого требования, но сами возмутились против монголов. Против киргиз было отправлено войско под начальством старшего сына Чингиз-хана, Джучи-хана. Начальник монгольского авангарда, Бука, прогнал киргиз и вернулся обратно через восьмую реку (очевидно, имеется в виду одна из восьми речек области ойратов); потом пришел сам Джучи, перешел через покрытую льдом реку Кем-кемджиют (Енисей), покорил киргиз и вернулся обратно.
Другой рассказ о покорении киргиз монголами находится в монгольском богатырском эпосе XIII века, известном под названием "Сокровенная история монголов" (по-китайски Юань-чао-ми-ши: русский перевод сделан Палладием). Этот источник относит поход Джучи к 1207 году и связывает выражение киргизами покорности с этим походом. По этому рассказу, Джучи прошел через страну ойратов и покорил их; когда он пришел в страну киргиз, "правитель их, Еди-инал, тоже покорился и явился к Джучи с белым соколом, белым мерином и черными соболями. Покорив другие лесные народы, Джучи вернулся к отцу, взяв с собою киргизских темников (начальников отрядов в десять тысяч человек) и тысячников, равно князьков лесных народов; также сокола, мерина и соболей".
Память о Джучи-хане сохранилась и у тянь-шаньских киргиз; предание о Джучи является, может быть, единственным следом пребывания их некогда на Енисее, о котором они сами не сохранили никаких воспоминаний. По легенде, слышанной Радловым, у киргиз не было хана; поэтому они попросили великого хана (т. е. Чингиз-хана) дать им в ханы своего сына Джучи; Джучи был маленьким мальчиком, попал по дороге в стадо куланов (диких ослов) и был уведен ими. "Аксак (хромой) — кулан Джучи-хан" был первым и последним ханом киргиз. Упоминание в связи с именем Джучи является, может быть, отголоском давно забытых турецких стихов, в которых будто бы выражал свое горе Чингиз-хан после смерти своего сына Джучи: "Подобно кулану, потерявшему своего детеныша (во время преследования охотниками), я разлучен со своим детенышем; подобно рассеявшейся стае уток, я разлучен со своим мужественным сыном".
Насколько известно, киргизы не принимали никакого участия в монгольских завоеваниях и не вошли в состав государства потомков Джучи, заключавшего в себе западную часть монгольской империи. Вместе с Монголией и Китаем, страна киргиз входила в состав удела младшего сына Чингиз-хана, Тулуя, который должен был наследовать коренной "юрт" своего отца, тогда как в завоеванных на западе землях еще при жизни Чингиз-хана распоряжались его три старших сына. Тулуй умер в 1233 г.; после него верховная власть в его уделе находилась в руках его вдовы Суюрхуктани (кераитской царевны, христианки), умершей в 1252 г. Неизвестно, из какого источника заимствован явно легендарный в подробностях, но, может быть, восходящий к действительному происшествию рассказ писавшего в XVII в. хивинского хана Абулгази, по которому Суюрхуктани послала трех беков с отрядом в тысячу человек на судах в ту страну, где Ангара, после присоединения к ней многих больших рек, впадала в море (очевидно, речь идет об устье Енисея, рассматривавшегося как приток Ангары). Там был большой город Алакчин, со многими селениями, были и кочевники, у которых были лошади, отличавшиеся высоким ростом, но исключительно пегой масти ( ала ). Близ города были серебряные рудники, и вся посуда и утварь были из серебра. Бекам было поручено, если окажется возможным, разграбить Алакчин, если нет, принести о нем известия. После некоторого времени вернулось всего 300 человек; они сообщили, что все, что рассказывали об Алакчине, правда: они захватили там много серебра, но потом бросили свои суда, так как вести их вверх по течению оказалось невозможным: большая потеря в людях была объяснена дурным и знойным (!) климатом.
Слово "ала", в применении к лошадям, соответствует, конечно, китайскому бо-ма. Оба слова, вместе упоминаются у китайского компилятора XIV в. Ма-дуань-лина, но о монгольском военном предприятии против этого царства Ма-дуань-лин не говорит. Если монголы, действительно, доходили до устья Енисея, то этот поход мог быть совершен только с помощью и при участии киргиз.
Киргизы упоминаются еще в рассказе Джувейни о смутах, связанных со вступлением на престол, в 1251 г., старшего сына Тулуя, Мункэ-хана; говорится об отправлении военных отрядов в разные стороны, между прочим отряда в 20.000 человек, под начальством Муги-нойона, в области Киргиз и Кем-кемджиют. Преемником Мункэ был его брат Хубилай, впервые прочно утвердивший господство монголов на всем пространстве Китая. По Юань-щи Хубилай в 1270 г. назначил наместником страны киргизов китайца Лю-хао-ли, который жил в Йи-лань-чжоу и способствовал поднятию местной культуры посредством привлечения ремесленников из Китая; таким образом, при монголах получила дальнейшее развитие та китайская промышленность в стране киргиз, о которой, как мы видели, слышал уже Чан чунь в 1223 году. О правлении Хубилая говорится еще, что он в 1293 г., т. е. за год до своей смерти, перевел часть киргиз в область На-янь, в Манджурии.
Более интереса представляли бы известия, если бы таковые были, о переселении киргиз в эпоху монгольской империи на юго-запад, по направлению к той стране, где они живут теперь, но на это нет никаких указаний. Риттер и по его примеру Радлов утверждали, что уже китаец Чань-дэ, проезжавший через Среднюю Азию в 1259 году, говорит о киргизах в горах Тянь-шань; но такого известия у Чань-дэ нет. Чань-дэ до приезда в страну кара кытаев (т. е. к берегам Чу) проезжал через область Ма-а, где зимой лошадей запрягали в сани, и по этому поводу замечает: "Рассказывают, что киргизы, вместо лошадей, употребляют для этой цели собак". Из этого видно, что Чань-дэ только слышал о киргизах, как о каком-то народе далекого севера, но сам их не видел и через их страну не проезжал.