Пока подготовлялось это арктическое плавание, «Ермак» не раз выходил из Кронштадтского порта для помощи кораблям, застревавшим во льду Балтики. Наиболее крупную операцию этого рода представляет экспедиция для оказания помощи броненосцу «Генерал-адмирал Апраксин».
Этот корабль во время снежной бури выскочил на берег подле острова Гогланд. «Ермак» обеспечил спасательные работы: подвозил якоря, канаты, водолазов, снабжал провизией и углем. Многие полагали, что спасти броненосец не удастся, что весной, когда лед двинется, он понесет вмерзший корабль и сделает его игрушкой стихии.
Однако энергия спасательных партий принесла свои плоды: в апреле (1900 года) броненосец был стянут ледоколом на свободную воду и отбуксирован в один из ближайших портов.
Небезынтересно отметить, что стоимость «Генерал-адмирала Апраксина» составляла 4,5 млн. рублей, то-есть втрое больше стоимости спасшего его ледокола. Но даже этот эпизод не устранил окончательно препятствий, возникавших перед Макаровым. Запрошенные министерством финансов вице-председатель Географического общества Семенов-Тянь-Шаиский и адмирал Чихачев высказались против посылки «Ермака» в Ледовитый океан; поэтому Витте взял обратно свое согласие на таковую экспедицию.
Макаров не примирился с неудачей. Он послал всемогущему министру финансов пространное письмо, в котором по пунктам опровергал доводы своих оппонентов. Заканчивалось это письмо такими словами:
«…имею честь присовокупить, что за свои изобретения, внесенные в это дело, и за ту пользу коммерции, которую принес «Ермак», я никогда не просил о какой-нибудь награде мне лично. Наградою будет возможность довести дело до конца…»
Витте не счел после этого возможным более противиться экспедиции в Северный Ледовитый океан.
В мае 1900 года ледокол вышел в новое плавание. Чем ближе подходили к Новой Земле, тем толще и массивнее делался лед. Атмосферные условия были также неблагоприятны. «Ермак» с трудом пробивал себе дорогу. В один из дней Макаров сделал, например, такую запись: «С утра пасмурная погода и тот же SW ветер[6]. Попытки двинуться с места дали довольно плохие результаты, ввиду чего всем служащим на судне было предложено проколоть лед с правого борта и с левой стороны носа. Пущены были в ход все средства для разрушения льда, начиная с пешень и кончая паровым буром и целыми потеками воды, лившейся из носовой части по желобам».
После 28-дневного стояния во льдах, когда, несмотря на все усилия, не удавалось пробить плотный ледяной покров, «Ермак», наконец, выбрался на чистую воду и быстро пошел своим курсом. Все были веселы, особенно сам капитан ледокола. Он шутил, сыпал остротами и вообще, по выражению одного из участников похода, Улашевича, «он нас всех воодушевлял».
Однако вскоре произошла новая задержка, и на этот раз не было никакой надежды встретить разводье. Плотные массы льда окружали ледокол. Пришлось повернуть обратно. В сентябре «Ермак» вошел в Кронштадтский порт.