Во время одной из бомбардировок Порт-Артура японскими кораблями с дальней дистанции Макаров заметил, что береговые батареи молчат, и спросил у начальника крепостной артиллерии, в чем дело. Тот ответил, что крепость не отвечает из-за отсутствия стальных сегментных снарядов, обеспечивающих необходимую дальность стрельбы. Попутно адмирал узнал, что фугасных снарядов в крепости также нет, а есть лишь чугунные снаряды с уменьшенным зарядом, дальность стрельбы которыми не превышала восьми с половиной километров. Японцы же стреляли с дистанции свыше десяти с половиной и даже пятнадцати километров.
Макаров не мог примириться с таким положением и завязал переписку с артиллерийским ведомством в Петербурге. Он требовал снарядов, допускающих стрельбу на дистанции, избираемые противником. Но артиллерийское ведомство упрямо утверждало, что крепостные орудия все равно не смогут стрелять на расстояние свыше восьми-десяти километров, и рекомендовало не отвечать на огонь противника, если он стреляет с дальней позиции. В ответ на этот нелепый совет Макаров дал крепостным артиллеристам для пробы несколько стальных сегментных снарядов с одного из броненосцев. Выяснилось, что стальные снаряды летят на дистанцию, значительно превышающую десять километров. Макаров телеграфировал об этом в Петербург. Артиллерийское ведомство, конечно, обещало выслать такие снаряды, но ограничилось обещанием. Снаряды так и не были посланы.
Требовательный к себе, Макаров был строг и к подчиненным. Людей способных и исполнительных он всячески поощрял и стоял за них горой, к нерадивым же, бездельникам и трусам был беспощаден. Так, побывав на двадцати двух миноносцах эскадры и познакомившись с их командирами, Макаров отстранил многих от должности и заменил другими. Командир порта был освобожден от должности за нераспорядительность.
Переведя командира броненосца «Цесаревич» на другую должность, Макаров назначил на его место бывшего командира «Ермака» капитана 1 ранга Васильева, в отваге и способностях которого он был уверен.
Однако царский наместник адмирал Алексеев имел уже на эту должность своего кандидата и воспротивился назначению Васильева. Макаров, хотя и был подчинен Алексееву, на основании предоставленного ему «Морским уставом» права настоял на своем. Алексеев вынужден был уступить.
Настаивая на усилении Тихоокеанской эскадры новыми кораблями, Макаров одновременно принимал меры к тому, чтобы вернуть в строй поврежденные и неисправные суда. Неоценимую помощь в этом оказали прибывшие с Макаровым петербургские рабочие, техники и инженеры. Начались работы по возвращению в строй броненосцев «Ретвизан» и «Цесаревич», было отремонтировано несколько миноносцев, заделаны сотни пробоин на других кораблях. Порт-артурская эскадра пополнялась новыми боевыми единицами.
Обуховцы по собственной инициативе обследовали артиллерийские склады Порт-Артура и, обнаружив около 40 старых пушек, отремонтировали их и установили на батарее Электрического утеса. Макаров почти ежедневно навещал рабочих, интересовался их работой и условиями, в которых они жили.
Особым предметом забот Макарова был уголь.
В Порт-Артуре угля было мало, и Макаров разработал специальную «Инструкцию для сбережения топлива и скорой разводки паров» и требовал ее строгого соблюдения. Приходилось экономить, конечно, и продовольственные запасы.
Исключительно велика была работоспособность адмирала. За пять недель своего пребывания в Порт-Артуре он успел переделать сотни крупных и мелких дел, разрешить тысячи вопросов.