Заявление Макарова подействовало на многих, как холодный душ.
Как бы то ни было, предстояло испытать качества ледокола во льдах Ледовитого океана. План похода был такой: в середине мая, когда Балтийское море освободится от льдов, «Ермак» идет в Ньюкасл, где остается дней на десять. Здесь ледокол осматривают и готовят к полярному плаванию. В начале июня «Ермак» прибывает в Екатерининскую гавань в Кольском заливе и оттуда через Карское море идет на Енисей в сопровождении небольшого парохода финляндского пароходного общества, который должен обследовать мелководные места в устье Енисея. Закончив работу в Карском море, «Ермак» возвращается на Мурман, забирает полный груз угля и отправляется во льды на запад от Шпицбергена.
Когда проект был утвержден, Макаров начал готовиться к походу. Морское министерство взяло на себя обеспечение экспедиции продовольствием и дало на ледокол второй паровой катер. Одежду, охотничьи принадлежности, ледовые шлюпки, киносъемочный аппарат и многое другое пришлось купить на средства членов экспедиции. После этого Макаров принялся за организацию научной части экспедиции. Д. И. Менделеев, весьма сочувственно относившийся как лично к Макарову, так и к его идее использования ледокола, обещал помочь экспедиции в подборе научных работников и приобретении необходимых приборов.
Собираясь в поход, Макаров, как человек предусмотрительный, готовился ко всякого рода трудностям, почти неизбежным в новом, большом и никем еще не изведанном деле. Но никто и слышать не хотел о тех трудностях, которые могут встать перед «Ермаком» и его командиром. «Им и море по колено», — недовольно замечал по этому поводу Макаров. В газетах вдруг появилось сообщение, что ввиду отправления «Ермака» прямым рейсом во Владивосток письма на Дальний Восток следует адресовать на «Ермак». Он-де быстрее их доставит по назначению. И письма стали поступать прямо на ледокол сотнями. Макаров вынужден был выступить с опровержением и разъяснить, что никакого плавания во Владивосток «Ермак» совершать не собирается.
Опасаясь новых недоразумений, Макаров решил поскорее отправиться в море. О своем выходе он сообщил всего лишь нескольким друзьям и знакомым.
Без всяких торжественных проводов «Ермак» 8 мая 1899 года вышел в далекое и трудное плавание.
В Ньюкасле техники завода Армстронга, тщательно осмотрев ледокол, сделали кое-какие исправления в корпусе корабля. Машины оказались в полной исправности. В Тромсе136 ледокол прибыл 3 июня. Его ожидал здесь известный ученый геолог Э. В. Толль137, приглашенный Макаровым для участия в плавании, и лоцман Ольсен, нанятый русской шпицбергенской градусной экспедицией для проводки «Ермака» на Шпицберген. Дело в том, что Макаров обещал оказать этой экспедиции помощь в проводке ее судов через шпицбергенский Стуре-фиорд. Однако к условленному сроку суда экспедиции не прибыли в Тромсе, а Макарову был дорог каждый день. К тому же лоцман Ольсен, хорошо знакомый со шпицбергенскими фиордами, сообщил Макарову, что для такого крупного корабля, как «Ермак», плавание в Стуре-фиорде представляет большую опасность, так как дно имеет там шхерный характер и неровные глубины. Макаров не смог поэтому оказать обещанной помощи академику Чернышеву138, возглавлявшему шпицбергенскую градусную экспедицию. «Мне было крайне тяжело отказаться от содействия шпицбергенской экспедиции, — замечает Макаров, — но я не считал себя вправе рисковать „Ермаком“. Мой отказ вызвал целую бурю несправедливых негодований, и в газетах появились заметки, которых нельзя было ожидать от ученых людей».
4 июня «Ермак» вышел из Тромсе на Шпицберген. Свежий ветер развел крупную волну, но корабль держался превосходно. Три дня шли, не встречая льда. Лишь в ночь на 8 июня на широте 78° 00' и долготе 9° 52' появились первые льдины.
Предстояла серьезная схватка с полярным льдом. Все на корабле, и прежде всего сам Макаров, находились в приподнятом настроении, как перед сражением.
Почти всю ночь из адмиральской каюты раздавались гулкие равномерные шаги. Макаров волновался. Да и трудно было оставаться спокойным, когда назавтра «Ермаку» предстояло держать экзамен, от результатов которого зависело все его будущее.