Занятия в Эдинбургском университете также шли не особенно блестяще. Есть люди, решительно неспособные идти по проторенному пути, поглощать учебники и пожинать школьные лавры. Дарвин был из таких людей. Лекции казались ему нестерпимо скучными. "Я ненавижу самое имя materia medica, - писал он впоследствии, - с тех пор, как слушал лекции Дункана... Лекции по анатомии были так же скучны, как сам профессор, читавший их, и внушили мне отвращение к предмету". Впоследствии Дарвин сожалел о том, что не научился здесь анатомировать. Лекции по геологии произвели на него такое впечатление, что он решил на будущее время не брать в руки геологической книги и никогда не заниматься этой наукой. Вообще же он пришел к заключению, что "лекции не имеют никакого преимущества, а, напротив, много невыгодных сторон сравнительно с собственным чтением".
Посетив операционную залу (в то время операции производились еще без хлороформа), он убежал из нее в ужасе, не дождавшись конца операции.
Несколько большее значение имело для него знакомство с натуралистами и посещение ученых обществ. В числе молодых людей, с которыми он сошелся более или менее близко, были Энсворт, "геолог вернеровской школы, знавший обо всем понемножку, но очень поверхностный"; Кольдстрем, хороший зоолог и очень религиозный и добродушный человек; Грант, тоже зоолог, сухой и черствый с виду, но энтузиаст в душе и поклонник Ламарка. Он познакомил Дарвина с воззрениями французского эволюциониста. "Я слушал в молчаливом изумлении, - говорит Дарвин, - и, насколько могу судить, его слова не произвели на меня никакого впечатления. Раньше я читал "Зоономию" моего деда, в которой изложены подобные же воззрения, но она также осталась без влияния на меня. Тем не менее, весьма вероятно, что раннее знакомство с этими воззрениями благоприятствовало тому, что я развил их в иной форме в моем "Происхождении видов".
Дарвин часто сопровождал Гранта на морской берег, где они собирали морских животных, оставшихся после отлива. Он познакомился также с рыбаками и ездил с ними на ловлю устриц, собирая животных, случайно попадавших в сети.
При этих занятиях удалось ему сделать два небольших открытия, о которых он сообщил "Плиниевскому обществу", устроенному при Эдинбургском университете одним из профессоров. Это был кружок любителей; читавшиеся в нем сообщения не печатались.
Он посещал также заседания других ученых обществ; слышал в одном из них чтения знаменитого Одюбона об американских птицах; но особенно сильное впечатление произвело на него заседание Королевского общества в Эдинбурге, на котором председательствовал сэр Вальтер Скотт. "Я смотрел на него и на всю сцену с благоговейным страхом, - говорит Дарвин, - и думаю, что это заседание и частные посещения Королевского медицинского общества были причиной того, что, получив впоследствии звание почетного члена этих обществ, я был более тронут этим отличием, чем каким-либо другим в том же роде. Если бы в те времена кто-либо сказал мне, что со временем я заслужу такую честь, я счел бы это столь же смешным и невероятным, как если бы мне сказали, что я буду избран королем Англии".
Но никто и не думал говорить этого; никто не видел в добродушном студенте, любителе и охотнике, отлынивавшем от занятий, что-нибудь многообещающее в научном отношении. Тем не менее, знакомство с натуралистами и посещение ученых обществ имели для него значение, так как служили шпорами в его естественноисторических занятиях, вообще встречавших мало одобрения со стороны родных и знакомых.
Два года Дарвин оставался в Эдинбурге. Наконец, убедившись, что сын не имеет никакой склонности к медицине, отец предложил ему избрать духовное поприще. Дарвин подумал-подумал и согласился. Роль сельского пастора казалась ему если не лучше, то и не хуже других.
"Когда я подумаю, с какой яростью обрушилась на меня ортодоксия, мне смешно вспомнить, что когда-то я собирался сделаться священником. К тому же это намерение и желание отца не были оставлены формально, но умерли естественною смертью, когда по выходе из Кембриджа я присоединился к экспедиции "Бигля" в качестве натуралиста. Впрочем, если положиться на френологов, то я, по крайней мере, в одном отношении вполне годился для роли духовного. Несколько лет тому назад секретари одного немецкого психологического общества вполне серьезно просили меня о присылке моей фотографии. Спустя некоторое время я получил отчет об одном из заседаний этого общества, в котором форма моей головы служила, по-видимому, предметом обсуждения. Один из ораторов объявил при этом, что шишка благочестия развита у меня в степени, достаточной для десяти священников".
Для того, чтобы сделаться духовным, требовалось поступить в один из английских университетов (Оксфорд или Кембридж) и там получить академическую степень. Для этого, в свою очередь, нужно было знание латыни и греческого языка. Но, попытавшись вспомнить уроки Бётлера, Дарвин к ужасу своему убедился, что перезабыл все, чему обучался, до греческой азбуки включительно. Пришлось взять частного учителя и восстановить бесполезные знания.