И вот в то время, когда Винчи готовил гробницу другому, не подозревая, что готовилась его собственная, герцогу пришлось послать по важным делам в Геную Луку Мартини, который взял с собой Винчи, так как очень любил его и ему хотелось быть с ним вместе, а также чтобы развлечь его и позабавить и показать ему Геную. И пока Мартини занимался там своими делами, мессер Адамо Чентуриони через его посредство заказал Винчи статую св. Иоанна Крестителя, модель которой тот и изготовил. Но тут схватила его горячка, и напасть удвоилась оттого, что пришлось ему, кроме того, расстаться с другом, чем, может быть, рок нашел способ сократить жизнь Винчи. Луке понадобилось по делам, ему порученным, вернуться во Флоренцию, дабы свидеться там с герцогом, и потому с великой печалью для обоих он покинул больного друга, оставив его в доме аббата Неро, которого он убедительно попросил о нем позаботиться. Но Винчи очень не хотелось оставаться в Генуе, и, хотя ему с каждым днем становилось хуже, он решил оттуда уехать. Он вызвал из Пизы своего помощника по имени Тиберио Кавальери, с помощью которого его доставили в Ливорно водой, а из Ливорно в Пизу на носилках. Доставленный в Пизу вечером в двадцать два часа, изнуренный дорогой, морем и горячкой, он не спал всю ночь, а на следующее утро на рассвете отошел к иной жизни, не достигнув и двадцатитрехлетнего возраста.
Кончина Винчи огорчила всех других и в особенности Луку, огорчила и тех, кто надеялся увидеть выполненными его рукой такие вещи, какие видишь редко, мессер же Бенедетто Варки, большой любитель его и всяческих талантов, составил на память о его славе следующий сонет:
Как смогу, если Ты не придашь мне силы,
Перечесть утрату и прийти к живущим?
О Господь Всевышний, дни, в горе гнетущем,
Будут без помощи Твоей столь унылы.
Ведь один за другим, все, кто сердцу милы,
Юные, воспаряют к сферам влекущим,
Я же, дряхлый, пребываю в аду сущем,
В плаче и скорби, созерцая могилы.