Макаров в этот период много и напряженно работал. Большую помощь оказывал ему преподаватель истории и географии К. Якимов: он давал ему бесплатно частные уроки, снабжал в неограниченном количестве книгами из офицерской библиотеки, которой заведывал, вообще был внимательным наставником и добрым другом.
Одна книга особенно понравилась Степану Макарову. То была «Семейная хроника» Аксакова.
«Увлекаюсь этой книгой, — записывал он в дневнике, — и нахожу много общего: также не нахожу среди товарищей друга. Как тот находил покровительство одного из наставников, так и я был постоянно любим учителями, за что товарищи чрезвычайно меня ненавидели и даже, чтобы очернить меня в глазах друг друга, они выдумывали, как будто я пересказывал все директору».
Как все твердые и принципиальные люди, Макаров, если он был убежден в своей правоте, следовал только велениям собственной совести и разума. В зрелом возрасте он часто становился в оппозицию высшему начальству, заслужив у него репутацию демократа и вольнодумца. В юности же он казался наиболее бесшабашным кадетам чересчур ревностным и примерным учеником. В обоих случаях он шел своей дорогой, не смущаясь распространяемыми о нем слухами.
В эти месяцы Макаров окончательно превратился в моряка: не формально, а внутренне убедившись во всепоглощающей силе своей склонности к морскому делу. Многообразные впечатления дальнего плавания отслаивались теперь в его сознании. В перспективе все становилось яснее. Он понял, что не может уже жить без моря. Самые трудности морской службы казались ему заманчивыми. Вспоминая в один декабрьский бурный вечер, каково бывает в такую погоду на корабле, он пишет:
«Нужно простоять четыре часа на мостике, не сводя глаз с парусов, которые грозят или сломать рангоут или самим разорваться. Волны, ударяясь о борт, разбиваются и окатывают вас с ног до головы. Ну, как тут не пожалеть такого страдальца, подумает другой. А вот и нет — удовольствие в свежую погоду может испытать только моряк, когда, сдавши вахту другому, спускается вниз, снимает с себя мокрое платье, надевает сухое и обогревшись ложится на койку, где с полным спокойствием скоро засыпает».
И вот, наконец, закончилась учеба в надоевшем Новониколаевском училище.
В апреле 1865 года состоялись выпускные экзамены. Макарова экзаменовали основательно: например, по астрономии его спрашивали почти полтора часа. Он окончил с наилучшими из всего выпуска отметками по геометрии, прямолинейной тригонометрии, навигации, астрономии и по поведению — 12 баллов, по восьми предметам — 11 баллов, по трем предметам — 10 баллов и только по двум — ниже 10 баллов. Следующий по успехам воспитанник получил в среднем 7,3 балла, т. е. гораздо меньше Макарова.
Макаров был представлен к производству не в кондукторы флотских штурманов, а сразу в корабельные гардемарины.
Началась морская служба.