«Трифоныч» решил прежде всего развернуть работу по привлечению в партию наиболее сознательных рабочих. Всех партийцев он прикрепил к фабрикам и заводам. Каждый партиец получил задание выявлять на своем предприятии наиболее подходящих, революционно настроенных рабочих, проводить с ними беседы, вовлекать их в общественно-политическую работу и постепенно подготавливать к вступлению в партию.
Руководствуясь советами «Трифоныча», пропагандисты-партийцы вскоре добились больших успехов. Партийная организация стала пополняться. Сам «Трифоныч» непосредственно знакомился с передовиками из рабочих, помогал им усваивать большевистское мировоззрение, понять большевистскую тактику революционной борьбы.
Подбирая и воспитывая партийные кадры, «Трифоныч» особое внимание обращал на подготовку боевых дружин. Он знал, что предстоят тяжелые бои и что к этим боям надо готовиться. Знакомясь с шуйскими рабочими, он отбирал наиболее подходящих и сам лично обучал их военкому делу.
Подготовка боевых дружин шла весьма успешно. Уже не хватало для всех привозного оружия, особенно боеприпасов. «Трифоныч» решил наладить секретное производство патронов и бомб в Шуе. Была создана разветвленная сеть мастерских и лабораторий с надежными людьми. Вскоре шуйские боевики могли отбиваться от полиции собственными гранатами, обстреливать казаков пулями своего производства.
Революционно-боевая деятельность «Трифоныча» весьма обеспокоила царскую охранку. Жандармы почувствовали опытную руку большевистского организатора. Решено было выследить его и арестовать. Однако, несмотря на все усилия, агенты охранки долго не могли изловить «Трифоныча», не раз ускользавшего из их рук. Но вот в ночь на 30 октября 1905 года им, наконец, удалось схватить его.
В эту ночь «Трифоныч», находясь по партийным делам в Иваново-Вознесенске, отправился за город, в лес, на тайное собрание. С ним шли еще два партийца. Вдруг из засады выскочили на конях казаки и полицейские. Не успел «Трифоныч» выхватить револьвер, как был окружен, обезоружен и зверски избит. Затем один из казаков накинул на шею «Трифоныча» аркан, привязанный к седлу и поскакал. За ним вынужден был бежать «Трифоныч». Петля душила. Спасаясь, он схватил веревку руками, чтобы она не сдавила шею еще туже, и пытался поспеть за скакавшей лошадью. Но было трудно. Спотыкаясь, он не раз падал в грязь, поднимался и вновь бежал.
Казак же захотел еще более поиздеваться над своей жертвой. Поровнявшись с решетчатым палисадником, он осадил коня и приказал арестованному залезть на изгородь. Предполагая, что казак хочет посадить его с изгороди к себе на коня, обессиленный «Трифоныч» с трудом взобрался на забор. В этот момент казак стегнул лошадь нагайкой, и та рванулась. От неожиданности «Трифоныч» не успел высвободить: свои ноги из решетки: они там застряли и вытянулись в мучительном напряжении. «Трифоныч» почувствовал, как что-то хрустнуло в коленке левой ноги, нестерпимая боль пронзила всего, и он потерял сознание.
На всю жизнь остались следы этого зверства. Впоследствии, много лет спустя, Фрунзе во время ходьбы иногда внезапно останавливался и, нагибаясь, что-то делал со своей левой ногой и затем продолжал итти. И не все из окружавших звали, что в эти моменты в его когда-то искалеченной ноге соскальзывала коленная чашечка, и он вставлял ее на ходу…
Как дотащили до тюрьмы — «Трифоныч» не помнил. Лишь в тюремной дежурке сознание вернулось к нему. Здесь его опросили, а потом отвели в камеру, по дороге опять избив до полусмерти. На следующий день начались допросы. Жандармы тщетно пытались вырвать у него признание в «преступной» деятельности. За недостаточностью улик пришлось прекратить следствие. Однако, считая пребывание Фрунзе в Шуе опасным, охранка выслала его в административном порядке в Казань под надзор полиции.
В Казань Фрунзе был доставлен под конвоем в конце ноября 1905 года. И в тот же день, лишь очутившись на свободе, он выехал обратно в Шую и снова стал работать в большевистском подполье под новой партийной кличкой «товарищ Арсений».