На четвертый год пребывания в Новой Александрии, за несколько месяцев до первого выпуска воспитанников, Докучаев не выдержал. Измученный, разбитый нравственно и физически, летом 1895 года он покинул Новую Александрию, сказав на прощальном обеде восточную пословицу: «Никто не тревожит бесплодное дерево, но каждый бросает камни в то, на котором растут золотые яблоки».
Уход из Новой Александрии означал крушение заветных планов Докучаева, его надежд на воспитание достойных продолжателей и учеников, и ставил под сомнение будущее кафедры почвоведения, созданной с таким трудом. Больше трех лет жизни он отдал Новой Александрии, безжалостно расходовал на нее свои силы, вложил в дело всю душу, и в результате выдающийся ученый вынужден был уйти. Одолеть чиновную силу не мог в те времена в России ни один, даже самый выдающийся ученый.
Победа досталась Апухтину легко, потому что прогрессивная деятельность Докучаева не могла не вызвать враждебного отношения в правящих кругах, с большой подозрительностью следивших за реформами ученого.
Узнав об отъезде Докучаева, Апухтин немедленно дал предписание новому институтскому начальству: «Моего помещения не занимайте; оставьте его для меня».
Петербург встретил Докучаева новым ударом. В начале года Докучаев подал в правительственные инстанции докладную записку «О полезности и своевременности учреждения при физико-математических факультетах императорских университетов двух новых кафедр — почвоведения и учения о микроорганизмах». К записке был приложен подробный исторический очерк развития почвоведения в России, где было убедительно показано его практическое „и научное значение. Докучаев с законной гордостью заявлял, что работы отечественных ученых «действительно дают русскому почвоведению несомненное право на самостоятельное почетное место среди своих собратьев за границей». Очерк был снабжен примерной программой университетского курса почвоведения, составленной Н. Сибирцевым. Разносторонность, присущая Докучаеву, сказалась и в одновременном, серьезно обоснованном ходатайстве о создании кафедры другой науки, с большим, по мнению Докучаева, будущим, — кафедры микробиологии.
Предложение Докучаева получило широкую поддержку со стороны многих ученых. Д. Менделеев писал Докучаеву в январе 1895 года:
«С огромным интересом прочел я Ваш ряд статей о почвоведении и бактериологии. Это… вклад, за который Вам скажут спасибо в настоящем и будущем практические люди земли и государственники… Итак, земля — труп в сказаниях, а у нас она кормилица, — живая. Научить этому, думаю, очень полезно и начинать в университетах пора. Об успехах Вашего ходатайства не смею сомневаться. В бактериях немного сомневаюсь, но в почвах ни на минуту. От души желаю полного успеха».
Несмотря на то, что Менделеев не сомневался в успехе, Докучаеву, вернувшемуся в Петербург, было сообщено, что его проект об учреждении университетских кафедр почвоведения и микробиологии отклонен. Этот удар для Докучаева был тяжелое предыдущего. Возможности научной работы в результате длительной борьбы не расширялись, а сужались. И именно в то время, когда Докучаев больше всего нуждался в помощи и поддержке, когда этот сильный человек был доведен до отчаяния, произошло еще одно несчастье. Его верный друг, Анна Егоровна, бодрая и веселая, поддерживавшая его в периоды самой тяжелой борьбы, была не в состоянии сделать это теперь. Всегда цветущая и неутомимая, она внезапно заболела Тяжело и по всем признакам неизлечимо.
Ранней осенью 1895 года Докучаев, сломленный всеми этими ударами, заболевает тяжелой формой нервного расстройства. «Мы не знаем медицинского названия болезни, — говорил ученик Докучаева, — но нам кажется, что она не что иное, как крайняя форма переутомления».
Систематическое многолетнее перенапряжение сил, конечно, сыграло свою роль в этой катастрофе. Но понятно, что дело объяснялось далеко не одним переутомлением. Тот же П. Отоцкий спустя несколько лет, в 1903 году, задавался вопросом: почему этот одаренный исключительными силами ученый и общественный деятель так преждевременно был выведен из строя? Несмотря на понятную осто-. рожность в выражениях (это был 1903 год), он объяснял трагедию, постигшую Докучаева, с достаточной ясностью и убедительностью: