Что ему оставалось сделать? Переработать громаду накопившихся фактов с точки зрения отвергнутой и заброшенной идеи, переменить основы существовавшего учения, иными словами - создать новую систему.
Допустив движение Земли, надо было отвергнуть гипотезы древних, построить новый план вселенной, доказать, что масса накопившихся наблюдений действительно согласуется с гелиоцентрической идеей, и движения небесных светил могут быть математически выведены из нее. Над этой работой Коперник провел около сорока лет, безустанно переделывая, исправляя, дополняя свою книгу.
Работа его заключалась, главным образом, в математических вычислениях. Собственные наблюдения его немногочисленны и производились с помощью самодельных инструментов примитивнейшего устройства. В своей книге он упоминает о наблюдениях над лунными затмениями (в 1500, 1511, 1522 и 1523 гг.), над Марсом (1512, 1518 и 1523), Венерой (1529), Сатурном (1514, 1520 и 1527), Юпитером (1520, 1526 и 1529). Целью этих наблюдений было определить точное положение планет в небе. Он наблюдал также над неподвижными звездами, желая сравнить состояние неба в его эпоху с данными Птолемея и вывести отсюда заключения касательно наклонения эклиптики, предварения равноденствий и кажущихся движений небесной сферы.
Этими наблюдениями исчерпывается деятельность Коперника как практического астронома. К ним прибегал он для проверки своих выводов, а не для того, чтобы открывать новые явления. Он не хотел увеличивать объема древнего здания; напротив, стремился разрушить его и возвести новое, из старого материала.
Несмотря на осторожность Коперника, слух о его системе мало-помалу стал проникать даже в чуждые науке сферы.
Коперник не заботился о приоритете, никогда не скрывал своих открытий от людей, интересовавшихся ими. Гизе, Дантиск, Корвин и другие приятели великого астронома знали о его взглядах, а через них слухи распространялись и дальше.
Как водится, не обошлось без насмешек, нападок, освистываний в адрес новатора. Представители лютеранской церкви первые открыли поход против него.