В 1508 году египетский флот под начальством Мир Хуссайна покинул Суэц и двинулся на юг по Красному морю. Под Чаулом Мир Хуссайн внезапно напал на португальскую эскадру и разбил португальцев. В бою погиб командир эскадры – единственный сын вице-короля – Дом Лоренсо д'Альмейда.
После победы Мир Хуссайна под Чаулом владычество португальцев в Индийском океане, казалось, висело на волоске. К победителю присоединились Заморин Каликута, правитель Диу – Малик Айяз и властители многих городов Малабарского побережья.
Узнав о поражении португальцев и гибели сына, старый вице-король бросился навстречу египтянам.
2 февраля 1509 года португальцы подошли к Диу, где Мир Хуссайн и Малик Айяз собрали 200 кораблей. Начался бой. У португальцев было гораздо больше пушек, чем у их противников, а стрелы малабарцев не могли причинить существенного вреда закованным в латы воинам д'Альмейды. Решающую роль сыграло уменье португальцев вести морской бой. Португальцы одержали полную победу. Сам Мир Хуссайн был ранен и бежал в Диу. Франсиско д'Альмейда захватил, разграбил и сжег большую часть вражеских кораблей.
Битва под Диу решила вопрос о господстве на Индийском океане. Правда, турки и египтяне пытались еще несколько раз помочь своим индийским союзникам и единоверцам, но дело ограничивалось присылкой солдат, командиров и пушек. Никто уже не решался оспаривать господство Португалии на море.
В ноябре 1509 года, после длительного сопротивления, закулисной борьбы и интриг, Франсиско д'Альмейда принужден был передать управление Индией Аффонсо д'Альбукерку.
На пути в Португалию корабли д'Альмейды остановились недалеко от мыса Доброй Надежды, чтобы набрать свежей воды.
Португальцы за все время их владычества на Индийском океане всегда считали мыс Доброй Надежды досадным препятствием на пути в Индию – страну золота и алмазов. Земли, лежащие около этого мыса, их никогда не интересовали, и, стремясь в Индию, они несколько сот лет проходили мимо самых богатых в мире месторождений алмазов и золота Южной Африки.
Во время стоянки у мыса Доброй Надежды португальцы, по обыкновению, позволяли себе насилия над местными жителями – готтентотами. Они отняли у туземцев их быков, а потом попытались даже захватить в рабство нескольких мужчин и женщин.
Готтентоты принуждены были взяться за оружие. В схватке были убиты тогда два португальца. Офицеры д'Альмейды потребовали, чтобы их командир организовал карательную экспедицию и «примерно наказал дикарей». Д'Альмейда с трудом согласился. Кряхтя, высадился он на берег и полушутя сказал своим спутникам: «Куда вы тащите мои шестьдесят лет?»