Возвращаться домой не хотелось, и Коперник решил выпросить у капитула отсрочку. Но для этого все-таки пришлось съездить на родину, и в 1501 году он отправился с братом в Фрауенбург, резиденцию Эрмеландского капитула, небольшой городишко в Пруссии, на берегу Фриш-Гафа. Тут братья заявили о своем желании продолжать образование; Николай Коперник для пущей убедительности прибавил, что намеревается изучать медицину и, стало быть, со временем будет полезен своим коллегам.
Капитул дал разрешение, и в том же году братья отправились обратно; на этот раз в Падую, славившуюся, как медицинская школа. Впрочем, и в других отношениях Падуанский университет не уступал своим собратьям. Юридические науки здесь процветали так же, как и в Болонье; из гуманистов славились Помпонацци, замечательный мыслитель, предшественник Бэкона и Декарта, проповедовавший, между прочим, свободу критики в деле религии, и Томес, комментатор Платона и Аристотеля. Тут же преподавал логику Фракастор, философ, медик и математик, автор очень неуклюжей астрономической системы (он принимал 79 сфер, расположенных вокруг общего центра - неподвижной Земли), в которой, однако, уже сказывался дух времени, недовольство школьными воззрениями, стремление уяснить и уладить их противоречия... В этом смысле его можно назвать одним из провозвестников реформы в астрономии.
В Падуанском университете Коперник оставался до 1503 года и закончил свое юридическое образование, но за дипломом отправился в Феррару, где и получил степень доктора канонического права.
Получив диплом, он не спешил вернуться домой, а остался на несколько месяцев в Ферраре. Это маленькое княжество, незначительное в политическом отношении, занимало одно из первых мест в отношении культуры. Тут правили герцоги д'Эсте, отличавшиеся на поприще меценатства. Всем известны их отношения с Т. Тассо, послужившие темой для трагедии Гёте. Правда, во времена Коперника Феррара еще не достигла своего расцвета, но все же в ней жили такие знаменитые гуманисты и ученые, как математик Бьянкини, друг Пурбаха и Региомонтана, лучших астрономов XV века; анатом Леониценус, поклонник Галена, Плиния и др., решавшийся, однако, указывать ошибки своих кумиров; Кальканьини, впоследствии сторонник гелиоцентрической системы, и другие. Феррарский двор украшала своим присутствием Лукреция Борджиа; вокруг нее толпилось блестящее и избранное общество; поэты - в том числе молодой Ариосто - воспевали ее красоту и добродетели.
Из Феррары Коперник вернулся в Падую изучать медицину. Срок его отпуска кончился, но он остался еще на три года, пользуясь, вероятно, влиянием дяди.
Падуанский университет считался одною из лучших медицинских школ на свете, хотя еще не достиг той высоты, на которой стоял немного позднее во времена Везалия и его преемников. Медицина разделялась на теоретическую (объяснение Авиценны, Галена и Гиппократа), практическую (способы лечения болезней) и хирургию. Последняя была не на высоте; наибольшим почетом пользовалась теоретическая медицина. Профессора читали древних авторов и толковали их каждый по-своему, дополняя учение классиков собственными более или менее фантастическими измышлениями. Никому не приходило в голову проверить эти измышления, исследовать действительный, а не воображаемый организм. Медицина еще сохраняла средневековый, схоластический характер: объектом изучения служила не природа с ее явлениями, а фантомы, призраки, порожденные разнузданной фантазией. Рассуждали о микрокосме, архее, духах, и знать не хотели реального человеческого тела. Во времена Коперника в Падуанском университете было несколько в свое время известных, впоследствии забытых профессоров-комментаторов Авиценны, Галена и др. Несколько более прочную память оставил по себе де ла Toppe, да и то больше как друг Леонардо да Винчи.
Из новейших руководств употреблялась анатомия Мундини - самый популярный учебник того времени. Были и практические занятия: ежегодно вскрывались два трупа казненных преступников, мужчины и женщины, на которых демонстрировалось учение Мундини и Галена.
Коперник оставался на медицинском факультете около трех лет.