«Мы пришли к тебе, благоверная царевна, ударить челом и не отойдем от тебя, пока ты не пожалуешь к нам на державство. Мы надеялись на тебя и за тебя пострадали. Умерли мы мучениками, ты не видишь тех язв и пожогов, которыми покрыто все наше тело. Выходи поскорее к нам, великая государыня, давно мы ждем твоего царственного выхода, твоих милостей и наград!»
Петр сказал правду Гордону: он измыслил для своей сестры страшную кару, которая была для нее ужаснее смертной казни.
Вскоре после этого царевна Софья, некогда полновластная правительница государства, обратилась против воли, по принуждению брата, в смиренную инокиню Сусанну, и строже прежнего преображенцы и семеновцы стали сторожить ее в Новодевичьем монастыре.
Сестру свою Марфу отправил Петр в Александровскую слободу, и там, в Успенском монастыре, она была пострижена под именем Маргариты.
Теперь Софье, которой казался тесен и душен терем московской царевны, пришлось в течение многих лет испытывать заточение в Новодевичьем монастыре, сделавшемся ее вечною темницею. Чтобы сторожить хорошенько царевну, Петр поселил в Новодевичьем монастыре, на счет монастырской казны, трех майоров, двух капитанов и четырех поручиков; и все эти штаби обер-офицеры принялись хозяйничать во святой обители по-военному, гораздо полновластнее, чем мать-игуменья и разные должностные старицы.
Между тем повешенные и обезглавленные трупы оставались на прежних местах, а на Красной площади стояли столбы, на которых воткнуты были отрубленные головы. В начале февраля 1699 года вывезли из Москвы тысячу шестьдесят восемь трупов и разложили их грудами на двенадцати больших примосковских дорогах, а зарыли только в половине марта. Стрелецкое войско было уничтожено Петром в июле 1699 года, слободы стрелецкие разорены, а стрельчихи повысланы из Москвы.
Страшно отомстил Петр главному своему ненавистнику, уже умершему боярину Ивану Михайловичу Милославскому. Тринадцать лет лежал он спокойно в могиле, когда Петр приказал вырыть его труп и отвезти в Преображенский приказ. Когда труп откопали, голова у него оказалась цела, но сделалась величиною только в кулак, борода у Милославского выросла в могиле почти до колен, а все тело его было твердо, как камень. Этот безобразный труп от могилы до приказа везли в сопровождении палачей на тележке, в которую запряжены были шесть чудских свиней. В приказе труп рассекли палачи топорами на мелкие части, и эти куски были зарыты под дыбами во всех застенках.
– Он желал царской крови, так пусть теперь захлебнется иною кровью под дыбами! – сказал Петр, отдавая приказание о загробной казни своего врага.
На помосте, внутри соборной церкви Смоленской Божией Матери, находящейся в Новодевичьем монастыре, стоит каменная гробница, в подножие которой вделана следующая надпись: «Лета 1704, июля 3-го, в понедельник, в первом часу дня, скончалась благородная царевна и великая княжна Софья Алексеевна, от рождения 45-ти лет, 9-ти месяцев и 16-ти дней. В соборе во имя Божией Матери погребена 4-го июля».
Перед кончиною она постриглась в схимну и приняла при этом прежнее свое имя – Софья.