Поднять боеспособность флота, заставить моряков поверить в свои силы Макарову удалось быстро. Его по-настоящему полюбили не только матросы эскадры, но и младший офицерский состав. Нашел он единомышленников и среди старших офицеров флота — командиров кораблей.
Командир броненосца «Ретвизан» капитан 1 ранга Щенснович, командир отряда миноносцев Матусевич, командир крейсера «Аскольд» Грамматчиков, знавший Макарова с детских лет, капитаны 2 ранга Эссен, Юрасовский, Бубнов, лейтенант Криницкий, приехавшие в Порт-Артур вместе с Макаровым капитан 1 ранга Васильев и капитан 2 ранга Шульц и многие другие были смелые решительные командиры, сторонники энергичных действий флота. Все они, помогая Макарову в его начинаниях, направленных к укреплению дисциплины и поднятию боеспособности эскадры, поддерживали и его стремление ликвидировать вражду, существовавшую между офицерским составом армии и флота.
Макаров понимал, что для успеха обороны Порт-Артура с моря и с суши необходимы общие и дружные усилия армии и флота, согласованные действия, направляемые волей командира, сосредоточившего в своих руках командование и сухопутными и морскими силами.
Попытки Макарова объединить армию и флот для решительных боев за Порт-Артур, которые он предвидел, натолкнулись на непонятное для Макарова противодействие со стороны Стесселя, нерешительность и вялость коменданта крепости генерала Смирнова, молчаливую неприязнь со стороны наместника царя адмирала Алексеева, сидевшего в Мукдене и управлявшего военными действиями при помощи маловразумительных телеграмм.
Вскоре в штаб Макарова в качестве начальника военно-морского отдела прислали из Петербурга великого князя Кирилла Владимировича. Иметь в качестве подчиненного члена императорской фамилии, не отличавшегося ни умом, ни тактом и обладавшего только великокняжеской спесью, было для Макарова чистым наказанием.
Однако больше всего беспокоила Макарова бездеятельность и небрежность сухопутного командования в подготовке Порт-Артура к обороне. Система береговых батарей продумана не была. Например, к сооружению батарей на горе Ляотешан приступили только после того, как неприятельская эскадра обстреляла гавань и город перекидным огнем. Из-за отсутствия общей сигнализации и службы оповещения русские береговые батареи несколько раз обстреляли свои корабли, причинив им повреждения. А когда Макаров после одного из таких случаев предложил послать на батареи сигнальщиков с кораблей, Стессель ответил отказом. Все это вместе взятое вывело из терпения Макарова, и он, связавшись через голову Стесселя с командиром крепостной артиллерии генералом Белым, согласовал с ним вопросы взаимодействия береговой и корабельной артиллерии при отражении атак противника.
Еще когда Макаров в поезде подъезжал к Порт-Артуру, он, предвидя возможность атаки крепости с суши, отметил слабость и неподготовленность русских оборонительных позиций у Киньчжоуского перешейка. Теперь он и в самом Порт-Артуре видел вопиющую беспечность Стесселя и бездеятельность Смирнова, не принимавших по существу почти никаких мер к усилению обороны Порт-Артура. Встревоженный этим, Макаров встретился с командиром стрелковой бригады генералом Кондратенко182, саперным инженером по образованию, и обсудил с ним вопросы обороны Порт-Артура (после гибели Макарова этот умный, энергичный и смелый генерал стал душой обороны Порт-Артура).
Знакомство с положением дел на суше все больше укрепляло Макарова в мысли о том, что командование обороной Порт-Артура и всего Квантунского полуострова как с моря, так и с суши необходимо сосредоточить в одних руках. Но Стессель, по мнению Макарова, был для этого непригоден.
Наступали решающие дни русско-японской войны.
В течение первых трех месяцев войны центр тяжести всех военных действий находился главным образом на морском театре. Одна сторона всячески пыталась переправить свои войска на материк, другая стремилась этого не допустить. Все усилия японцев были направлены к тому, чтобы уничтожить русский флот по частям или хотя бы ослабить или парализовать его. С этой целью были совершены пиратские нападения на Порт-Артур и Чемульпо в ночь на 27 января и предприняты отчаянные попытки запереть русскую эскадру в Порт-Артуре с помощью брандеров и постановки минных полей на внешнем Порт-артурском рейде. Наконец, японцы начали артиллерийский обстрел кораблей эскадры, доков и города.