Но буря не дала Гомесу высадиться на берег, и предатели поспешили на север. Гомес пересек Атлантический океан и поплыл вдоль гвинейского берега. В Африке изменники запаслись водой и дровами. Пришлось ограничить рацион тремя сухарями в день. Появилась цынга. Десять моряков с «Сан-Антонио» погибли в пути. Погиб также один из пленных патагонцев (второй попал на «Викторию»).
6 мая 1521 года «Сан-Антонио» Добрался до Севильи.
Прибыв в Севилью, Гомес и его соучастники, чтобы оправдаться в своем предательстве, возвели на Магеллана обвинение в жестокости и властолюбии. Изменники утверждали, что Магеллан и не искал как следует пролива, а вместо того бесцельно вел армаду вдоль побережья Южной Америки, напрасно расходуя провизию, губя людей и подвергая риску королевские корабли. Кроме того, мятежники указывали, что во время пребывания эскадры в Бразилии Магеллан разрешил морякам торговать с туземцами и тем самым нарушил инструкцию Карлоса I, запрещавшую участникам экспедиции торговать с жителями стран, принадлежавших Португалии.
По поводу Альваро де Мескита, привезенного им раненым и в цепях, Гомес заявил, что тот первый ранил его кинжалом и что он, Гомес, защищая свою жизнь, принужден был пустить в ход оружие.
Альваро де Мескита был брошен в тюрьму. По словам историка того времени, Овиедо, капитан «Сан-Антонио» был даже подвергнут пытке. Напрасно старый Диего Барбоса пытался ему помочь. Часовые появились у дверей его собственного дома. Беатриса Магеллан была подвергнута домашнему аресту. Чиновники писали, что это делается «для того, чтобы она не могла бежать в Португалию, пока обстоятельства этого дела не выяснятся до конца».
Беатриса Магеллан вместе с маленьким сыном Родриго до конца своей жизни оставалась под домашним арестом (Беатриса умерла в марте 1522 года, сын ее умер еще раньше).
Правда, в результате расследования Эстеван Гомес, его товарищ Херонимо Герра, сделанный капитаном после того, как был смещен Мескита, и еще два предателя были арестованы, но их заключение было легким и непродолжительным.
Через два года после прибытия «Сан-Антонио» Диего Барбоса подал Карлосу I записку. Старый воин писал, что «бунтовщики были приняты очень хорошо и их содержат за счет вашего величества, в то время как капитан и другие, которые хотели служить вашему величеству, заключены в тюрьму и лишены правосудия… Это очень плохой пример, поражающий в самое сердце тех, которые делают все, чтобы выполнить свой долг».
Впоследствии Эстевану Гомесу была поручена организация новой экспедиции к берегам Америки. Новое предприятие Гомеса потерпело полную неудачу. Петер-Мартир д’Ангиера писал по этому поводу: «Я всегда подозревал, что Гомес — человек с суетным и легкомысленным воображением».
Но в 1534 году король пожаловал Гомесу рыцарское достоинство «в ознаменование замечательных заслуг, оказанных Гомесом армаде Магеллана во время открытия пролива в качестве проводника и главного кормчего».