Макаров направился в кают-компанию прощаться с офицерами и гардемаринами. Слезы душили его, он не мог даже вымолвить «прощайте» и только жал всем руки.
Так спустя два года вспоминал в своем дневнике Макаров о расставании с «Богатырем». А позже, оставляя корвет «Варяг», он писал: «Расставаться со своим судном гораздо более тяжело, чем с родным городом или с родительским домом… Когда я прощался с „Богатырем“ в 1864 г., оставаясь в Ситхе, я плакал целый день. С каким ужасом глядел я вслед „Богатырю“, который удалялся из Ситхи, и с ним уходили от меня те, которые заменили мне отца, братьев, учителей и товарищей…»
«Богатырь» был первым кораблем, который сыграл большую и положительную роль в воинском воспитании юного моряка. Служба и порядки, заведенные на корабле адмиралом Поповым, этим передовым и очень образованным моряком своего времени, обладавшим замечательным искусством заинтересовывать и вовлекать в работу своих подчиненных, развили в Макарове любознательность и любовь к морской службе. Макаров по достоинству сумел оценить и среду, в которой ему пришлось жить, работать и учиться, и своего наставника. Нет сомнения, что и команда, и офицеры «Богатыря» оказали серьезное влияние на формирование характера и взглядов молодого Макарова. Здесь, на «Богатыре», он впервые отчетливо осознал, что служба во флоте и есть его истинное призвание.
Распрощавшись с «Богатырем», Макаров решил обстоятельно ознакомиться с Ново-Архангельском, где он вынужден был сойти на берег. Он стал наблюдать местную жизнь. Его заинтересовали колоши — индейское племя, жившее на побережье Аляски, и Макаров начал изучать быт, нравы и экономику этого племени. Его внимание привлекли пироги, длинные выдолбленные из колод лодки, обтянутые тюленьими шкурами. Каждая пирога вмещала пятьдесят-шестьдесят человек. Макаров присматривался ко всему внимательно и вдумчиво. Индейцев, которые были ему известны по книгам и в детстве так поражали его воображение, он наблюдал теперь воочию.
В лице управляющего североамериканскими владениями России Д. П. Максутова Макаров встретил радушного и гостеприимного хозяина. Он подробно расспрашивал о делах Российско-американской компании, пароходах, условиях службы на них и пр., делал зарисовки Сйтхинского рейда и описывал входы на рейд. В этом проявилась здоровая любознательность Макарова, его потребность при всяком удобном случае учиться и приобретать практические навыки.
Наконец, пришел пароход Российско-американской компании «Александр II», и Макаров отправился на нем в Аян. По дороге пароход зашел на аляскинские острова Кинай и Кадьяк. Воспользовавшись остановкой, Макаров совершал экскурсии по островам и записывал свои наблюдения и мысли. На Кинае он побывал в угольных копях, где его поразила варварская эксплуатация людей и ничтожное вознаграждение за каторжный труд. Вернувшись на пароход, Макаров излил в дневнике свое возмущение. На Кадьяке он видел также, как промышляют морского зверя алеуты, тяжелым и опасным трудом которых существовала Российско-американская компания.
С первых же дней пребывания на пароходе у Макарова установились самые лучшие отношения с капитаном.
Зоркий глаз бывалого моряка быстро распознал в кадете молодого собрата по профессии и оценил хорошую школу, пройденную им. Свое доверие к Макарову он выразил тем, что разрешил ему стоять четвертую вахту в очередь и наравне с тремя давно уже плававшими штурманами.
— Ты, я вижу, парень дельный, хоть и молод. Не подкачаешь! — сказал он в напутствие.
Можно себе представить восторг Макарова, ничего так никогда не жаждавшего, как самостоятельности. В часы вахты он чувствовал себя полным командиром парохода, пересекавшего Тихий океан; ему подчинялись рулевые, вахтенные матросы, машинное отделение; он не побоялся ответственности и хорошо справился со своими обязанностями. 4 июля тихоходный «Александр II» прибыл в Аян — порт на берегу Охотского моря, во времена Российско-американской компании игравший значительную роль. Отсюда на канонерской лодке «Морж» Макаров отправился в Николаевск, куда и прибыл 8 августа 1864 года.