Иван Васильевич торжествовал победу, вспоминая каждый свой ответ. Он чувствовал, что жандармы не смогут из его показаний сделать нужные для них выводы. Они не добились от Бабушкина ни одного фактического указания, не узнали ни одного имени. Раздраженные его упорством, тюремщики удвоили наблюдение. Малейшая попытка перестукивания с соседями по камерам решительно пресекалась.
На втором допросе, состоявшемся лишь через три месяца после первого, Бабушкин по-прежнему то отвечал на вопросы следователя ироническими репликами, то оживлялся и сообщал два-три характерных факта издевательств мастера над рабочими на Невском заводе. Жандармы, несмотря на хитроумные подходы и вопросы, не могли ничего узнать и на этот раз. Твердость Бабушкина вывела Кузубова из напускного равнодушия и «всеведения»: жандарм заорал, вновь грозя арестованному карцером и лишением пищи.
В ответ на это Иван Васильевич пожал плечами и бросил в лицо жандарму:
— Я был бы удивлен иными обещаниями.
Кузубов только махнул рукой, приказывая конвою отвезти арестованного в тюрьму.
Бабушкин уже освоился с тюремным распорядком жизни и спокойно ожидал следующего допроса. Однако дни шли за днями, а третьего допроса все еще не было. Жандармы по своей излюбленной тактике на целый ряд месяцев как бы забыли об узнике, надеясь, что он не выдержит и даст, наконец, более или менее откровенные показания. Они даже лишили Бабушкина прогулки, хотя эта прогулка скорее напоминала утонченное издевательство, так как заключенные «гуляли» в особых узких отделениях, выходивших в один общий коридор. Из этого коридора был лишь один, выход — в тюрьму. Одно отделение от другого было отгорожено окрашенным в коричневый цвет плотным, высоким забором. Увидеть заключенного, гуляющего в соседнем отделении, было невозможно. Гуляли политические и уголовные одновременно и располагались так, чтобы соседями политического заключенного с обеих сторон отделения были уголовные. Во всем была видна продуманная система изоляции политических заключенных. Жандармы изо всех сил старались, как заявлял старший надзиратель, «докурить» своего узника, добиться от него нужных им сведений, даже перевели его в холодную, почти неотапливаемую камеру.
Надежды тюремщиков оказались напрасными. Вместо уныния и покорности Бабушкин нередко начинал напевать вполголоса песню, которую пели его товарищи-рабочие, вспоминая на лесной полянке учителя и друга — Ф. Энгельса:
Придет желанная свобода, Всю нечисть выметет дотла!
На третьем допросе, в начале зимы 1896/97 года, Кузубов грозил Бабушкину лишением свидания с матерью, намекал даже на «крупные неприятности», которые может причинить матери его «недопустимое запирательство». Бабушкин любил мать, но все же остался по-прежнему тверд и непреклонен.
Более года провел Иван Васильевич в полном одиночестве, запертый в маленькой четырехугольной каменной клетке.