Возвращение в европейские воды было для Макарова далеко не радостным. «Ермак» вернулся с тяжелым повреждением, доказывающим, что арктические льды крепче корпуса ледокола, хотя и укрепленного после первого ледяного рейса.
Если бы Макаров мог предвидеть, как все это обернется против него, он выехал бы в Петербург и лично доложил бы о результатах плавания Витте, чем, вероятно, польстил бы его самолюбию. Но Макаров, будучи человеком деловым и прямолинейным, изложил результаты плавания в короткой телеграмме на имя Витте, рассчитывая, что его поймут правильно. Вот эта телеграмма: «Ермак» оправдал все ожидания относительно возможности пробиваться сквозь льды. Он разбивал торосы высотой 18, глубиной в 42 фута и ледяные поля в 14 футов141. Прошел около 230 миль полярным льдом, но при разбивании одного тороса получена пробоина ниже ледяного пояса, где корпус не был подкреплен. Пришлось отказаться от дальнейшего следования».
Явные и тайные недоброжелатели Макарова не скрывали своего злорадства по поводу неудачного завершения экспедиции. Отношение к Макарову в министерстве резко изменилось.
Особенно злорадствовал и радовался неудаче Макарова контр-адмирал Бирилев142, пользовавшийся влиянием в военно-морских и правительственных кругах.
Посылая телеграмму из Ньюкасла, Макаров полагал, что ответная телеграмма будет содержать указания, как поступить с ледоколом, и вызов в Петербург для подробного доклада. Но вышло иначе. Переговорив с морским министром Тыртовым, Витте послал Макарову следующую телеграмму: «Оставайтесь в Ньюкасле до прибытия комиссии». Макаров был поражен. Он понял, что допустил ошибку, послав Витте телеграмму, и не сомневался, что комиссия будет подобрана тенденциозно. Желая парировать удар, он написал Витте письмо, в котором подробно изложил обстоятельства дела. «Надеюсь, — писал Макаров, — что комиссия назначена не для того, чтобы раскрыть фактическую сторону дела, ибо таковую я не скрываю и разъясню ее лучше, чем кто-либо. Если я сделал ошибку, то я откровенно в ней признаюсь и, кроме того, покажу, как ее исправить Я действительно сделал ошибку, но эта ошибка заключается главным образом в том, что я недостаточно подготовил ваше превосходительство к возможности неудачи в первое время. Я помню, что, прощаясь с вами, я обратился с единственной просьбой поддержать меня в случае какой-либо неудачи».
Но было уже поздно. Письмо Макарова пришло, когда члены комиссии находились уже на полпути в Англию, причем, как Макаров и предполагал, комиссия, стараниями Тыртова, полностью состояла из недоброжелателей или завистников Макарова, отрицательно относившихся к идее ледокола. Возглавлял комиссию контр-адмирал Бирилев.
Как по команде, большинство газет, которые только вчера всячески превозносили адмирала Макарова, теперь порочили и чернили и его и «Ермака».
В реакционной газете «Новости» какой-то развязный и невежественный писака, скрывшийся за псевдонимом Карданус, писал: »…с какой физиономией покажется теперь могучий «Ермак», когда всем стало известно, что до настоящих полярных льдов он и дойти не мог, а не то что ломать их?» Карданус предлагал, «чтобы не было стыдно», славное имя «Ермака» отменить и кораблю присвоить название «Ледокол Э 2».
«Шушера взяла верх, и мне опять много хлопот с ней», — писал Макаров Врангелю.
Когда Степан Осипович узнал о составе следственной комиссии, для него стал ясен замысел Витте. Он обратился тогда к нему с просьбой ввести в комиссию хотя бы командира «Ермака» Васильева, однако в этом ему было отказано. Но Макаров не мог и не хотел признать себя побежденным. Он обратился к председателю Географического общества П. П. Семенову с письмом, в котором явственно слышится боязнь, что ему не дадут довершить начатое им дело. «Дело ломки полярного льда, — писал Макаров, — есть дело новое и небывалое. Никто никогда не пробовал ломать полярный лед, и было бы чудом, если бы, построив специально для этого дела судно, мы бы сразу нашли наилучшую комбинацию форм и машин. В то время как английские ученые приветствуют меня с успехом, наши газеты делают все возможное, чтобы возбудить против меня общественное мнение, и я боюсь, что мне не дадут докончить дело». Но и это письмо почему-то осталось без ответа.