Иркутск был центром Восточно-Сибирского края, генерал-губернатором которого в это время был назначен либерально настроенный граф А. И. Игнатьев. В противоположность своему предшественнику, генералу Анучину, Игнатьев искренно хотел искоренить взяточничество и произвол местных властей, способствовать просвещению угнетенных национальностей Сибири и изучению экономики края. Он затеял подробное обследование сельского хозяйства Восточной Сибири для выяснения перспектив развития этого богатого края, для чего организовал подворную перепись в Енисейской и Иркутской губерниях, пригласив для этого московских земских статистиков. Потанин рассчитывал на живое участие последних как в газете, так и в Отделе Географического общества.
Игнатьев приблизил к себе бывшего редактора закрытой газеты «Сибирь» Загоскина, который жил постоянно в деревне в 20 километрах от Иркутска, имел мельницу, учил бесплатно деревенских ребят грамоте и хорошо знал быт сибирского крестьянина. При выработке мероприятий, касавшихся крестьян, Игнатьев призывал Загоскина к себе в качестве эксперта и часто задерживал его в своем доме до позднего вечера.
Во время приезда Потанина из экспедиции Игнатьев находился в Петербурге. Григорий Николаевич, приехавший в Петербург с докладом об итогах экспедиции, получив приглашение занять место правителя дел Восточно- Сибирского Отдела Географического общества, явился к нему. Игнатьев утвердил его назначение и вместе с тем предложил ему организовать в Иркутске газету вместо закрытой «Сибири». Проект перевести в Иркутск «Восточное обозрение» вместе с его редактором Ядринцевым он одобрил.
Таким образом, Григорий Николаевич возвращался из Петербурга в Иркутск в очень бодром настроении и в надежде, что покровительство генерал-губернатора избавит газету от трений с цензурой.
Отдел Географического общества, открытый в Иркутске в начале 50-х годов, помимо своей научной деятельности имел для Сибири и большое моральное значение. Он являлся центром для всех, кто интересовался в крае наукой и общественной жизнью; все они находили в Отделе одобрение и поддержку. До приезда Потанина в нем работали политические ссыльные поляки Чекановский и Черский, заслужившие большую известность своими геологическими исследованиями. Политические ссыльные Годлевский и Дыбовский организовали изучение глубин воды и фауны озера Байкала. Другие политические ссыльные, проживавшие в глухих местах обширного края, сообщали свои наблюдения над природой и жизнью населения. В связи с возвращением, по амнистии, ссыльных поляков деятельность отдела несколько ослабела, и Потанин намеревался оживить ее.
Потанины поселились в двух низких комнатах мезонина небольшого дома, соединенного с нижним этажом узкой лестницей. Полка с книгами, простой стол, покрытый газетной бумагой в качестве письменного, еще стол и несколько стульев составляли обстановку комнаты, в которой Григорий Николаевич принимал визиты даже самых почетных в городе лиц. Редкий вечер в этой комнате, освещенной одной, много — двумя свечами, не собиралось по нескольку человек. Потанин встречал гостей в блузе, подпоясанной ремешком, а его жена — в темном ситцевом платье. Подавался самовар, и заводились бесконечные разговоры. Приходили учителя, доктора, семинаристы, гимназисты, даже попы, интересовавшиеся наукой, словом — все, кто чувствовал тяготение к той живой струе, которую вносили Потанины в жизнь города. Приходили и буряты, слышавшие о Потанине как об исследователе Монголии. Он пользовался этим, чтобы собирать у них сведения о легендах, сказках и поверьях бурятского народа.
Григорий Николаевич был очень занят делами Отдела и его музея, хлопотами и разговорами с лекторами, докладчиками и т. д. Он организовал в музее большую выставку принадлежностей буддийского культа, с которыми был хорошо знаком по своим путешествиям. В дополнение к уже существовавшим экспонатам музея пришлось добывать костюмы, статуэтки божеств и разные аксессуары культа у местных коллекционеров и в дацанах (монастырях) Иркутской губернии и Забайкалья. Выставка получилась очень полная и пользовалась большим успехом.
Газету «Восточное обозрение» действительно перевели из столицы в Иркутск вместе с ее редактором Ядринцевым. Потанин принимал живое участие в ее редакционной работе, а жена его одно время вела в газете иностранное и журнальное обозрение и помещала отдельные очерки своих наблюдений во время путешествий.
Потанин явился также инициатором и организатором проводившегося местными силами исследования быта и собирания народного эпоса бурят Иркутской губернии и Забайкалья, как шаманистов, так и буддистов. Под редакцией Григория Николаевича вышли первые томы трудов этнографической секции Восточно-Сибирского отдела Географического общества.
Эта деятельная жизнь в Иркутске продолжалась три года и прекратилась потому, что Потанин убедился, что у него нехватает времени для составления отчета о путешествии в Китай. За три года он успел написать только четвертую часть отчета. Он мечтал уже о новом путешествии в глубь Азии, но сознавал, что поднять вопрос о нем в Географическом обществе можно, только представив полный отчет о предшествующем путешествии. Стремление к новым исследованиям взяло верх над всеми связями и запросами жизни в Иркутске, и осенью 1890 г. Потанины переехали в Петербург, где Григорий Николаевич в один год закончил двухтомный отчет. Вслед за этим он провел в Географическом обществе организацию второй экспедиции в Китай.