Последние годы жизни Чичерин провел вместе с женой Александрой Алексеевной (урожденной Скалон) в Карауле. Их единственная дочь умерла, и они сполна испили чашу горя и одиночества.
В эти годы Борис Николаевич сосредоточенно работал над своими записками, по поводу которых однажды заметил, что "воспоминания молодости нередко служат огорчением старости" {Чичерин Б. Н. Воспоминания. Ч. I. С. 221. 164}. Эти слова точно выразили чувства, с которыми он писал воспоминания. К 1896 г. работа над ними была завершена. В эти же годы он написал книгу "Положительная философия и единство науки", с приложением "Опыта классификации животных" (М., 1892). К концу жизни была создана еще одна работа -- "Система химических элементов". Но она вышла уже после его смерти, в 1911 г. Его обширному и разностороннему уму, казалось, было тесно в рамках политики, философии, юриспруденции, и он искал новых выходов в естественнонаучных дисциплинах, словно нащупывая почву для осуществления каких-то иных, еще неведомых ему возможностей.
Одиночество последних лет жизни Чичерина скрашивалось работой, редкими встречами с друзьями и перепиской с ними. Одним из постоянных корреспондентов Бориса Николаевича был А. Ф. Кони, чутко угадавший состояние души своего бывшего профессора и старавшийся, насколько это было в его силах, сделать его закат менее мрачным.
Письма А. Ф. Кони, быть может, и не открывают новых граней личности Чичерина, но показывают объективное значение его жизненного пути, масштаб ученого, соединившего в теории и практике представление о науке и общественном благе.
А. Ф. Кони -- Б. Н. Чичерину. 15.XI.1898 г.
"Тридцать четыре года назад слушал я Вас в университете и в Ваших словах почерпал идеал правды и справедливости, от Вас в дальнейшей Вашей жизни и трудах я научился, как надо служить этим идеям".
А. Ф. Кони -- Б. Н.Чичерину. 12.II.1901 г.
"Вы знаете -- думаю даже, что Вы не можете не чувствовать той любви, которую я питаю к Вам, как живому насадителю во мне и носителю "даже до сего дни" лучших идеалов человека и гражданина".
И последнее письмо Кони, написанное им вдове Чичерина в первую годовщину его смерти, 4 февраля 1905 г.: "...он нам дал и воспитал в нас те твердые начала гражданственности, которые помогают разобраться и жить среди умственной анархии, которая обуяла теперь русское общество" {Кони А. Ф. Собр. соч. М., 1969. Т. 8. С. 144, 172, 216.}.