По усмирении бунта Петр Дмитриевич Еропкин послал донесение императрице, испрашивая прощение за кровопролитие.
Государыня милостиво отнеслась к поступку Еропкина и наградила его андреевскою лентою через плечо, дала 20 000 рублей из кабинета и хотела пожаловать ему четыре тысячи душ крестьян, но он от последнего отказался, написав: «Нас с женой только двое, детей у нас нет, состояние имеем, к чему же нам набирать себе лишнее».
Вскоре по усмирении бунта в Москву прибыл присланный императрицей Екатериной князь Григорий Григорьевич Орлов. Он приехал в столицу 26 сентября, когда стояли ранние холода и чума уже заметно ослабевала. Вместе с князем Орловым прибыли команды от четырех полков лейб-гвардии с необходимом числом офицеров.
По распоряжению князя состоялось 4 октября торжественнее погребение убитого митрополита Амвросия. Префект московской духовной академии Амвросий на похоронах сказал замечательное слово.
В течение целого года покойного поминали во все службы, а убийцам провозглашалась «анафема».
Казнь над преступниками была совершена 21 ноября. Убийцы Василий Андреев и Иван Дмитриев были повешены на том самом месте, где совершено убийство. К виселице были приговорены еще двое — Алексей Леонтьев и Федор Деянов, но виселица должна была достаться одному из них по жребию.
Остальных шестьдесят человек: купцов, дьячков, дворян, подьячих, крестьян и солдат били кнутом, вырезали ноздри и сослали на каторгу в Рогервик. Захваченных на улицах малолетних высекли розгами, а двенадцать человек, огласивших мнимое чудо, сослали вечно на галеры, с вырезанием ноздрей. Сновидец Григорий Павлов, несмотря на все принятые меры, разыскан не был. Он как в воду канул.
На месте, где был убит архиепископ Амвросий, в память этого прискорбного случая был поставлен каменный крест. К тому же времени относится приказ прекратить набатный звон по церквам и ключи от колоколен иметь у священников.
Князь Орлов многими благоразумными мерами способствовал окончательному уничтожению этой гибельной эпидемии и восстановлению порядка. Он с неустрашимостью стал обходить все больницы, строго смотрел за лечением и пищей, сам глядел, как сжигали платья и постели, умерших от чумы, и ласково утешал страждущих.
Несмотря на такие высокочеловеческие меры, москвичи смотрели на него недружелюбно и на первых же порах подожгли Головинский дворец, в котором он остановился. Впрочем, это было, кажется, делом руки польских изобретателей «чудесного сна», которым не нравились меры, приводящие к спокойствию в столице. Они жаждали смут и равнодушно смотрели на казни, оставаясь безнаказанными.