Островский, видимо, руководствовался целью сделать пьесу более сценичной. Переработку ее драматург производил, положив в основу журнальный текст «Современника». Многие страницы были написаны заново.
В результате переработки значительно изменились архитектоника пьесы и развитие сюжета.
В первой редакции обижаемые воеводой посадские отправляют на него челобитную. В результате царским указом Шалыгин смещается с должности воеводы. Во второй редакции судьба посланного в Москву челобитья остается неизвестной. Не упоминается в новой редакции и об участии в этом деле старшего Бастрюкова. Правда, в черновой рукописи второй редакции на 189-й странице первой книжки «Современника» за 1865 год имеется набросок диалога, где Семен Бастрюков говорит, обращаясь к посадским, что он повезет «завтра же мирское челобитье и выборных… в Москву». Но Островский зачеркнул это место, и оно не попало в окончательный текст. В новой редакции воевода добровольно отказывается от власти и заявляет о своем желании уйти в монастырь.
Изменив развязку, Островский приводит в соответствие с новым финалом другие части произведения. Характерный штрих вносится драматургом в окончание пролога. В разгар борьбы посадских и Бастрюковых с воеводой и его приспешниками раздаются голоса, возвещающие о том, что несут «пречистую». Уже в прологе новой редакции много говорится о пустыннике, роль которого заметно возрастает. Пустынник сталкивается не только с Дубровиным, отцом которого он теперь является, но и с воеводой Шалыгиным, влияя на обоих действующих в пьесе антагонистов.
В связи с изменением финала пьесы Островский удалил из второй редакции сцену на Постельном крыльце, противоречащую новой развязке.
Во второй редакции, вопреки более отчетливо обозначившейся в ней морально-религиозной тенденции, сохраняется тот демократически-обличительный пафос, который так ярко выражен в первой редакции «Воеводы». Нечай Шалыгин и теперь, несмотря на овладевающее им в конце пьесы покаянное настроение, столь же омерзителен и вместе с тем столь же типичен в своем грабительстве, как и в ранней редакции. Победа и в новой редакции остается за противниками воеводы, которым драматург по-прежнему отдает все свои симпатии. В пьесе остались и антикрепостническая песня старухи крестьянки, и мятежные слова Дубровина о «волках» и «овцах». Во второй редакции связь Дубровина и его товарищей с движением Разина показана более отчетливо, чем в первой. Устами Щербака здесь прямо говорится о восстании:
Пожива есть внизу; от беглых слышно.
Что Астрахань разграблена, и дальше
К Саратову идет большая туча
Низовой вольницы. И мы туда же.