…как тень Банко… – В «Макбете» Шекспира во время пира появляется призрак вероломно убитого по приказу Макбета Банко (акт I, сцена 4.)

…это был Аристотель с тонзурой. – Тонзура – кружок, выстриженный на макушке у католических духовных лиц. Стр. 99… известной притчи Менения Агриппы… – Герцен имеет в виду выступление римского политического деятеля Менения Агриппы в 494 г. до н. э. Стремясь уговорить возмутившихся плебеев подчиниться патрициям, Агриппа уподобил возмущение плебеев отказу отдельных членов человеческого тела доставлять пищу желудку, что привело к истощению самих этих членов.

…они сами представляют живой организм, развивающий логику a posteriori. – В письме к Огареву от 1/13 января 1845 г. Герцен писал: «И ты совершенно прав, что естествоведение оттого и кобенится, что логика хочет задавить своим всеобщим элементом частно-вольную природу. Напрасно сознательная мысль хочет стать перед природой, как prius <первоначальное>. Это логическая перестановка, логика результата. “Логика хвастается тем, что она a priori выводит природу и историю. Но природа и история тем велики, что они не нуждаются в этом: еще более – они сами выводят логику a posteriori”, - сказал я в новой статье».

Разве химики не имели своей «quintaessentia»… – Алхимики считали, что в мире, кроме четырех стихий или элементов – воды, земли, огня и воздуха, – должна существовать еще пятая стихия или «сущность», обладающая способностью изменять природу тел и, в частности, превращать неблагородные металлы в благородные; эту «пятую сущность» они называли также «философским камнем».

Ждала, ждала… – Неточная цитата из поэмы И. Козлова «Безумная».

Критическая философия нанесла страшный удар идеализму. – Герцен имеет в виду критику Кантом идеалистического рационализма, кантовское утверждение о невозможности логического доказательства бытия бога, бессмертия души и свободы воли. Герцен преувеличивает радикализм кантовского «критицизма»; в действительности, критика идеалистического рационализма служила у Канта цели – потеснить знание, чтобы оставить место вере. В то же время Герцен ясно видит идеалистический характер философии Канта и резко выступает против кантовского агностицизма.

Прочитайте его «Metamorphose der Pflanzern», прочитайте его остеологические статьи… – Работая над первым «Письмом», Герцен изучал естественно-научные труды Гёте. В дневнике (9 ноября 1844 г.) Герцен, в связи с чтением этих работ, писал о Гёте как об «исполине», отмечая, что «поэт не потерялся в натуралисте».

«Oben die Geister und unten der Stein» – Герцен цитирует стихотворение Гёте «Wiegenlied dem jungen Mineralogen. Walter von Goethe» из цикла «Inschriften. Denk und Sendeblätter».

…поэта-мыслителяимыслителя-поэта… – Гёте и Шеллинга.

Это было разом возвращение блудного сына и спасение метафизика из ямы. – Герцен использует образы евангельской притчи о блудном сыне и басни Хемницера «Метафизик».