Основные силы он решил направить против наиболее опасного врага — эмира Бухарского, а на остальных участках фронта ограничиться действиями небольших маневренных отрядов. По приказу Фрунзе Самаркандская группа должна была разбить бухарские войска на шахризеб-китабском направлении и прочно занять район Кашка-Дарья до Гузара включительно. Катта-Курганский отряд получил задачу овладеть Хатырчи-Знаэтдин. Чарджуйский отряд занимает Чарджуй и выбрасывает свою кавалерию на переправы Наразым и Бугдалык, перехватывая пути из Бухары на Термез. Об’ясняя план действий в предстоящей операции, Михаил Васильевич говорил своим командирам:
— Удар должен быть внезапным и решительным. Но успех удара будет зависеть от того, насколько мы всю подготовку операции проведем втайне. Мы не всегда умеем соблюдать военную тайну и относимся подчас беспечно к соблюдению этой азбучной истины войны. Эмир направил сюда сотни шпионов, которые следят за всеми передвижениями от Самарканда и Красноводска к Бухаре.
Для обеспечения военной тайны о передвижениях сообщалось только начальнику части — он один знал, куда направляется часть. Но и начальник получал иногда в пути новое назначение, которое являлось основным, а переадресовка имела целью сбить с пути шпионов, если им удалось разведать пункт назначения части.
Силы Самаркандско-Бухарской группы, которую выделил Фрунзе для разгрома армии эмира Бухарского, доходили до 7 тысяч штыков и 2 500 сабель с артиллерией, бронепоездами, броневыми автомобилями и самолетами. В число бойцов входили и присоединившиеся к Красной армии вновь сформированные краснобухарские части. Необходимо отметить, что наши войска занимали большое пространство от Чарджуя до Термеза, на котором еще действовали отряды басмачей.
Войска эмира, сосредоточенные главным образом в крепости Старая Бухара, имели около 9 тысяч штыков пехоты, 7 500 сабель и отряды беков, достигавшие 27 тысяч штыков и сабель.
Фрунзе разделяет войска на Каганскую и Катта-Курганскую группы и сосредоточивает их на путях к Старой Бухаре. Расположение частей Фрунзе наметил так, чтобы зажать Старую Бухару в клещи. Отдельным отрядам пехоты и кавалерии было приказано двинуться к путям отступления врага, чтобы отрезать возможность уйти за границу. Предвидя диверсию со стороны врага, который попытается разрушить водораспределительную систему и прекратить доступ воды в арыки, Фрунзе приказал обеспечить войска водой.
Бухарская операция.
Группировка войск, которая была начата по приказу Фрунзе от 12 августа, позволила красным частям своевременно занять исходные для наступления пункты. Для штурма Фрунзе выделил наиболее натренированные в борьбе с басмачами части, закаленные в переходах по пескам пустыни. У командиров групп имелись точные оперативные планы, и, руководя наступлением, Михаил Васильевич следил, чтобы принятый план не нарушался.
25 августа Фрунзе отдал приказ о переходе в наступление.