Тюремное заключение. За отказ от православной веры заключен в Усть-Лабинскую тюрьму. По судебному приговору был сослан в Сибирь. В 1867 году военно-судебная комиссия направляет Бондарева на вечное поселение в Сибирь и лишает его воинского звания и медали. Енисейский губернатор определил ссыльного в д. Иудина (ныне Бондарево Бейского района, РХ), куда поселялись отступники от православной веры, субботники и молокане.
1867-1898 гг. Третий период жизни: Сибирская ссылка (от 47 до 78 лет).
Основные виды деятельности:
Крестьянский труд: земледелие, скотоводство, забота по домашнему хозяйству.
Духовные искания: богоборничество -- " Я веры иудейской..., но иду по стопам жития Христова", писал Бондарева в письме Толстому. Разработка трудовой теории спасения человечества ("В поте лица твоего будешь есть хлеб твой...". ( Библии. III, 19)
Работа над рукописями: написано белое десяти произведений, основное --
"Трудолюбие и тунеядство...".
Письма крестьянина: Льву Толстому. Глебу Успенскому, Душану Маковицкому, сотрудникам Минусинского музея: Н. М. Марьтянову, В.С.Лебедеву, Л.Н. Жебуневу. Дадим некоторые пояснения всего известно 23 письма Бондарева к Толстому, которые хранятся в государственном музее Л.Н.Толстого в Москве. Семь из них опубликованы в журнале "Русская литература" (1997.No 1). Опубликовано 11 писем Толстого к Бондареву.[9] Из статьи Глеба Успенского "Трудами рук своих" Л.Н. Толстой узнает о сочинении Бондарева " Трудолюбие и тунеядство... ". Он посылает запрос в Минусинский музей и политические ссыльные В.С. Лебедев и Л.М. Жебунев присылают ему рукопись сочинения Бондарева. Толстой написал две статьи о творчестве Бондарева а также изложил пересказ его сочинения в собственной редакции. Именно благодаря Толстому имя Бондарева стало широко известно массовому читателю.
Ходатай труда: составление прошений на имя центральной и региональной власти и другая общественная работа.
Работа над собственным надгробным памятником. Высечение на больших каменных плитах намогильной надписи (Завещание потомкам).