— За кого вы? — крикнул Магеллан.
— За короля и за вашу милость! — отвечали с «Сан-Антонио».
Кесада и его ближайшие сторонники были тут же схвачены, а арестованные мятежниками Мескита, Мафра и другие верные Магеллану моряки выпущены на свободу.
Утром Серрано подошел на лодке к «Консепсиону» и потребовал немедленной и беспрекословной сдачи. Мятежники безропотно подчинились, и Хуан де Картагена был в кандалах доставлен на «Тринидад».
Мятеж был подавлен. Начался суд. По словам португальского историка XVI века Гаспара Корреа, «император дал Магеллану право ножа и веревки над всеми участниками армады».
Но Магеллан не взял на себя решения судьбы заговорщиков и поручил ведение суда главному судье эскадры — Гонсало-Гомесу де Эспиноса, который сыграл такую большую роль в подавлении мятежа.
Гонсало-Гомес де Эспиноса приговорил к смерти более сорока человек. Уже была сооружена виселица, но Магеллан помиловал почти всех. Он знал, что большинство мятежников было обмануто и слепо шло за своими командирами. К тому же без этих сорока человек было трудно вести дальше корабли.
Решено было казнить Кесаду, де Картагена и Молимо. Сначала отвезли на берег тело убитого Луиса де Мендосы. Собрались все моряки. Герольд, протрубив в трубу, прочитал составленный судьей де Эспиноса список преступлений убитого. Потом тело Мендосы четвертовали. Надо было казнить Кесаду, но не нашлось палача. Тогда Молино бросился на колени перед де Эспиноса и в искупление вины предложил себя в качестве палача. Эспиноса согласился, телохранитель бывшего капитана «Консепсиона» отрубил голову своему господину.
Магеллан не решился казнить Хуана де Картагена, ибо тот был назначен самим королем. Лишь потом, когда выяснилось, что де Картагена и священник Педро де ла Рейна пытаются вновь поднять восстание и побуждают моряков к неповиновению, было решено оставить их навсегда в бухте Сан-Хулиан.
Помилованных заковали в кандалы и поставили к помпам. Лишь когда закончили починку кораблей, бунтовщиков расковали, и они вернулись к обычным своим обязанностям.