Повреждения корабля после урагана оказались тяжелыми, но за несколько часов усиленной работы все было починено. Снова поставили паруса и продолжали путь к острову Киу-Сиу, к Нагасаки.
27 сентября 1804 г., ровно через месяц по выходе из Петропавловска, «Надежда» прибыла в Нагасаки. В открытом море перед входом в Нагасакский залив попалась навстречу японская рыбачья лодка. Японцы, бывшие на «Надежде», по приказанию Крузенштерна, окликнули ее и заговорили с рыбаками по-японски, приглашая их на корабль. Удивленные рыбаки, слыша японскую речь на чужеземном корабле, сначала не решались подойти ближе, а затем согласились взойти на судно. Их приветливо встретили и угостили водкой и сухарями. Рыбаки сообщили, что нагасакские власти извещены уже четыре дня огнями о приближении корабля, замеченного прибрежными жителями; навстречу будут высланы чиновники, Нагасаки находится очень близко, и «Надежда» может дойти туда «сегодня же до заката солнца». От рыбаков же узнали, что в Нагасаки стоят два голландских купеческих судна и несколько китайских. Несмотря на то, что наши моряки встретили очень сердечно японцев, они держались с опаской и спешили вернуться на лодку.
Здесь уместно дать краткий очерк истории проникновения европейцев в Японию, историю знаменитого острова Десима в Нагасакской бухте, на котором, ценою двухсотлетнего плена, голландцы пользовались исключительным правом торговли с Японией, а равно знакомства русских с «Епонским государством».
Япония была совершенно неизвестна в Европе до Марко-Поло (XIII в.), который узнал от китайцев о существовании к востоку от Азиатского материка островного царства, богатого золотом и называемого «Дзипангу». Самое открытие Японии европейцами произошло спустя около трех столетий. В 1542 г. один из португальских кораблей, нагруженный товарами, был захвачен по выходе из Макао китайскими пиратами. Три португальца, бежавшие из плена на китайской джонке, после долгих скитаний были выброшены бурею на берег острова Тонего-Сима. Там их радушно приняли туземцы и местный князь. Португальцы побывали на острове Киу-Сиу и возвратились на родину, принеся известие о необычайных богатствах открытой ими страны. Вслед за открытием Японских островов начались торговые сношения с ними португальцев, а затем и испанцев.
Это была эпоха морского могущества Португалии и Испании, владевших громадными флотами и колониями.
С португальцами и испанцами попали в Японию католические миссионеры. Римский папа наделил орден иезуитов многочисленными привилегиями и предоставил ему право исключительного миссионерства в Японии. Своим вмешательством во внутренние дела страны миссионеры вызвали грозный императорский указ 1639 г., в силу которого все португальцы и испанцы изгонялись навсегда из пределов Японии.
Конец XVI в., ознаменовавшийся борьбой Голландии за независимость, доставил голландцам политическую свободу и сделал их опасными соперниками морского могущества Испании. Из основанных в это время голландских колоний особенно процветала столица голландской Ост-индской компании Батавия на острове Ява. Из Батавии были впервые посланы голландские суда в Японию. В 1611 г. компания получила от японского правительства право торговли. Первая голландская фактория в Японии была открыта на острове Хирандо, недалеко от Нагасаки.
Торговые права голландцев были в то время очень велики: они могли сбывать товары по всей стране и присылать в Японию неограниченное количество кораблей. Фактория быстро богатела. Голландцы, решившие здесь твердо основаться, стали мало-помалу возводить европейские постройки. И маленькая колония начала принимать вид европейского поселения. В 1640 г. в Хирандо прибыл внезапно уполномоченный из Иеддо и объявил начальнику фактории императорский приказ срыть до основания все постройки фактории, на которых значилось имя Христа. Словом, голландцам, подобно португальцам, угрожало изгнание из Японии.
Директор фактории Карон беспрекословно исполнил приказание и принялся срывать здания, дома и магазины. Это повиновение спасло голландцев. Японское правительство смягчилось и перевело факторию с острова Хиранда в Нагасаки. Для этого в гавани города был сооружен искусственно небольшой островок Десима, сделавшийся знаменитым в истории голландского поселения в Японии. На этом островке, с истинно фламандским терпением, голландцы продержались более двухсот лет, до начала сношений с Японией европейцев в 1853 г.
С переводом фактории в Нагасаки закончился золотой период голландской торговли. Торговые привилегии голландцев значительно сокращены, самая жизнь их в Японии, в результате подозрительности японского правительства, стала исключительно тягостной. Несмотря, однако, на это, Ост-индская компания не хотела лишиться выгодной монопольной торговли и постоянно предписывала своим резидентам на Десиме подчиняться беспрекословно всем японским требованиям. Между тем, требования эти были очень тяжелы и оскорбительны для европейцев.